More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4094 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 204 aa  409  1e-113  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5186  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal  0.188797 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  47.46 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4091  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0309  transcriptional regulator, TetR family  35.76 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.302465  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  60 
 
 		 191 aa  71.6  0.000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  33.92 
 
 		 184 aa  71.2  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  34.39 
 
 		 203 aa  71.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  64.71 
 
 		 183 aa  69.3  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0068  transcriptional regulator, TetR family  49.41 
 
 		 185 aa  68.2  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.139926 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 192 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  60.78 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 		 200 aa  62  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1613  TetR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 189 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.066311 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0906  transcriptional regulator, TetR family  48.33 
 
 		 232 aa  61.2  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.052988  normal  0.0196 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3004  transcriptional regulator, TetR family  32.76 
 
 		 186 aa  61.2  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.519568  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2242  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.640782  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2162  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.116975  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2406  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2423  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2176  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000096918  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2506  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.733789  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2219  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.23135  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2373  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 236 aa  58.9  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0140  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2441  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.21008  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3938  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 231 aa  58.2  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00284915  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1590  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 231 aa  58.2  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.299217  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  34.51 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  38.95 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2959  transcriptional regulator, TetR family  44.07 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177797 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2437  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000237388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  44.44 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2373  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3929  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.459326  normal  0.170288 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4006  transcriptional regulator, TetR family  51.79 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1681  TetR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.371055  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1823  TetR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 226 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1842  TetR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 226 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1889  TetR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 226 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28060  transcriptional regulator  32.12 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.633688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  43.66 
 
 		 252 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0483  TetR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 269 aa  55.8  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0599  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000153581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 242 aa  55.1  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3665  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 199 aa  55.1  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.58 
 
 		 217 aa  54.7  0.0000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2291  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.857741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2537  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 87 aa  54.7  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1864  TetR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.370614  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5392  transcriptional regulator, TetR family protein  31.43 
 
 		 190 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8152  putative transcriptional regulator, TetR family  41.89 
 
 		 174 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.687421 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10920  transcriptional regulator  49.06 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0917166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  41.56 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2308  transcriptional regulator, TetR family  39.25 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.594902 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  43.64 
 
 		 196 aa  54.7  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4079  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 244 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  0.246764 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1969  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0320964 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 241 aa  54.3  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1044  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 180 aa  53.9  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0206033 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3694  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 222 aa  53.9  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1790  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 209 aa  54.3  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0868  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 		 222 aa  53.9  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000486929  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0765  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 228 aa  54.3  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  36.26 
 
 		 241 aa  54.3  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.03 
 
 		 217 aa  53.9  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.15 
 
 		 236 aa  53.9  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 238 aa  53.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1726  TetR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 216 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.379747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 250 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6913  putative transcriptional regulator, TetR family  48.28 
 
 		 183 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.03 
 
 		 217 aa  53.9  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 267 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 221 aa  53.5  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.15 
 
 		 236 aa  53.9  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1792  TetR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 216 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0119  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000566826  decreased coverage  0.00000000000241144 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4249  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 191 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.399807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 203 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 253 aa  53.5  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>