More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1176 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1176  stage II sporulation E  100 
 
 
642 aa  1252    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.95059  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5293  stage II sporulation E family protein  68.67 
 
 
632 aa  484  1e-135  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.948365  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0232  Stage II sporulation E family protein  36.32 
 
 
531 aa  182  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.66837  decreased coverage  0.000564491 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3698  Stage II sporulation E family protein  37.11 
 
 
570 aa  154  5e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0288597  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0291  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 
543 aa  105  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.808463 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2343  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 
553 aa  92.8  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.199199  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3249  serine phosphatase  39.68 
 
 
309 aa  87.4  7e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.876229 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6522  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
556 aa  85.1  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0443  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.82 
 
 
641 aa  84.3  0.000000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.324888 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2988  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.93 
 
 
529 aa  84  0.000000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.633654  normal  0.687189 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2938  protein serine/threonine phosphatase  31.13 
 
 
634 aa  82.8  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0924  protein serine/threonine phosphatase  24.3 
 
 
705 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0206766 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  38.93 
 
 
772 aa  78.6  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0643  stage II sporulation E family protein  29.65 
 
 
708 aa  79  0.0000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2204  serine phosphatase  29.65 
 
 
644 aa  78.2  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.206885  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3269  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 
529 aa  77.4  0.0000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.481885  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2750  HAMP domain-containing protein  27.18 
 
 
543 aa  77.4  0.0000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.362683  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  37.59 
 
 
697 aa  76.6  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2689  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.41 
 
 
527 aa  76.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.151228  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.41 
 
 
527 aa  76.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.219338  normal  0.282473 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2719  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.41 
 
 
527 aa  76.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185456  normal  0.521326 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5852  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  38.78 
 
 
424 aa  75.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.910285  normal  0.678328 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0709  protein serine/threonine phosphatase  27 
 
 
716 aa  73.9  0.000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  42.31 
 
 
693 aa  73.9  0.000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5034  histidine kinase  24.89 
 
 
498 aa  73.6  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  37.59 
 
 
1432 aa  72.8  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.16 
 
 
1248 aa  72.4  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2023  protein serine/threonine phosphatase  25.62 
 
 
648 aa  72  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  37.6 
 
 
847 aa  71.2  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3014  stage II sporulation E family protein  38.32 
 
 
723 aa  71.6  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0285  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.76 
 
 
590 aa  70.9  0.00000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2856  protein serine/threonine phosphatase  30.26 
 
 
705 aa  70.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2187  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.38 
 
 
497 aa  70.5  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2796  cyclic nucleotide-binding protein  38.46 
 
 
453 aa  70.1  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.180681  normal  0.733886 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2410  protein serine/threonine phosphatase  36.64 
 
 
660 aa  69.7  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  39.62 
 
 
760 aa  69.7  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  41.18 
 
 
776 aa  68.6  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2060  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  27.7 
 
 
678 aa  68.6  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  37.58 
 
 
453 aa  68.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  37.98 
 
 
260 aa  68.6  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  38.21 
 
 
738 aa  68.2  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  38 
 
 
828 aa  67.8  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.59 
 
 
385 aa  67.4  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  30.38 
 
 
1051 aa  67.4  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0663  protein serine/threonine phosphatase  41.18 
 
 
846 aa  67.4  0.0000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2345  rsbU-related protein  34.07 
 
 
249 aa  66.6  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.442066  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  35.21 
 
 
546 aa  66.6  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40 
 
 
738 aa  66.6  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3495  serine phosphatase  37.84 
 
 
262 aa  66.2  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  36 
 
 
851 aa  66.2  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  41.35 
 
 
755 aa  66.2  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0699  protein serine/threonine phosphatase  29.88 
 
 
379 aa  65.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.38 
 
 
1385 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 
1361 aa  66.2  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2520  stage II sporulation E family protein  37.21 
 
 
683 aa  65.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.700414 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  38.17 
 
 
688 aa  65.5  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.4 
 
 
585 aa  65.5  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
1383 aa  65.5  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  30.65 
 
 
574 aa  65.5  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5844  Bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)-like protein  25.19 
 
 
529 aa  64.7  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.533062 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  37.86 
 
 
757 aa  64.3  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.15 
 
 
560 aa  63.9  0.000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1931  protein serine/threonine phosphatase  35.94 
 
 
451 aa  63.5  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0361513  normal  0.307044 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  36.72 
 
 
570 aa  63.2  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11810  PAS domain S-box  35.33 
 
 
502 aa  63.5  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.85834  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  40.16 
 
 
697 aa  63.5  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  39.06 
 
 
700 aa  62.8  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1993  stage II sporulation E family protein  36.45 
 
 
708 aa  62  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  36.97 
 
 
1087 aa  62.4  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  36.72 
 
 
692 aa  62.4  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1584  protein serine/threonine phosphatase  30.57 
 
 
649 aa  62.4  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.63374 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3094  putative PAS/PAC sensor protein  34.17 
 
 
519 aa  61.6  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1513  stage II sporulation E family protein  35.79 
 
 
397 aa  61.6  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  35.21 
 
 
585 aa  61.2  0.00000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1793  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.25 
 
 
486 aa  61.2  0.00000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0279  response regulator receiver modulated serine phosphatase  37.14 
 
 
394 aa  61.6  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2468  stage II sporulation E family protein  40.74 
 
 
455 aa  61.6  0.00000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8460  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  40 
 
 
394 aa  61.2  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  33.9 
 
 
1087 aa  60.8  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
607 aa  60.8  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5014  serine phosphatase  30.51 
 
 
459 aa  60.8  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8733  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.39 
 
 
532 aa  60.8  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0115  Stage II sporulation E family protein  31.2 
 
 
429 aa  60.5  0.00000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.90623  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.75 
 
 
1711 aa  60.5  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1818  protein serine/threonine phosphatase  38 
 
 
309 aa  60.1  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23057  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2166  putative PAS/PAC sensor protein  24.22 
 
 
378 aa  60.1  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.29 
 
 
579 aa  59.3  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0288  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.23 
 
 
572 aa  59.3  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1034  serine phosphatase  28.37 
 
 
657 aa  59.3  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.363203  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 
544 aa  58.9  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 
515 aa  59.3  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.183815  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  30.24 
 
 
583 aa  59.3  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3329  ANTAR domain protein with unknown sensor  35.04 
 
 
830 aa  59.3  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3089  putative PAS/PAC sensor protein  36.19 
 
 
676 aa  59.3  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2083  PAS/protein phosphatase 2C-like  32.84 
 
 
672 aa  58.9  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2100  putative phytochrome sensor protein  34.48 
 
 
1082 aa  58.9  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.758651  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0999  response regulator receiver modulated serine phosphatase  30.46 
 
 
602 aa  58.9  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118416  hitchhiker  0.00369461 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  30.83 
 
 
591 aa  58.2  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0857  serine phosphatase  29.27 
 
 
643 aa  58.5  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00025918  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  33.33 
 
 
692 aa  58.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>