More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02625 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02625  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 836 aa  1695    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107636  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0068  TonB-dependent receptor  42.57 
 
 		 798 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00237309  hitchhiker  0.00396946 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0063  TonB-dependent receptor  42.45 
 
 		 798 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0128619  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4286  TonB-dependent receptor  42.33 
 
 		 798 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000018092  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0067  outer membrane insertion C-terminal signal  42.33 
 
 		 798 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00013463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0066  TonB-dependent receptor  42.55 
 
 		 798 aa  601  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000206959  hitchhiker  0.0000000155765 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0064  TonB-dependent receptor  42.55 
 
 		 798 aa  601  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00224959  unclonable  0.0000416662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0068  TonB-dependent receptor  42.55 
 
 		 798 aa  601  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000121546  unclonable  0.000000000240632 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3988  TonB-dependent receptor  42.07 
 
 		 798 aa  588  1e-166  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000235152  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02415  TonB-dependent receptor  40.73 
 
 		 814 aa  577  1.0000000000000001e-163  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3963  TonB-dependent receptor  37.82 
 
 		 812 aa  496  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000386767  normal  0.0993256 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01250  TonB-dependent receptor  38.2 
 
 		 882 aa  494  9.999999999999999e-139  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3229  TonB-dependent receptor  33.81 
 
 		 875 aa  389  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1881  TonB-dependent receptor  32.9 
 
 		 838 aa  361  2e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.490789  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  30.29 
 
 		 866 aa  257  6e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3503  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 754 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.216173  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0977  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 757 aa  221  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0305  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 786 aa  219  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.301005 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1434  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 753 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000294975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1822  TonB-dependent receptor, plug  26.9 
 
 		 756 aa  213  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000398859  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0143  TonB-dependent receptor plug  26.58 
 
 		 864 aa  213  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.556848  normal  0.758309 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2959  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 761 aa  210  7e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.404716 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3961  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 835 aa  207  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04790  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 793 aa  205  3e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 798 aa  185  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3957  TonB-dependent receptor  36.52 
 
 		 870 aa  162  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4077  cyclic nucleotide-binding protein  23.92 
 
 		 959 aa  159  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1484  TonB-dependent receptor plug  24.62 
 
 		 831 aa  142  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.425755 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0866  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 		 879 aa  136  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.250778  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0334  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 		 815 aa  132  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000617894  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3280  TonB-dependent receptor  24.35 
 
 		 923 aa  127  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 720 aa  69.7  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 798 aa  68.2  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  30.67 
 
 		 665 aa  66.2  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  29.82 
 
 		 680 aa  65.1  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  32.04 
 
 		 758 aa  64.7  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.51 
 
 		 631 aa  63.9  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1662  TonB-dependent receptor  31.32 
 
 		 686 aa  63.2  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.917445  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2140  ferrichrome receptor precursor protein  31.71 
 
 		 740 aa  63.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.262117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  30 
 
 		 613 aa  62.4  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.94 
 
 		 631 aa  62.4  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0714  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 		 780 aa  61.2  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.116243  decreased coverage  0.000166351 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3241  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 780 aa  61.2  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188368  normal  0.014911 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  30.86 
 
 		 705 aa  60.1  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  30.53 
 
 		 758 aa  60.5  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  29.95 
 
 		 640 aa  60.1  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2060  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 		 781 aa  59.7  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3430  outer membrane receptor FepA  29.26 
 
 		 759 aa  59.7  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101807 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 790 aa  60.1  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 		 701 aa  60.1  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3474  ferrichrome receptor precursor protein  30.6 
 
 		 719 aa  59.7  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.588367  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0899  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 764 aa  60.1  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00548484  normal  0.114309 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 767 aa  59.7  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  27.68 
 
 		 652 aa  59.7  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2646  TonB-dependent receptor plug  31.98 
 
 		 771 aa  59.3  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  29.94 
 
 		 617 aa  59.3  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3577  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  26.94 
 
 		 718 aa  58.9  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.601026  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1803  ribosome-binding factor A  27.86 
 
 		 656 aa  58.9  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  28.64 
 
 		 711 aa  58.5  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  25.75 
 
 		 710 aa  58.5  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 700 aa  58.2  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 680 aa  58.2  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1006  TonB-dependent siderophore receptor  23.93 
 
 		 726 aa  57.8  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 742 aa  58.2  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0638  outer membrane receptor FepA  31.55 
 
 		 751 aa  57.8  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  27.27 
 
 		 618 aa  57.8  0.0000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0008  TonB-dependent siderophore receptor  26.55 
 
 		 713 aa  57.8  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000108759 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 782 aa  57  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 747 aa  57.4  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1139  TonB-dependent siderophore receptor  30.73 
 
 		 736 aa  57.4  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.489697 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  25.14 
 
 		 634 aa  57  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 750 aa  57  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5052  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 726 aa  56.6  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0923716  normal  0.422268 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  26.5 
 
 		 646 aa  56.6  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3272  TonB-dependent siderophore receptor  25.54 
 
 		 750 aa  56.2  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.46801  normal  0.424622 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003567  ferrichrome-iron receptor  27.8 
 
 		 740 aa  56.2  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0624  outer membrane receptor FepA  31.02 
 
 		 751 aa  56.6  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4191  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.16 
 
 		 734 aa  56.6  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398881  normal  0.278972 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 783 aa  57  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0680  outer membrane receptor FepA  28.44 
 
 		 783 aa  57  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0125648  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0697  outer membrane receptor FepA  31.02 
 
 		 751 aa  56.6  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  25.93 
 
 		 628 aa  56.6  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2846  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 823 aa  56.6  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000571125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  27.84 
 
 		 665 aa  56.6  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 700 aa  56.6  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  29.95 
 
 		 758 aa  57  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00767  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 772 aa  55.8  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03368  putative TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 754 aa  55.8  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00133491  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  25.44 
 
 		 703 aa  56.2  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0681  outer membrane receptor FepA  30.27 
 
 		 751 aa  55.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.757968  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1482  TonB-dependent receptor, putative  25.98 
 
 		 815 aa  55.5  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0988  TonB-dependent receptor plug  24.31 
 
 		 806 aa  55.5  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.124203 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  23.46 
 
 		 739 aa  55.5  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 642 aa  55.1  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1053  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 		 791 aa  55.1  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  22.83 
 
 		 616 aa  55.1  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0743  outer membrane receptor FepA  30.27 
 
 		 751 aa  55.5  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.100086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  25.67 
 
 		 673 aa  55.1  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  29.41 
 
 		 758 aa  55.1  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 681 aa  55.1  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>