More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1558 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_1558  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
208 aa  417  1e-116  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0417  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
210 aa  141  9e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.582738  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0391  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
210 aa  140  9.999999999999999e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.914065  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1589  TetR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
210 aa  139  3e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  32.85 
 
 
205 aa  108  8.000000000000001e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0566  transcription regulator protein  31.19 
 
 
207 aa  92.8  4e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000000411686  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  31.38 
 
 
209 aa  91.3  8e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
202 aa  88.6  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1641  transcriptional regulator, TetR family protein  34.31 
 
 
145 aa  79.3  0.00000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.216203  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  32.17 
 
 
219 aa  70.5  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  33.87 
 
 
205 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  26.86 
 
 
213 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 
204 aa  67  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  26.86 
 
 
213 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  30.66 
 
 
207 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
210 aa  65.1  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  25.84 
 
 
224 aa  64.7  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1167  regulatory protein TetR  36.15 
 
 
220 aa  63.5  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000201787  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  23.76 
 
 
200 aa  61.6  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  23.76 
 
 
200 aa  61.6  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
208 aa  60.5  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  25.36 
 
 
237 aa  59.7  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  24.37 
 
 
191 aa  59.3  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
205 aa  59.3  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
228 aa  58.9  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
219 aa  58.9  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
214 aa  58.5  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1848  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
210 aa  57.8  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
211 aa  57.8  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1447  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 
214 aa  57.8  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.268108  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
212 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0123  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
224 aa  56.6  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  28.22 
 
 
212 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 
216 aa  57  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 
222 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5356  transcriptional regulator, TetR family  31.63 
 
 
201 aa  56.2  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 
198 aa  56.2  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  28.15 
 
 
250 aa  55.5  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2369  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 
202 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4003  transcriptional regulator, TetR family  25.62 
 
 
242 aa  55.5  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3958  transcriptional regulator, TetR family  25.62 
 
 
242 aa  55.1  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  28.68 
 
 
209 aa  55.1  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 
207 aa  54.3  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  25.85 
 
 
201 aa  53.9  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 
223 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2460  transcriptional regulator TetR family  35.42 
 
 
231 aa  53.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.337543  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  31.78 
 
 
203 aa  53.9  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
219 aa  53.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 
227 aa  53.1  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
266 aa  53.1  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0232  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
230 aa  53.1  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
213 aa  52.8  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 
200 aa  52.4  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  26.5 
 
 
263 aa  52.8  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1794  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
218 aa  52.8  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  26.85 
 
 
233 aa  52.4  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  24.35 
 
 
251 aa  52.4  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0355  transcriptional regulator, TetR family  27.06 
 
 
195 aa  52.4  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00350  transcriptional regulator  27.61 
 
 
199 aa  52  0.000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3711  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 
420 aa  51.6  0.000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0336995  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
239 aa  51.6  0.000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 
226 aa  50.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  28.66 
 
 
280 aa  51.2  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05966  hypothetical protein  35.21 
 
 
241 aa  51.2  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
218 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 
215 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0931  transcriptional regulator, TetR family  24.52 
 
 
215 aa  50.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.588864  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
197 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  29.9 
 
 
220 aa  51.2  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  30.37 
 
 
260 aa  51.2  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2636  transcriptional regulator, TetR family  33.72 
 
 
198 aa  50.4  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30260  transcriptional regulator  28.72 
 
 
400 aa  50.8  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.473296 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
204 aa  50.4  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4896  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 
222 aa  50.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  35.63 
 
 
216 aa  50.8  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 
218 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0056  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 
198 aa  50.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1550  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 
201 aa  50.1  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  25.89 
 
 
214 aa  50.4  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  33.03 
 
 
211 aa  50.8  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1709  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 
224 aa  50.4  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal  0.0301663 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 
236 aa  50.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
200 aa  50.4  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2716  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
196 aa  49.7  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0607966  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2667  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
196 aa  49.7  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.182644  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2644  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
196 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.773011  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2923  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 
196 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.30016e-22 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
273 aa  49.7  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0199  TetR family regulatory protein  31.91 
 
 
214 aa  49.7  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2970  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 
196 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.642297  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2924  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
196 aa  49.7  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  27.73 
 
 
255 aa  49.7  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  27.73 
 
 
247 aa  49.7  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2934  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 
196 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 
218 aa  49.3  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
228 aa  49.3  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7041  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
224 aa  49.3  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.971453 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  26.21 
 
 
238 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
207 aa  49.3  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3702  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
204 aa  49.3  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>