90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1132 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1132  restriction endonuclease  100 
 
 
454 aa  924    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.574602  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0554  restriction endonuclease  55.97 
 
 
296 aa  298  1e-79  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0036  restriction endonuclease  57.82 
 
 
325 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4287  restriction endonuclease  48.56 
 
 
291 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.253945 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4639  restriction endonuclease  49.64 
 
 
286 aa  247  4e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000167857  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1615  restriction endonuclease  40.55 
 
 
288 aa  193  4e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3690  restriction endonuclease  38.89 
 
 
291 aa  186  9e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3744  restriction endonuclease  38.54 
 
 
291 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.464694  normal  0.208515 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3348  restriction endonuclease  32.71 
 
 
299 aa  137  5e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.26696  normal  0.0571713 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1408  restriction endonuclease  29.04 
 
 
302 aa  117  3e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0148  restriction endonuclease  31.07 
 
 
302 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000609168  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1586  restriction endonuclease  29.87 
 
 
304 aa  114  5e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0968  Mrr restriction system protein  30.31 
 
 
305 aa  109  9.000000000000001e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.299295 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22830  restriction endonuclease  29.64 
 
 
306 aa  105  2e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.275041 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0477  restriction endonuclease  30.48 
 
 
303 aa  105  2e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.863286  normal  0.802026 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0091  restriction endonuclease  28.66 
 
 
305 aa  103  8e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0464771  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12548  restriction system protein mrr  28.34 
 
 
306 aa  102  1e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00923915 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3544  restriction endonuclease  29.08 
 
 
305 aa  96.7  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1061  restriction endonuclease  26.92 
 
 
310 aa  96.7  8e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1090  restriction endonuclease  27.22 
 
 
310 aa  96.3  9e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.978634  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1958  restriction endonuclease  28.48 
 
 
312 aa  96.3  1e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.89806  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1084  restriction endonuclease  27.05 
 
 
304 aa  96.3  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1094  restriction endonuclease  29 
 
 
310 aa  95.5  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.907503  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0411  restriction endonuclease  41.04 
 
 
374 aa  95.1  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0753  Mrr restriction system protein  27.97 
 
 
296 aa  92  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.113295  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1324  restriction endonuclease  39.01 
 
 
493 aa  90.9  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0899903  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3601  restriction endonuclease  29.06 
 
 
293 aa  90.5  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2534  restriction endonuclease  26.43 
 
 
302 aa  89.7  9e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.983155  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3186  Mrr restriction system protein  28.12 
 
 
305 aa  89.4  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2785  restriction endonuclease  28.12 
 
 
305 aa  89.4  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1502  restriction endonuclease  28.71 
 
 
307 aa  88.2  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.677027  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1692  mrr restriction system protein  27.34 
 
 
303 aa  88.2  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.337411 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1858  restriction endonuclease-like  38.17 
 
 
349 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4933  Mrr restriction system protein  27.07 
 
 
304 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1674  restriction endonuclease  40.6 
 
 
345 aa  85.1  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.890961  hitchhiker  0.000510843 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0888  5-methylcytosine-specific restriction enzyme  27.91 
 
 
306 aa  82  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1609  restriction endonuclease  26.46 
 
 
297 aa  77.4  0.0000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.355055  normal  0.341579 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3646  restriction endonuclease  27.33 
 
 
304 aa  76.6  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05300  restriction endonuclease  28.72 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.979407  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04183  hypothetical protein  25.4 
 
 
304 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04217  methylated adenine and cytosine restriction protein  25.4 
 
 
304 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1753  restriction endonuclease  31.34 
 
 
215 aa  71.6  0.00000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0474  restriction endonuclease  37.39 
 
 
364 aa  70.1  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.674991  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0680  restriction endonuclease  23.65 
 
 
304 aa  68.6  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1873  restriction endonuclease  25.11 
 
 
297 aa  68.2  0.0000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0993  restriction endonuclease-like protein  35.2 
 
 
421 aa  67.8  0.0000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1131  restriction endonuclease  32.12 
 
 
450 aa  65.9  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.134013  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4245  restriction endonuclease  40.16 
 
 
368 aa  66.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114082  normal  0.143836 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4209  restriction endonuclease  25.96 
 
 
311 aa  62.4  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000116308 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2286  restriction endonuclease  37 
 
 
359 aa  61.2  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.227945 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2745  restriction endonuclease  28.37 
 
 
222 aa  60.5  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7869  hypothetical protein  36.5 
 
 
250 aa  59.3  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2498  restriction endonuclease  36.51 
 
 
493 aa  57.4  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.480892  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0154  restriction endonuclease  29.03 
 
 
305 aa  56.6  0.0000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0084  restriction endonuclease  26.47 
 
 
300 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.243939  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2295  hypothetical protein  27.75 
 
 
301 aa  55.1  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0422  sodium- and chloride-dependent transporter  32.54 
 
 
128 aa  54.7  0.000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.37197  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  32.65 
 
 
287 aa  53.9  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1614  restriction endonuclease  30.43 
 
 
585 aa  53.9  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000775525  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1431  restriction endonuclease  39 
 
 
208 aa  53.9  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.45825  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4809  restriction endonuclease  37.5 
 
 
219 aa  52.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0004  hypothetical protein  28.78 
 
 
369 aa  50.4  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0449  restriction endonuclease  32.84 
 
 
250 aa  49.7  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.679724  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1542  restriction endonuclease  31.09 
 
 
184 aa  49.3  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  32.59 
 
 
252 aa  48.9  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0325  restriction endonuclease  24.68 
 
 
196 aa  48.9  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00383479 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5168  restriction endonuclease  35.65 
 
 
799 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.741445  normal  0.440558 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  32.8 
 
 
271 aa  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1503  restriction endonuclease  35.65 
 
 
799 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.307536  normal  0.0187368 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  30.16 
 
 
348 aa  47.8  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1115  type II restriction endonuclease, putative  29.14 
 
 
333 aa  47.8  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.162238  n/a   
 
 
-
 
NC_013748  Htur_5043  restriction endonuclease  26.92 
 
 
349 aa  47.4  0.0005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  36.51 
 
 
262 aa  47  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  34.15 
 
 
310 aa  47  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9871  hypothetical protein  28.35 
 
 
187 aa  46.6  0.0008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4180  restriction endonuclease  24.07 
 
 
196 aa  46.6  0.0009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2898  restriction endonuclease  28.03 
 
 
454 aa  45.8  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4097  restriction endonuclease  26.32 
 
 
208 aa  46.2  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  36.13 
 
 
355 aa  45.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  28.57 
 
 
440 aa  44.7  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6871  restriction endonuclease  31.69 
 
 
200 aa  45.1  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4774  restriction endonuclease  33.9 
 
 
260 aa  44.7  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1078  restriction endonuclease  31.45 
 
 
333 aa  44.3  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.272779  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11011  hypothetical protein  31.11 
 
 
145 aa  44.3  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1996  Mrr restriction system protein-like  27.14 
 
 
447 aa  44.3  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00366255  normal  0.311144 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5241  restriction endonuclease  33.9 
 
 
260 aa  44.3  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.944294 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  25.41 
 
 
230 aa  43.9  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3007  restriction endonuclease  27.27 
 
 
454 aa  43.9  0.006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  28.74 
 
 
327 aa  43.9  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  37.61 
 
 
285 aa  43.1  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>