96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4209 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4209  restriction endonuclease  100 
 
 		 311 aa  626  1e-178  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000116308 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04217  methylated adenine and cytosine restriction protein  63.84 
 
 		 304 aa  363  2e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04183  hypothetical protein  63.84 
 
 		 304 aa  363  2e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3646  restriction endonuclease  63.52 
 
 		 304 aa  360  2e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4933  Mrr restriction system protein  57 
 
 		 304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0091  restriction endonuclease  41.75 
 
 		 305 aa  245  4.9999999999999997e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0464771  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3544  restriction endonuclease  41.99 
 
 		 305 aa  245  8e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0477  restriction endonuclease  44.09 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.863286  normal  0.802026 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1084  restriction endonuclease  40.76 
 
 		 304 aa  235  9e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2534  restriction endonuclease  43.31 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.983155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1090  restriction endonuclease  36.54 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.978634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0148  restriction endonuclease  40.95 
 
 		 302 aa  222  7e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000609168  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1061  restriction endonuclease  36.22 
 
 		 310 aa  222  7e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1692  mrr restriction system protein  40.83 
 
 		 303 aa  215  9e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.337411 
 
 
-
 
NC_002950  PG0968  Mrr restriction system protein  40.06 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.299295 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0888  5-methylcytosine-specific restriction enzyme  41.1 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1609  restriction endonuclease  37.5 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.355055  normal  0.341579 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3601  restriction endonuclease  37.54 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1094  restriction endonuclease  40 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.907503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1958  restriction endonuclease  36.74 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.89806  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0680  restriction endonuclease  32 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12548  restriction system protein mrr  36.99 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00923915 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05300  restriction endonuclease  36.98 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.979407  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1408  restriction endonuclease  32.59 
 
 		 302 aa  169  8e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22830  restriction endonuclease  34.41 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.275041 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1502  restriction endonuclease  36.91 
 
 		 307 aa  162  7e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.677027  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0753  Mrr restriction system protein  34.49 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.113295  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1586  restriction endonuclease  35.44 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2785  restriction endonuclease  34.6 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3186  Mrr restriction system protein  34.6 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0422  sodium- and chloride-dependent transporter  49.12 
 
 		 128 aa  110  4.0000000000000004e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.37197  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1873  restriction endonuclease  26.49 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4287  restriction endonuclease  29.74 
 
 		 291 aa  102  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.253945 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3744  restriction endonuclease  28.9 
 
 		 291 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.464694  normal  0.208515 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3690  restriction endonuclease  28.9 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0084  restriction endonuclease  29.33 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.243939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3348  restriction endonuclease  25.89 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.26696  normal  0.0571713 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1615  restriction endonuclease  27.8 
 
 		 288 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0411  restriction endonuclease  32.91 
 
 		 374 aa  76.3  0.0000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4639  restriction endonuclease  25.48 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000167857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0554  restriction endonuclease  29.71 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1753  restriction endonuclease  38.41 
 
 		 215 aa  70.9  0.00000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0993  restriction endonuclease-like protein  36.52 
 
 		 421 aa  68.9  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2162  Mrr restriction protein-related  34.07 
 
 		 125 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.660936  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2317  Mrr restriction protein-related  34.07 
 
 		 154 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.233057  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2101  Mrr restriction protein-related  34.07 
 
 		 154 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.579298  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2342  Mrr restriction protein-related  34.07 
 
 		 154 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1324  restriction endonuclease  32.19 
 
 		 493 aa  66.2  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0899903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  38.02 
 
 		 262 aa  65.1  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  31.87 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2498  restriction endonuclease  34.17 
 
 		 493 aa  62.8  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.480892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9871  hypothetical protein  30.66 
 
 		 187 aa  61.6  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7869  hypothetical protein  34.46 
 
 		 250 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1132  restriction endonuclease  25.96 
 
 		 454 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.574602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1858  restriction endonuclease-like  28.12 
 
 		 349 aa  59.7  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0036  restriction endonuclease  26.91 
 
 		 325 aa  58.9  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  31.16 
 
 		 440 aa  57.4  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2745  restriction endonuclease  37.59 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  31.16 
 
 		 327 aa  57  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  32.81 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1674  restriction endonuclease  31.34 
 
 		 345 aa  56.2  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.890961  hitchhiker  0.000510843 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0538  restriction endonuclease  26.38 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0325  restriction endonuclease  31.65 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383479 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0042  endonuclease  30.08 
 
 		 326 aa  55.5  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000000176557  hitchhiker  0.000586339 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  31.78 
 
 		 355 aa  55.5  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1093  type II restriction endonuclease family protein  33.09 
 
 		 182 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1631  restriction endonuclease  31.25 
 
 		 345 aa  54.3  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.796365  normal  0.0242548 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2295  hypothetical protein  28.44 
 
 		 301 aa  53.1  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4342  type II restriction endonuclease family protein  32.35 
 
 		 182 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000331313  hitchhiker  0.000000000249094 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1614  restriction endonuclease  30.09 
 
 		 585 aa  53.1  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000775525  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  30.99 
 
 		 230 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1996  Mrr restriction system protein-like  28.37 
 
 		 447 aa  52.4  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00366255  normal  0.311144 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3985  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  24.46 
 
 		 323 aa  51.6  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3871  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  24.46 
 
 		 323 aa  51.6  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  34.71 
 
 		 287 aa  51.6  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1542  restriction endonuclease  28.1 
 
 		 184 aa  51.6  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4245  restriction endonuclease  36.22 
 
 		 368 aa  50.8  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114082  normal  0.143836 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2515  restriction endonuclease  37.17 
 
 		 237 aa  50.4  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2286  restriction endonuclease  36.27 
 
 		 359 aa  50.1  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.227945 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4180  restriction endonuclease  30.33 
 
 		 196 aa  50.1  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1115  type II restriction endonuclease, putative  29.14 
 
 		 333 aa  49.3  0.00008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.162238  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4809  restriction endonuclease  37.1 
 
 		 219 aa  48.9  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1446  restriction endonuclease  30.17 
 
 		 328 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0714463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4097  restriction endonuclease  29.51 
 
 		 208 aa  48.1  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  30.36 
 
 		 348 aa  48.1  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4576  restriction endonuclease  30 
 
 		 169 aa  47  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000197116  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0474  restriction endonuclease  33.93 
 
 		 364 aa  46.6  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.674991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0154  restriction endonuclease  32.48 
 
 		 305 aa  46.2  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5168  restriction endonuclease  32.12 
 
 		 799 aa  46.2  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.741445  normal  0.440558 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1503  restriction endonuclease  32.12 
 
 		 799 aa  46.2  0.0008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.307536  normal  0.0187368 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2859  restriction endonuclease  29.25 
 
 		 374 aa  45.8  0.0009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  28.66 
 
 		 289 aa  45.4  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2800  restriction endonuclease  29.82 
 
 		 207 aa  44.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1406  restriction endonuclease  27.78 
 
 		 328 aa  43.9  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000555478  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0200  restriction endonuclease  30.77 
 
 		 403 aa  43.1  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  28.57 
 
 		 313 aa  42.4  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>