More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1443 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 204 aa  412  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  53.73 
 
 		 205 aa  219  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  53.69 
 
 		 207 aa  214  9e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  51.72 
 
 		 207 aa  212  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 200 aa  125  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  36.5 
 
 		 207 aa  114  7.999999999999999e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  38.94 
 
 		 210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 208 aa  111  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 210 aa  102  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  37.87 
 
 		 234 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2798  TetR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 251 aa  98.6  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.358212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  35.53 
 
 		 208 aa  98.2  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 220 aa  97.4  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  35.54 
 
 		 219 aa  97.4  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  34.16 
 
 		 208 aa  96.3  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 214 aa  92.4  4e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 209 aa  92.4  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 234 aa  88.6  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  30.39 
 
 		 209 aa  88.2  8e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 213 aa  85.5  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  34.32 
 
 		 250 aa  84.7  8e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  34.36 
 
 		 220 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  29 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  36.05 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  29.35 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  34.36 
 
 		 220 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  35.47 
 
 		 213 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 208 aa  82.4  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 244 aa  81.6  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 206 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 210 aa  80.1  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 202 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  28.24 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 237 aa  78.2  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  27.32 
 
 		 217 aa  78.2  0.00000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  30.95 
 
 		 251 aa  76.6  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 216 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 213 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 203 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  26.29 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 206 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 206 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 209 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 213 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 206 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 226 aa  72.8  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  29.23 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 207 aa  72  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  27.54 
 
 		 201 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 216 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  26.06 
 
 		 208 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 202 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 210 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 205 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1641  transcriptional regulator, TetR family protein  29.37 
 
 		 145 aa  69.3  0.00000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.216203  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 208 aa  69.3  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  28.48 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  33.59 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 257 aa  67.8  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  31.22 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0566  transcription regulator protein  29.85 
 
 		 207 aa  67  0.0000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000000411686  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1558  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 		 208 aa  67  0.0000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  32.3 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 214 aa  65.9  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  31.19 
 
 		 204 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 209 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2650  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 195 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>