More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2686 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  100 
 
 		 390 aa  788    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  67.4 
 
 		 398 aa  499  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  65.47 
 
 		 396 aa  495  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  59.28 
 
 		 389 aa  475  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  55.19 
 
 		 387 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  50.55 
 
 		 399 aa  387  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  47.71 
 
 		 388 aa  374  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  45.57 
 
 		 391 aa  357  9.999999999999999e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  46.23 
 
 		 389 aa  356  2.9999999999999997e-97  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  44.99 
 
 		 388 aa  351  1e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  47.7 
 
 		 390 aa  350  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  45.63 
 
 		 401 aa  342  7e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  46.15 
 
 		 379 aa  329  6e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  44.05 
 
 		 391 aa  322  9.999999999999999e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  42.37 
 
 		 389 aa  320  1.9999999999999998e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  46.01 
 
 		 407 aa  317  3e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  43.48 
 
 		 390 aa  317  3e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  43.37 
 
 		 390 aa  316  4e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  44.85 
 
 		 386 aa  307  2.0000000000000002e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  40.85 
 
 		 389 aa  306  4.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  39.95 
 
 		 395 aa  305  9.000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  39.16 
 
 		 389 aa  296  4e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  40.88 
 
 		 390 aa  293  4e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  41.41 
 
 		 381 aa  290  3e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  39.84 
 
 		 379 aa  280  3e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  44.08 
 
 		 399 aa  276  4e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  37.79 
 
 		 393 aa  274  2.0000000000000002e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  38.66 
 
 		 395 aa  266  5.999999999999999e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  39.12 
 
 		 376 aa  265  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  39.43 
 
 		 397 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  37.81 
 
 		 395 aa  232  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  35.73 
 
 		 389 aa  231  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  36.84 
 
 		 395 aa  227  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  35.79 
 
 		 387 aa  227  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  35.42 
 
 		 393 aa  226  6e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  37.75 
 
 		 402 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  35.98 
 
 		 390 aa  225  9e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  36.84 
 
 		 390 aa  225  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  36.36 
 
 		 392 aa  223  4e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  35.64 
 
 		 406 aa  222  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  37.18 
 
 		 402 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  35.41 
 
 		 390 aa  219  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  35.09 
 
 		 387 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 390 aa  213  7e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  36.09 
 
 		 394 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  33.24 
 
 		 395 aa  209  8e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 		 395 aa  208  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 395 aa  206  7e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  32.49 
 
 		 410 aa  187  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  32.39 
 
 		 395 aa  185  1.0000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 		 413 aa  179  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  31.85 
 
 		 392 aa  176  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  32.15 
 
 		 392 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 		 412 aa  160  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  33.06 
 
 		 392 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 		 414 aa  157  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  34.29 
 
 		 392 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  33.82 
 
 		 392 aa  157  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 392 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 		 426 aa  149  7e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 		 423 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  32.35 
 
 		 390 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 		 400 aa  142  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  31.62 
 
 		 391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  31.97 
 
 		 395 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 		 390 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  31.79 
 
 		 391 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 		 392 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  30.91 
 
 		 397 aa  134  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 		 388 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 		 388 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  30.23 
 
 		 390 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 		 384 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  30.57 
 
 		 390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  30.41 
 
 		 390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 		 390 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  29.84 
 
 		 390 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  31.19 
 
 		 390 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  30.15 
 
 		 390 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 		 401 aa  125  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 		 399 aa  124  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4821  putative ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  26.19 
 
 		 416 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.675554 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 		 390 aa  123  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  29.84 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 		 390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.15 
 
 		 398 aa  120  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  30.97 
 
 		 393 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 		 391 aa  119  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.25 
 
 		 402 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 		 402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.11 
 
 		 399 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 398 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.2 
 
 		 376 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.3 
 
 		 389 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  34.04 
 
 		 407 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.42 
 
 		 402 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.54 
 
 		 392 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26.57 
 
 		 398 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>