More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5293 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1176  stage II sporulation E  59.41 
 
 
642 aa  660    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.95059  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5293  stage II sporulation E family protein  100 
 
 
632 aa  1214    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.948365  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0232  Stage II sporulation E family protein  34.25 
 
 
531 aa  180  5.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.66837  decreased coverage  0.000564491 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3698  Stage II sporulation E family protein  43.64 
 
 
570 aa  150  9e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0288597  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0291  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 
543 aa  125  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.808463 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2988  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.27 
 
 
529 aa  90.9  7e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.633654  normal  0.687189 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2343  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.11 
 
 
553 aa  90.5  9e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.199199  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3269  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
529 aa  88.6  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.481885  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6522  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
556 aa  87.8  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0443  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.26 
 
 
641 aa  85.9  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.324888 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2023  protein serine/threonine phosphatase  26.52 
 
 
648 aa  84.7  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  40 
 
 
453 aa  82  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0643  stage II sporulation E family protein  29.67 
 
 
708 aa  81.6  0.00000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  39.85 
 
 
697 aa  81.3  0.00000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0924  protein serine/threonine phosphatase  25.22 
 
 
705 aa  81.3  0.00000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0206766 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3249  serine phosphatase  39.26 
 
 
309 aa  78.6  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.876229 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2938  protein serine/threonine phosphatase  30.62 
 
 
634 aa  78.2  0.0000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2060  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  29.91 
 
 
678 aa  77.8  0.0000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2204  serine phosphatase  29.41 
 
 
644 aa  77.8  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.206885  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
693 aa  77  0.0000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5034  histidine kinase  28.21 
 
 
498 aa  76.3  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  40.31 
 
 
776 aa  75.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2689  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.36 
 
 
527 aa  75.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.151228  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.36 
 
 
527 aa  75.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.219338  normal  0.282473 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  33.63 
 
 
772 aa  75.9  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2719  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.36 
 
 
527 aa  75.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185456  normal  0.521326 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0709  protein serine/threonine phosphatase  26.24 
 
 
716 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  40.62 
 
 
760 aa  75.5  0.000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1216  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.58 
 
 
562 aa  75.5  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.743011  normal  0.567814 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3485  histidine kinase  27.93 
 
 
565 aa  74.3  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5852  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  36.99 
 
 
424 aa  73.9  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.910285  normal  0.678328 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1527  serine phosphatase  29.73 
 
 
645 aa  73.9  0.000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  47.62 
 
 
755 aa  73.9  0.000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  34.07 
 
 
851 aa  72.4  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  37.4 
 
 
847 aa  72.4  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41 
 
 
738 aa  72  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  39.23 
 
 
260 aa  71.2  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3014  stage II sporulation E family protein  37.04 
 
 
723 aa  70.5  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2856  protein serine/threonine phosphatase  28.93 
 
 
705 aa  70.5  0.00000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  39.02 
 
 
738 aa  70.5  0.00000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5844  Bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)-like protein  25.35 
 
 
529 aa  70.5  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.533062 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2905  putative methyl-accepting chemotaxis protein  31.28 
 
 
542 aa  69.7  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.234112  normal  0.211145 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11810  PAS domain S-box  39.69 
 
 
502 aa  69.7  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.85834  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2410  protein serine/threonine phosphatase  39 
 
 
660 aa  68.9  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2091  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.14 
 
 
562 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0245477 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2750  HAMP domain-containing protein  26.69 
 
 
543 aa  68.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.362683  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1584  protein serine/threonine phosphatase  28.25 
 
 
649 aa  68.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.63374 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0663  protein serine/threonine phosphatase  36.8 
 
 
846 aa  68.6  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  38.57 
 
 
797 aa  68.2  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2329  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.46 
 
 
748 aa  67.8  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.681955  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0115  Stage II sporulation E family protein  32.79 
 
 
429 aa  67.8  0.0000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.90623  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3665  chemotaxis sensory transducer  28.79 
 
 
567 aa  67.4  0.0000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1818  protein serine/threonine phosphatase  38.46 
 
 
309 aa  67  0.0000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23057  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2796  cyclic nucleotide-binding protein  36.44 
 
 
453 aa  67  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.180681  normal  0.733886 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.27 
 
 
1711 aa  66.6  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  35.46 
 
 
1432 aa  67  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  35.85 
 
 
385 aa  67  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3081  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.68 
 
 
562 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.53055  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0999  response regulator receiver modulated serine phosphatase  30.3 
 
 
602 aa  65.9  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118416  hitchhiker  0.00369461 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0285  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  24.5 
 
 
590 aa  65.9  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.92 
 
 
515 aa  66.2  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.183815  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  32.62 
 
 
585 aa  65.1  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0857  serine phosphatase  30 
 
 
643 aa  65.5  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00025918  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.6 
 
 
560 aa  65.5  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2520  stage II sporulation E family protein  36.07 
 
 
683 aa  65.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.700414 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1513  stage II sporulation E family protein  30.25 
 
 
397 aa  65.5  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  34.17 
 
 
760 aa  65.1  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1793  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  28.33 
 
 
486 aa  65.1  0.000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  32.57 
 
 
570 aa  65.1  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.24 
 
 
529 aa  64.7  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.64 
 
 
532 aa  64.7  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.030472 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1652  stage II sporulation E family protein  27.94 
 
 
687 aa  64.7  0.000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  hitchhiker  0.0030302 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  36.89 
 
 
757 aa  64.3  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1034  serine phosphatase  29.57 
 
 
657 aa  64.3  0.000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.363203  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1931  protein serine/threonine phosphatase  37.84 
 
 
451 aa  64.3  0.000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0361513  normal  0.307044 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  32.59 
 
 
828 aa  64.3  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
1383 aa  63.2  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8460  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.82 
 
 
394 aa  63.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 
1248 aa  63.2  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8461  Bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)-like protein  25.46 
 
 
528 aa  63.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3089  putative PAS/PAC sensor protein  39.05 
 
 
676 aa  63.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  30.11 
 
 
1051 aa  63.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.89 
 
 
585 aa  62.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  34.18 
 
 
688 aa  63.2  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.62 
 
 
579 aa  62.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  32.67 
 
 
697 aa  62.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2012  Stage II sporulation E family protein  36.14 
 
 
612 aa  62.8  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.81 
 
 
1361 aa  63.2  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  38.61 
 
 
692 aa  62.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2082  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  30.06 
 
 
566 aa  62.4  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  31.46 
 
 
544 aa  62  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 
1385 aa  62  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2943  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.57 
 
 
470 aa  62  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1440  response regulator  27.18 
 
 
391 aa  62  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0677305  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1860  protein serine/threonine phosphatase  29.38 
 
 
396 aa  61.6  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1266  chemotaxis sensory transducer  26.54 
 
 
562 aa  61.6  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  32.18 
 
 
700 aa  61.6  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  34.48 
 
 
546 aa  61.6  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  28.99 
 
 
413 aa  61.2  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8733  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.4 
 
 
532 aa  60.8  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>