More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4208 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4208  NAD-dependent DNA ligase LigB  100 
 
 		 562 aa  1151    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4491  NAD-dependent DNA ligase LigB  85.26 
 
 		 563 aa  986    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4144  NAD-dependent DNA ligase LigB  58.14 
 
 		 560 aa  653    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.610084  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  54.76 
 
 		 575 aa  622  1e-177  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0042  NAD-dependent DNA ligase LigB  48.85 
 
 		 567 aa  553  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4175  NAD-dependent DNA ligase LigB  48.85 
 
 		 567 aa  554  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.388697  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0046  NAD-dependent DNA ligase LigB  48.92 
 
 		 558 aa  547  1e-154  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4126  NAD-dependent DNA ligase LigB  46.86 
 
 		 561 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  47.05 
 
 		 561 aa  518  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109468 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3956  NAD-dependent DNA ligase LigB  46.68 
 
 		 561 aa  514  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4065  NAD-dependent DNA ligase LigB  46.68 
 
 		 561 aa  514  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4019  NAD-dependent DNA ligase LigB  47.7 
 
 		 561 aa  513  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0058  DNA ligase (NAD(+))  44.3 
 
 		 560 aa  508  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3981  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.3 
 
 		 560 aa  509  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3858  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.3 
 
 		 562 aa  509  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03504  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.12 
 
 		 560 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03456  hypothetical protein  44.12 
 
 		 560 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0064  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.12 
 
 		 560 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4148  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.12 
 
 		 562 aa  504  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.969555  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0092  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.07 
 
 		 556 aa  504  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.55 
 
 		 577 aa  503  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5270  NAD-dependent DNA ligase LigB  45.9 
 
 		 558 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.27312  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0382  DNA ligase, NAD-dependent, putative  45.93 
 
 		 561 aa  487  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4796  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.43 
 
 		 561 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0453  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.94 
 
 		 562 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03590  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.67 
 
 		 560 aa  444  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145228  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.03 
 
 		 629 aa  429  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000466124  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4841  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.02 
 
 		 566 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4968  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.02 
 
 		 566 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  41.5 
 
 		 567 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  38.9 
 
 		 566 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  26.71 
 
 		 675 aa  176  8e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  26.29 
 
 		 692 aa  175  1.9999999999999998e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.43 
 
 		 670 aa  169  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  25.4 
 
 		 699 aa  166  2.0000000000000002e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  25.35 
 
 		 680 aa  164  3e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0702  NAD-dependent DNA ligase  23.11 
 
 		 677 aa  162  1e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26670  DNA ligase, NAD-dependent  26.62 
 
 		 708 aa  162  1e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000046682  normal  0.968488 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  27.03 
 
 		 681 aa  162  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  25.22 
 
 		 673 aa  162  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  24.83 
 
 		 663 aa  160  4e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  25.3 
 
 		 685 aa  160  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  23.85 
 
 		 684 aa  159  1e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  25.61 
 
 		 674 aa  159  2e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  26.12 
 
 		 667 aa  158  3e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  25.69 
 
 		 671 aa  157  4e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.55 
 
 		 671 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  25.91 
 
 		 678 aa  157  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  25.69 
 
 		 671 aa  157  4e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  24.7 
 
 		 675 aa  156  8e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  25.35 
 
 		 663 aa  156  9e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  26.3 
 
 		 673 aa  156  9e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  27.8 
 
 		 676 aa  156  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  25.7 
 
 		 708 aa  155  2e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2628  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.69 
 
 		 693 aa  155  2e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.533906  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  23.98 
 
 		 662 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  24.61 
 
 		 668 aa  154  2.9999999999999998e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.38 
 
 		 671 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.38 
 
 		 671 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.38 
 
 		 671 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.38 
 
 		 671 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  25.73 
 
 		 689 aa  153  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  24.57 
 
 		 680 aa  153  7e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2086  DNA ligase, NAD-dependent  25.13 
 
 		 670 aa  153  7e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.95 
 
 		 670 aa  152  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  25.43 
 
 		 673 aa  152  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  24.96 
 
 		 673 aa  152  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  25.77 
 
 		 670 aa  152  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  24.79 
 
 		 694 aa  152  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0066  DNA ligase, NAD-dependent  24.76 
 
 		 671 aa  151  3e-35  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  22.47 
 
 		 681 aa  151  4e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0696  DNA ligase, NAD-dependent  26.78 
 
 		 684 aa  150  5e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.266157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1017  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.8 
 
 		 645 aa  150  5e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.682519  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  24.26 
 
 		 674 aa  150  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  25.62 
 
 		 683 aa  150  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  25.17 
 
 		 690 aa  150  7e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1670  DNA ligase NAD-dependent  25.65 
 
 		 666 aa  150  8e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.229082 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.9 
 
 		 673 aa  149  1.0000000000000001e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  25.34 
 
 		 690 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  25.17 
 
 		 691 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0369  DNA ligase (NAD(+))  24.78 
 
 		 661 aa  148  2.0000000000000003e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  25.46 
 
 		 673 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1315  DNA ligase, NAD-dependent  26.58 
 
 		 696 aa  148  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.175272 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  24.67 
 
 		 670 aa  148  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  25.84 
 
 		 712 aa  147  3e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  26.48 
 
 		 711 aa  148  3e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  24.91 
 
 		 688 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  24.91 
 
 		 688 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  24.58 
 
 		 677 aa  147  5e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  23.18 
 
 		 668 aa  147  5e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4515  DNA ligase, NAD-dependent  25.45 
 
 		 726 aa  147  6e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.94 
 
 		 671 aa  147  7.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  24.31 
 
 		 665 aa  146  9e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  23.8 
 
 		 670 aa  146  9e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0301  DNA ligase, NAD-dependent  21.71 
 
 		 676 aa  146  9e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.10932  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  24.05 
 
 		 662 aa  145  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1699  DNA ligase (NAD+)  28.16 
 
 		 677 aa  145  1e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.699894  normal  0.700726 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  25.95 
 
 		 675 aa  146  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  23.38 
 
 		 673 aa  146  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0011  DNA ligase, NAD-dependent  27 
 
 		 794 aa  145  2e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.996124  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>