162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1160 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1160  hypothetical protein  100 
 
 		 630 aa  1276    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.795058  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1162  hypothetical protein  40.83 
 
 		 633 aa  432  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1161  hypothetical protein  48.59 
 
 		 637 aa  412  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.143311  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1088  hypothetical protein  51.06 
 
 		 566 aa  371  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2579  hypothetical protein  48.45 
 
 		 588 aa  353  4e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385383  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0359  hypothetical protein  43.37 
 
 		 657 aa  353  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.224796  normal  0.0716049 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0327  hypothetical protein  41.8 
 
 		 657 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.322162 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2411  hypothetical protein  38.72 
 
 		 582 aa  313  3.9999999999999997e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100681  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2410  hypothetical protein  43.62 
 
 		 624 aa  310  4e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.361804  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  40.85 
 
 		 1094 aa  277  3e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  36.27 
 
 		 4489 aa  273  7e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1086  hypothetical protein  44.38 
 
 		 632 aa  266  8e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  37.38 
 
 		 3560 aa  265  3e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0441  TPR repeat-containing protein  40.52 
 
 		 1085 aa  263  8e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.239248 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  39.13 
 
 		 3035 aa  261  3e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0489  TPR repeat-containing protein  35.28 
 
 		 618 aa  255  2.0000000000000002e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0261011  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2139  TPR repeat-containing protein  38.97 
 
 		 654 aa  253  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.43176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3428  tetratricopeptide TPR_2  36.06 
 
 		 560 aa  251  3e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0384278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0451  TPR repeat-containing protein  37.4 
 
 		 574 aa  245  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.871153  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0121  TPR repeat-containing protein  35.2 
 
 		 732 aa  243  5e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.261868  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1389  TPR repeat-containing protein  39.51 
 
 		 700 aa  243  7.999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2288  TPR repeat-containing protein  34.71 
 
 		 740 aa  242  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1104  TPR repeat-containing protein  36.27 
 
 		 616 aa  238  3e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1827  TPR repeat-containing protein  36.36 
 
 		 761 aa  235  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0460239  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1891  hypothetical protein  38.69 
 
 		 492 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.591473 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  34.45 
 
 		 750 aa  235  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0702  TPR repeat-containing protein  36.09 
 
 		 667 aa  234  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.274193  normal  0.091435 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  34.45 
 
 		 909 aa  233  7.000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1547  hypothetical protein  35.1 
 
 		 459 aa  230  5e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.948596 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1755  TPR repeat-containing protein  35.05 
 
 		 647 aa  229  1e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0455441 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0772  TPR repeat-containing protein  36.64 
 
 		 611 aa  226  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.447572  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3824  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  37.91 
 
 		 1106 aa  221  3.9999999999999997e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.138221 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  33.14 
 
 		 816 aa  220  6e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1008  TPR repeat-containing protein  36.76 
 
 		 672 aa  219  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0452  TPR repeat-containing protein  36.13 
 
 		 569 aa  218  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.384213  normal  0.0840159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7846  hypothetical protein  36.89 
 
 		 452 aa  209  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.346388 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3741  TPR repeat-containing protein  30.65 
 
 		 1106 aa  207  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  36.04 
 
 		 789 aa  206  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4222  glycosyltransferase TPR domain-containing protein  33.94 
 
 		 594 aa  204  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  28.04 
 
 		 739 aa  204  4e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3091  hypothetical protein  33.06 
 
 		 680 aa  204  5e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.677352  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 808 aa  203  8e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0732  TPR repeat-containing protein  33.89 
 
 		 706 aa  201  3e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3331  TPR repeat-containing protein  34.76 
 
 		 633 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.332967  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3339  TPR repeat-containing protein  34.74 
 
 		 732 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3361  TPR repeat-containing protein  36.63 
 
 		 750 aa  197  6e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.311751 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0122  TPR repeat-containing protein  31.43 
 
 		 660 aa  196  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.142603  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3853  O-linked acetylglucosamine transferase  33.96 
 
 		 590 aa  194  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4069  TPR repeat-containing protein  34.19 
 
 		 590 aa  194  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00017793  normal  0.44147 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04549  tetratricopeptide repeat domain protein  32.73 
 
