More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_07020 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  37.54 
 
 		 1168 aa  690    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  65.55 
 
 		 1193 aa  1493    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.15 
 
 		 1148 aa  707    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1176 aa  743    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  55.76 
 
 		 1234 aa  1271    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  39.05 
 
 		 1197 aa  738    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  35.74 
 
 		 1155 aa  668    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  36.15 
 
 		 1169 aa  689    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  56.3 
 
 		 1198 aa  1251    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  37.63 
 
 		 1169 aa  661    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.84 
 
 		 1176 aa  733    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  36.65 
 
 		 1207 aa  678    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  36.44 
 
 		 1165 aa  645    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  39 
 
 		 1165 aa  767    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1164 aa  641    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  61.4 
 
 		 1216 aa  1384    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.53 
 
 		 1176 aa  735    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  38.93 
 
 		 1178 aa  735    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  38.75 
 
 		 1176 aa  732    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1161 aa  636    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1153 aa  658    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.72 
 
 		 1153 aa  655    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  42.49 
 
 		 1169 aa  793    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  63.1 
 
 		 1210 aa  1451    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  36.42 
 
 		 1179 aa  705    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1146 aa  636    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  41.22 
 
 		 1182 aa  753    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  35.49 
 
 		 1188 aa  649    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  35.52 
 
 		 1174 aa  701    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1174 aa  639    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  37.54 
 
 		 1168 aa  690    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  64.39 
 
 		 1188 aa  1387    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  38.52 
 
 		 1161 aa  666    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  56.41 
 
 		 1211 aa  1292    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  39.61 
 
 		 1159 aa  734    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  39.3 
 
 		 1148 aa  721    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2848  transcription-repair coupling factor  37.42 
 
 		 1164 aa  636    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420758  normal  0.818462 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  40.7 
 
 		 1158 aa  729    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  38.93 
 
 		 1176 aa  735    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  35.58 
 
 		 1159 aa  641    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.53 
 
 		 1176 aa  735    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1518  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1195 aa  637    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  37.16 
 
 		 1153 aa  657    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  36.98 
 
 		 1156 aa  639    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  36.66 
 
 		 1137 aa  647    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  41.02 
 
 		 1183 aa  780    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  38.84 
 
 		 1176 aa  733    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  39.5 
 
 		 1141 aa  702    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  64.01 
 
 		 1208 aa  1376    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  37.7 
 
 		 1171 aa  637    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  37.08 
 
 		 1179 aa  691    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  35.81 
 
 		 1168 aa  645    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  38.83 
 
 		 1176 aa  728    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  37.64 
 
 		 1153 aa  678    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1196 aa  754    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 		 1134 aa  666    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  36.75 
 
 		 1166 aa  637    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2938  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 		 1172 aa  640    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  36.81 
 
 		 1179 aa  650    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1170 aa  783    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 		 1157 aa  649    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  38.43 
 
 		 1173 aa  637    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  40.57 
 
 		 1265 aa  742    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.39 
 
 		 1182 aa  701    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  35.93 
 
 		 1165 aa  657    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  37.18 
 
 		 1176 aa  644    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  56.69 
 
 		 1212 aa  1280    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  56.41 
 
 		 1211 aa  1290    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  40.1 
 
 		 1157 aa  710    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  41.3 
 
 		 1246 aa  742    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1157 aa  649    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  37.15 
 
 		 1157 aa  642    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  36.94 
 
 		 1162 aa  751    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  36.68 
 
 		 1162 aa  748    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  35.1 
 
 		 1158 aa  662    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  39.24 
 
 		 1176 aa  716    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  38.43 
 
 		 1176 aa  726    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1174 aa  679    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  36.04 
 
 		 1160 aa  638    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.37 
 
 		 1178 aa  755    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  38.88 
 
 		 1165 aa  712    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1172 aa  640    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  39.33 
 
 		 1207 aa  728    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  52.87 
 
 		 1194 aa  1194    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.31 
 
 		 1162 aa  695    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 		 1155 aa  654    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  37.39 
 
 		 1165 aa  705    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  37.02 
 
 		 1179 aa  654    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  36.87 
 
 		 1168 aa  642    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  62.53 
 
 		 1222 aa  1382    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  60.93 
 
 		 1218 aa  1385    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.36 
 
 		 1189 aa  677    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1198 aa  672    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  37.95 
 
 		 1176 aa  725    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  58.54 
 
 		 1192 aa  1274    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  40.16 
 
 		 1177 aa  721    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  38.39 
 
 		 1168 aa  638    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1298  transcription-repair coupling factor  60.94 
 
 		 1220 aa  1388    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122104 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  61.6 
 
 		 1224 aa  1417    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  35.4 
 
 		 1155 aa  636    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>