More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0453 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0453  NAD-dependent DNA ligase LigB  100 
 
 		 562 aa  1102    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4796  NAD-dependent DNA ligase LigB  55.74 
 
 		 561 aa  617  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03590  NAD-dependent DNA ligase LigB  59.64 
 
 		 560 aa  602  1.0000000000000001e-171  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145228  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0382  DNA ligase, NAD-dependent, putative  53.91 
 
 		 561 aa  599  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5270  NAD-dependent DNA ligase LigB  56.3 
 
 		 558 aa  595  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.27312  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4968  NAD-dependent DNA ligase LigB  54.04 
 
 		 566 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4841  NAD-dependent DNA ligase LigB  54.5 
 
 		 566 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  53.49 
 
 		 567 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  53.39 
 
 		 566 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  46.94 
 
 		 575 aa  468  9.999999999999999e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4491  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.61 
 
 		 563 aa  464  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4208  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.94 
 
 		 562 aa  459  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4144  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.54 
 
 		 560 aa  459  9.999999999999999e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.610084  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  46.81 
 
 		 629 aa  457  1e-127  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000466124  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0092  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.96 
 
 		 556 aa  453  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0042  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.78 
 
 		 567 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4175  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.78 
 
 		 567 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.388697  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4148  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.56 
 
 		 562 aa  432  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.969555  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03504  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.53 
 
 		 560 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0058  DNA ligase (NAD(+))  40.53 
 
 		 560 aa  429  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3858  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.39 
 
 		 562 aa  432  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3981  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.53 
 
 		 560 aa  432  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0064  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.53 
 
 		 560 aa  429  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0046  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.78 
 
 		 558 aa  431  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  40.56 
 
 		 577 aa  431  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03456  hypothetical protein  40.53 
 
 		 560 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3956  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.44 
 
 		 561 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4126  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.25 
 
 		 561 aa  425  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4065  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.44 
 
 		 561 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.25 
 
 		 561 aa  425  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109468 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4019  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.25 
 
 		 561 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  26 
 
 		 681 aa  189  1e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  24.87 
 
 		 668 aa  187  3e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  25.9 
 
 		 663 aa  184  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  26.88 
 
 		 667 aa  177  5e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  27.37 
 
 		 673 aa  177  6e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  27.63 
 
 		 676 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  27.02 
 
 		 673 aa  174  5e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  25.21 
 
 		 684 aa  173  5.999999999999999e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  24.15 
 
 		 680 aa  173  6.999999999999999e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  26.18 
 
 		 670 aa  172  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0463  DNA ligase, NAD-dependent  27.03 
 
 		 684 aa  170  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  26.16 
 
 		 674 aa  170  5e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.68 
 
 		 670 aa  170  5e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  22.88 
 
 		 669 aa  170  8e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0562  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.76 
 
 		 660 aa  169  2e-40  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0449275  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  24.25 
 
 		 667 aa  167  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  24.25 
 
 		 667 aa  167  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  23.26 
 
 		 662 aa  167  5e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  26.91 
 
 		 673 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  25.51 
 
 		 680 aa  166  1.0000000000000001e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1670  DNA ligase NAD-dependent  26.35 
 
 		 666 aa  166  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.229082 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  27.16 
 
 		 675 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  26.79 
 
 		 673 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  27.66 
 
 		 671 aa  164  3e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0947  DNA ligase, NAD-dependent  21.24 
 
 		 675 aa  164  3e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0163  DNA ligase, NAD-dependent  28.01 
 
 		 685 aa  165  3e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316123  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  27.66 
 
 		 671 aa  164  3e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  25.69 
 
 		 688 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  25.69 
 
 		 688 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.97 
 
 		 669 aa  162  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.97 
 
 		 669 aa  162  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.97 
 
 		 669 aa  163  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.97 
 
 		 669 aa  162  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.95 
 
 		 670 aa  163  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.97 
 
 		 669 aa  162  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  23.36 
 
 		 665 aa  161  2e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.97 
 
 		 669 aa  162  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.97 
 
 		 669 aa  162  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1699  DNA ligase (NAD+)  29.69 
 
 		 677 aa  161  4e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.699894  normal  0.700726 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  23.16 
 
 		 668 aa  161  4e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.59 
 
 		 669 aa  160  5e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  27.85 
 
 		 673 aa  160  5e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.54 
 
 		 669 aa  159  9e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.21 
 
 		 669 aa  159  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.66 
 
 		 652 aa  159  1e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  26.44 
 
 		 675 aa  158  2e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1926  hypothetical protein  25.21 
 
 		 671 aa  158  2e-37  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  25.04 
 
 		 677 aa  157  3e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  26.74 
 
 		 692 aa  158  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  25.86 
 
 		 674 aa  157  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  26.88 
 
 		 672 aa  157  4e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  27.07 
 
 		 671 aa  157  5.0000000000000005e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2628  NAD-dependent DNA ligase LigA  27.03 
 
 		 693 aa  157  5.0000000000000005e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.533906  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  25.44 
 
 		 677 aa  157  7e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2086  DNA ligase, NAD-dependent  27.52 
 
 		 670 aa  156  8e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  24.01 
 
 		 670 aa  156  9e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  29.36 
 
 		 711 aa  156  1e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  27.01 
 
 		 699 aa  156  1e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  25.13 
 
 		 673 aa  156  1e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  24.57 
 
 		 680 aa  155  2e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.27 
 
 		 669 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0423  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.74 
 
 		 660 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0066  DNA ligase, NAD-dependent  24.91 
 
 		 671 aa  155  2.9999999999999998e-36  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0369  DNA ligase (NAD(+))  25.31 
 
 		 661 aa  154  2.9999999999999998e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  25.91 
 
 		 694 aa  155  2.9999999999999998e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  24.69 
 
 		 663 aa  154  4e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  25.51 
 
 		 684 aa  154  4e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  25 
 
 		 673 aa  153  7e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  27.58 
 
 		 669 aa  153  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>