More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3249 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3249  serine phosphatase  100 
 
 		 309 aa  620  1e-177  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.876229 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0232  Stage II sporulation E family protein  40 
 
 		 531 aa  122  6e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.66837  decreased coverage  0.000564491 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3698  Stage II sporulation E family protein  33.87 
 
 		 570 aa  94  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0288597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2166  putative PAS/PAC sensor protein  28.97 
 
 		 378 aa  92  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1176  stage II sporulation E  39.68 
 
 		 642 aa  87.8  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.95059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  35.09 
 
 		 757 aa  82.8  0.000000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  33.5 
 
 		 438 aa  82  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  34.76 
 
 		 738 aa  80.9  0.00000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0643  stage II sporulation E family protein  31.76 
 
 		 708 aa  79.7  0.00000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0924  protein serine/threonine phosphatase  27.07 
 
 		 705 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0206766 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  37 
 
 		 1248 aa  78.6  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3495  serine phosphatase  31.63 
 
 		 262 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2187  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.11 
 
 		 497 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0663  protein serine/threonine phosphatase  29.96 
 
 		 846 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3932  response regulator receiver modulated serine phosphatase  30.56 
 
 		 388 aa  77.4  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.380742 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0916  putative PAS/PAC sensor protein  29.07 
 
 		 781 aa  76.3  0.0000000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.557683 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2520  stage II sporulation E family protein  30.95 
 
 		 683 aa  75.5  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.700414 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  32.03 
 
 		 772 aa  75.5  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2938  protein serine/threonine phosphatase  32.39 
 
 		 634 aa  73.9  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1793  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  28.57 
 
 		 486 aa  73.9  0.000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0249  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  33.63 
 
 		 359 aa  73.2  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.67 
 
 		 1045 aa  73.2  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.58 
 
 		 738 aa  73.2  0.000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0285  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  25.27 
 
 		 590 aa  73.2  0.000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5293  stage II sporulation E family protein  39.81 
 
 		 632 aa  73.2  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.948365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0060  serine phosphatase  30.48 
 
 		 706 aa  72.8  0.000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0461367 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4712  protein serine/threonine phosphatase  36.54 
 
 		 431 aa  72.4  0.000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.883041  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2468  stage II sporulation E family protein  33.73 
 
 		 455 aa  72.4  0.000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2023  protein serine/threonine phosphatase  27.54 
 
 		 648 aa  72  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  27.73 
 
 		 1087 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0392  serine phosphatase  28.7 
 
 		 233 aa  71.2  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0288764  normal  0.194315 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  30.84 
 
 		 693 aa  71.2  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1527  serine phosphatase  30.26 
 
 		 645 aa  71.2  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  34.3 
 
 		 697 aa  70.5  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2542  putative PAS/PAC sensor protein  27.73 
 
 		 637 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  38.27 
 
 		 828 aa  70.1  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3351  stage II sporulation E family protein  30.65 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3068  serine phosphatase  25.36 
 
 		 612 aa  70.1  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  25.62 
 
 		 413 aa  69.7  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.12 
 
 		 1361 aa  69.7  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5452  protein serine/threonine phosphatase  34.26 
 
 		 400 aa  69.7  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180738  normal  0.458665 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  35.67 
 
 		 755 aa  69.7  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1753  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.12 
 
 		 486 aa  69.3  0.00000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.646626  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.45 
 
 		 585 aa  69.3  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2856  protein serine/threonine phosphatase  30.73 
 
 		 705 aa  68.9  0.00000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2171  protein serine/threonine phosphatase  37.41 
 
 		 389 aa  68.9  0.00000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.529271  hitchhiker  0.000569605 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1524  putative PAS/PAC sensor protein  31.46 
 
 		 409 aa  68.6  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1424  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.71 
 
 		 496 aa  68.6  0.0000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  32.18 
 
 		 688 aa  68.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1450  hypothetical protein  26.88 
 
 		 472 aa  68.9  0.0000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1513  stage II sporulation E family protein  29.82 
 
 		 397 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2796  cyclic nucleotide-binding protein  32.16 
 
 		 453 aa  67.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.180681  normal  0.733886 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1306  protein serine/threonine phosphatase  33.66 
 
 		 406 aa  68.2  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  29.72 
 
 		 743 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3234  serine phosphatase  32.54 
 
 		 631 aa  67.8  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0999  response regulator receiver modulated serine phosphatase  34.81 
 
 		 602 aa  68.2  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118416  hitchhiker  0.00369461 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  30.86 
 
 		 1051 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0709  protein serine/threonine phosphatase  26.09 
 
 		 716 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  33.97 
 
 		 851 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2162  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.96 
 
 		 1017 aa  67  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.266871  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2083  Stage II sporulation E family protein  29.59 
 
 		 556 aa  67.4  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.611306  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2013  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.2 
 
 		 411 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.155477  normal  0.0155604 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.47 
 
 		 1385 aa  67.4  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2931  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.63 
 
 		 563 aa  67  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0258566  normal  0.261187 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1448  serine phosphatase  26.94 
 
 		 472 aa  67  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2100  putative phytochrome sensor protein  27.73 
 
 		 1082 aa  67  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.758651  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  30.77 
 
 		 753 aa  66.6  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2152  putative response regulator, putative serine phosphatase  29.51 
 
 		 434 aa  66.6  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  27.83 
 
 		 1087 aa  66.2  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2179  sigma factor regulation protein  25.41 
 
 		 404 aa  66.2  0.0000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.116997  normal  0.843172 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2082  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  32.08 
 
 		 566 aa  65.9  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2204  serine phosphatase  29.13 
 
 		 644 aa  65.9  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.206885  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2750  HAMP domain-containing protein  28.57 
 
 		 543 aa  65.5  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.362683  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1196  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.23 
 
 		 1004 aa  65.5  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.472848  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0848  protein serine/threonine phosphatase  32.34 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.509752  normal  0.225073 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2502  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.62 
 
 		 384 aa  64.7  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149084  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3158  Stage II sporulation E family protein  29.3 
 
 		 443 aa  65.1  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1487  stage II sporulation E family protein  30.18 
 
 		 535 aa  64.7  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3121  protein serine/threonine phosphatase  34.95 
 
 		 415 aa  63.9  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2345  rsbU-related protein  30.99 
 
 		 249 aa  64.3  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.442066  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1833  putative PAS/PAC sensor protein  27.37 
 
 		 560 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2114  anti-sigma-factor antagonist  35.22 
 
 		 618 aa  64.3  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.39314  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 1711 aa  63.5  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0115  Stage II sporulation E family protein  30.48 
 
 		 429 aa  63.5  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.90623  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1539  protein serine/threonine phosphatase  24.86 
 
 		 363 aa  63.5  0.000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2946  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.85 
 
 		 384 aa  63.5  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.1 
 
 		 1390 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  28.23 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.1 
 
 		 1390 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.1 
 
 		 1390 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0700  sensory box/response regulator  29.71 
 
 		 637 aa  63.2  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1626  protein serine/threonine phosphatase  32.88 
 
 		 412 aa  63.2  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  28.48 
 
 		 1432 aa  63.2  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3700  serine phosphatase  26.89 
 
 		 385 aa  63.2  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.3 
 
 		 616 aa  63.5  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3361  putative PAS/PAC sensor protein  24.17 
 
 		 373 aa  62.8  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4557  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.36 
 
 		 606 aa  63.2  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2818  putative PAS/PAC sensor protein  27.78 
 
 		 649 aa  63.2  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2045  putative GAF sensor protein  28.37 
 
 		 1079 aa  63.2  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0456906  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 		 570 aa  63.2  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>