More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1968 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1968  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 379 aa  769    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000223491  normal  0.235934 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.9 
 
 		 372 aa  328  7e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.320362 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  47.03 
 
 		 374 aa  322  5e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.58 
 
 		 378 aa  309  5e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.08 
 
 		 383 aa  171  2e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000507809  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 422 aa  171  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4352  RND family efflux transporter MFP subunit  33.74 
 
 		 369 aa  169  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.285703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1083  RND family efflux transporter MFP subunit  33.71 
 
 		 359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0380532  normal  0.959663 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  30.89 
 
 		 385 aa  167  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0738  RND family efflux transporter MFP subunit  31.85 
 
 		 430 aa  166  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 428 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134622 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 450 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  32.18 
 
 		 428 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  31.73 
 
 		 386 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  33.77 
 
 		 371 aa  164  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  34.22 
 
 		 430 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.94 
 
 		 373 aa  164  3e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  34.01 
 
 		 411 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  32.94 
 
 		 456 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0667  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 		 396 aa  162  6e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2192  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 408 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  31.56 
 
 		 372 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  32.09 
 
 		 454 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  32.09 
 
 		 457 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  30.95 
 
 		 392 aa  161  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4070  secretion protein HlyD  30.27 
 
 		 405 aa  160  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.409958  normal  0.154431 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  32.09 
 
 		 457 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  33.7 
 
 		 430 aa  160  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  30.79 
 
 		 434 aa  160  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  32.84 
 
 		 435 aa  159  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  32.8 
 
 		 375 aa  160  5e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2029  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.13 
 
 		 378 aa  160  5e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.109803  hitchhiker  0.00040221 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.68 
 
 		 372 aa  159  6e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.460897  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2450  RND family efflux transporter MFP subunit  29.54 
 
 		 373 aa  158  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  31.83 
 
 		 435 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  31.91 
 
 		 394 aa  157  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  32.94 
 
 		 463 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  32.94 
 
 		 457 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  32.28 
 
 		 434 aa  157  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  34.12 
 
 		 377 aa  157  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  33.97 
 
 		 430 aa  157  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1140  RND family efflux transporter MFP subunit  32.3 
 
 		 374 aa  156  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.01 
 
 		 374 aa  156  7e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  29.29 
 
 		 412 aa  156  7e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  29.29 
 
 		 412 aa  156  7e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0119  CmeA  29.75 
 
 		 373 aa  155  8e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  29.29 
 
 		 412 aa  155  9e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  33.52 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  33.52 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0689  secretion protein HlyD  30.55 
 
 		 411 aa  155  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 		 381 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4509  RND family efflux transporter MFP subunit  31.4 
 
 		 381 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.4 
 
 		 381 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  31.98 
 
 		 442 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  33.42 
 
 		 428 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  30.88 
 
 		 411 aa  153  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  33.43 
 
 		 394 aa  153  4e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3586  secretion protein HlyD  34.81 
 
 		 369 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  31.56 
 
 		 397 aa  153  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 415 aa  153  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.63 
 
 		 435 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  33.24 
 
 		 455 aa  153  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  33.24 
 
 		 415 aa  153  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1501  HlyD family secretion protein  31.69 
 
 		 445 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310778  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  33.62 
 
 		 415 aa  152  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  29.22 
 
 		 391 aa  152  8e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  32.27 
 
 		 433 aa  152  8e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.53 
 
 		 436 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  31.93 
 
 		 373 aa  152  8.999999999999999e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.53 
 
 		 436 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  31.27 
 
 		 444 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  30.27 
 
 		 408 aa  151  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3309  RND family efflux transporter MFP subunit  32.38 
 
 		 430 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 435 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1992  secretion protein HlyD family protein  31.17 
 
 		 418 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.125579  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  29.22 
 
 		 415 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1939  RND family efflux transporter MFP subunit  31.17 
 
 		 418 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0238209  hitchhiker  0.000755342 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1369  membrane fusion protein MdtA  31.69 
 
 		 445 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  32.95 
 
 		 415 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  32.95 
 
 		 415 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 		 381 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.14 
 
 		 381 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  27.79 
 
 		 418 aa  150  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  29.23 
 
 		 368 aa  151  2e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.98 
 
 		 384 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0416  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  29.36 
 
 		 367 aa  150  4e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.34 
 
 		 377 aa  150  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  33.53 
 
 		 422 aa  150  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1590  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  28.45 
 
 		 367 aa  150  4e-35  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1361  HlyD family secretion protein  30.58 
 
 		 387 aa  150  5e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 427 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  32.68 
 
 		 415 aa  150  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 384 aa  149  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  30.52 
 
 		 381 aa  150  5e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.98 
 
 		 384 aa  150  5e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2037  RND family efflux transporter MFP subunit  30.89 
 
 		 418 aa  150  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.421969  normal  0.135437 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.18 
 
 		 422 aa  149  6e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 386 aa  149  8e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2434  RND family efflux transporter MFP subunit  30.42 
 
 		 383 aa  149  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.671436  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  32.64 
 
 		 436 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>