More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_5017 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03504  NAD-dependent DNA ligase LigB  98.21 
 
 
560 aa  1123    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0058  DNA ligase (NAD(+))  98.04 
 
 
560 aa  1122    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  100 
 
 
577 aa  1177    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0092  NAD-dependent DNA ligase LigB  59.64 
 
 
556 aa  697    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4065  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.52 
 
 
561 aa  810    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.69 
 
 
561 aa  809    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109468 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4148  NAD-dependent DNA ligase LigB  99.29 
 
 
562 aa  1134    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.969555  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3956  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.69 
 
 
561 aa  810    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0064  NAD-dependent DNA ligase LigB  98.21 
 
 
560 aa  1123    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3981  NAD-dependent DNA ligase LigB  96.79 
 
 
560 aa  1107    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4126  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.87 
 
 
561 aa  813    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3858  NAD-dependent DNA ligase LigB  98.04 
 
 
562 aa  1120    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4019  NAD-dependent DNA ligase LigB  68.34 
 
 
561 aa  808    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03456  hypothetical protein  98.21 
 
 
560 aa  1123    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4491  NAD-dependent DNA ligase LigB  46.92 
 
 
563 aa  507  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4208  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.55 
 
 
562 aa  492  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.14 
 
 
575 aa  494  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4144  NAD-dependent DNA ligase LigB  47.01 
 
 
560 aa  489  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.610084  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4175  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.29 
 
 
567 aa  480  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.388697  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0042  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.29 
 
 
567 aa  481  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0046  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.57 
 
 
558 aa  476  1e-133  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5270  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.49 
 
 
558 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.27312  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4796  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.8 
 
 
561 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0382  DNA ligase, NAD-dependent, putative  41.77 
 
 
561 aa  432  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4841  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.23 
 
 
566 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  39 
 
 
567 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0453  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.56 
 
 
562 aa  420  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4968  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.26 
 
 
566 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.31 
 
 
566 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03590  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.79 
 
 
560 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145228  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.14 
 
 
629 aa  380  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000466124  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  25.21 
 
 
680 aa  149  1.0000000000000001e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  24.44 
 
 
667 aa  147  8.000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0562  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.99 
 
 
660 aa  141  3e-32  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0449275  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  24.76 
 
 
699 aa  140  8.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  25.14 
 
 
692 aa  137  5e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  25.62 
 
 
684 aa  135  1.9999999999999998e-30  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  23.34 
 
 
667 aa  134  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  23.34 
 
 
667 aa  134  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0673  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.74 
 
 
651 aa  134  3.9999999999999996e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  23.48 
 
 
662 aa  133  7.999999999999999e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  25.73 
 
 
680 aa  132  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  23.49 
 
 
665 aa  132  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf373  DNA ligase  24.18 
 
 
665 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000122507  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  24.33 
 
 
663 aa  131  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  24.17 
 
 
688 aa  130  6e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  24.17 
 
 
688 aa  130  6e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  22.78 
 
 
670 aa  130  7.000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0163  DNA ligase, NAD-dependent  24.16 
 
 
685 aa  130  7.000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316123  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  24.2 
 
 
676 aa  130  9.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  24.26 
 
 
673 aa  128  3e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  23.88 
 
 
668 aa  127  6e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1699  DNA ligase (NAD+)  26.64 
 
 
677 aa  125  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.699894  normal  0.700726 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  22.92 
 
 
668 aa  125  3e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  24.83 
 
 
673 aa  125  3e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  23.43 
 
 
674 aa  124  3e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2086  DNA ligase, NAD-dependent  24.48 
 
 
670 aa  123  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0011  DNA ligase, NAD-dependent  25.33 
 
 
794 aa  123  8e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.996124  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  24.96 
 
 
708 aa  123  9e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0689  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.04 
 
 
647 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1371  DNA ligase, NAD-dependent  22.28 
 
 
648 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00123694  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1227  DNA ligase, NAD-dependent  25.63 
 
 
656 aa  122  1.9999999999999998e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0702  NAD-dependent DNA ligase  21.75 
 
 
677 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.48 
 
 
670 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1554  DNA ligase, NAD-dependent  25.54 
 
 
664 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.344764  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1017  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.03 
 
 
645 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.682519  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  23.37 
 
 
681 aa  122  1.9999999999999998e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  25.9 
 
 
686 aa  121  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0696  DNA ligase, NAD-dependent  24.25 
 
 
684 aa  122  3e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.266157  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0369  DNA ligase (NAD(+))  25.52 
 
 
661 aa  121  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  24.57 
 
 
672 aa  120  4.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0423  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.21 
 
 
660 aa  120  7e-26  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  24.33 
 
 
680 aa  120  7e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1083  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.04 
 
 
647 aa  120  7.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.88186  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3294  DNA ligase, NAD-dependent  26.54 
 
 
795 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36347  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0776  DNA ligase, NAD-dependent  22.75 
 
 
662 aa  120  9e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0729  DNA ligase, NAD-dependent  26.94 
 
 
687 aa  120  9e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0728  DNA ligase, NAD-dependent  25.62 
 
 
687 aa  120  9e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  24.37 
 
 
677 aa  119  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1433  DNA ligase, NAD-dependent  23.49 
 
 
704 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  23.89 
 
 
670 aa  119  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  25.14 
 
 
694 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0614  NAD-dependent DNA ligase LigA  21.85 
 
 
647 aa  120  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1084  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.7 
 
 
700 aa  119  1.9999999999999998e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.419808  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_536  DNA ligase, NAD-dependent  23.98 
 
 
680 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4035  DNA ligase, NAD-dependent  24.51 
 
 
715 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519531  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  24.61 
 
 
685 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09423  DNA ligase  22.85 
 
 
664 aa  119  1.9999999999999998e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.624424  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.01 
 
 
652 aa  118  3e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0301  DNA ligase, NAD-dependent  22.29 
 
 
676 aa  118  3e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.10932  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  24.21 
 
 
675 aa  118  3e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  24.15 
 
 
663 aa  117  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  24.05 
 
 
675 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  24.78 
 
 
673 aa  118  3.9999999999999997e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0463  DNA ligase, NAD-dependent  23.08 
 
 
684 aa  117  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3381  DNA ligase, NAD-dependent  24.86 
 
 
714 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0113379  hitchhiker  0.00670333 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  23.49 
 
 
670 aa  117  7.999999999999999e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  26.64 
 
 
668 aa  117  7.999999999999999e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0136  DNA ligase, NAD-dependent  21.48 
 
 
673 aa  116  8.999999999999998e-25  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.145225  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1670  DNA ligase NAD-dependent  24.19 
 
 
666 aa  116  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.229082 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>