 		 568 aa  194  5e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2093  TPR repeat-containing protein  33.78 
 
 		 1714 aa  192  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1202  TPR repeat-containing protein  26.74 
 
 		 632 aa  190  5.999999999999999e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  33.68 
 
 		 828 aa  187  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1319  TPR repeat-containing protein  38.04 
 
 		 295 aa  187  7e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000000490816  hitchhiker  8.5993e-22 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20301  hypothetical protein  32.48 
 
 		 395 aa  186  9e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.236649 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0166  TPR repeat-containing protein  30.27 
 
 		 754 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0151  TPR repeat-containing protein  34.15 
 
 		 833 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0164  TPR repeat-containing protein  34.15 
 
 		 833 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.863115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0934  TPR repeat-containing protein  32.24 
 
 		 739 aa  183  6e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.897718 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2997  TPR repeat-containing protein  33.16 
 
 		 708 aa  183  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0127987 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0153  TPR repeat-containing protein  30.16 
 
 		 754 aa  183  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.372833  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5619  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  32.35 
 
 		 739 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.474452 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0148  TPR repeat-containing protein  32.63 
 
 		 619 aa  181  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2601  TPR domain/SecC motif-containing domain protein  36.51 
 
 		 585 aa  181  4.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0346889  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  32.91 
 
 		 968 aa  181  4.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2992  TPR repeat-containing protein  34.05 
 
 		 824 aa  180  7e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000746825 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1509  TPR domain-containing protein  31.92 
 
 		 699 aa  180  9e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000367862  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3369  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.33 
 
 		 667 aa  179  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0774784  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27710  glycosyl transferase,TPR repeat protein  32.2 
 
 		 1221 aa  179  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0293  TPR repeat-containing protein  31.83 
 
 		 789 aa  179  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  32.21 
 
 		 828 aa  178  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  31.95 
 
 		 828 aa  178  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0161  TPR repeat-containing protein  32.63 
 
 		 598 aa  178  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3825  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.86 
 
 		 589 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0624707 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0256  hypothetical protein  30.56 
 
 		 719 aa  174  5e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5235  hypothetical protein  33.68 
 
 		 797 aa  173  6.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050699  normal  0.568835 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2855  hypothetical protein  32.8 
 
 		 937 aa  173  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2996  TPR repeat-containing protein  29.95 
 
 		 626 aa  173  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637966  normal  0.0209641 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0720  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.9 
 
 		 570 aa  171  5e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.597499 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0051  TPR repeat-containing protein  30.25 
 
 		 633 aa  170  9e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3742  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.97 
 
 		 589 aa  169  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2387  tetratricopeptide TPR_2  28.42 
 
 		 745 aa  168  2.9999999999999998e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.625245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3338  TPR repeat-containing protein  32.17 
 
 		 595 aa  167  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.257374 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2876  TPR domain-containing protein  30.33 
 
 		 821 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2822  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.69 
 
 		 529 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0094  TPR domain-containing protein  30.35 
 
 		 821 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.822931  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3368  Tetratricopeptide domain protein  30.13 
 
 		 596 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3451  TPR domain-containing protein  30.33 
 
 		 776 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0799942  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1668  TPR domain-containing protein  30.33 
 
 		 776 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.329119  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3873  TPR repeat-containing protein  30.35 
 
 		 776 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.661818  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3955  TPR repeat-containing protein  30.35 
 
 		 776 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3099  TPR domain-containing protein  30.33 
 
 		 776 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0346  TPR repeat-containing protein  29.66 
 
 		 739 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.110262  normal  0.110805 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2394  hypothetical protein  30.79 
 
 		 740 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000509541  hitchhiker  0.0000624153 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3210  TPR domain-containing protein  33.13 
 
 		 781 aa  162  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0461  TPR repeat-containing protein  35.11 
 
 		 627 aa  162  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.999909  normal  0.380381 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0616  TPR repeat-containing protein  28.64 
 
 		 974 aa  160  7e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_863  predicted protein  29.44 
 
 		 708 aa  159  1e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.622244  normal  0.0203568 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0100  TPR domain-containing protein  30.83 
 
 		 790 aa  158  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0699  FkbM family methyltransferase  30.59 
 
 		 921 aa  158  3e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25199 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>