More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4839 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4839  isochorismatase hydrolase  100 
 
 		 252 aa  517  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.722387  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0998  isochorismatase hydrolase  67.5 
 
 		 245 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1156  isochorismatase family protein  72.07 
 
 		 246 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3936  pyrimidine utilization protein B  70.8 
 
 		 241 aa  334  7e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.259493  hitchhiker  0.00944074 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3979  isochorismatase hydrolase  70.32 
 
 		 233 aa  330  2e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1822  isochorismatase hydrolase  64.85 
 
 		 248 aa  329  3e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.709387  normal  0.03112 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1129  putative isochorismatase family protein, rutB  67.12 
 
 		 231 aa  324  7e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.880561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2631  isochorismatase hydrolase  67.12 
 
 		 231 aa  323  2e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.662963  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1126  putative isochorismatase family protein, rutB  67.12 
 
 		 231 aa  323  2e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2114  putative isochorismatase family protein, rutB  67.12 
 
 		 231 aa  323  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2584  isochorismatase hydrolase  67.12 
 
 		 231 aa  323  2e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.118098 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01014  predicted enzyme  67.12 
 
 		 230 aa  322  3e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1248  putative isochorismatase family protein, rutB  66.67 
 
 		 231 aa  322  3e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01021  hypothetical protein  67.12 
 
 		 230 aa  322  3e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1524  isochorismatase hydrolase  70 
 
 		 230 aa  320  9.999999999999999e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.405798 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00761  isochorismatase family protein  66.23 
 
 		 244 aa  320  9.999999999999999e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2056  isochorismatase hydrolase  62.82 
 
 		 248 aa  295  7e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.647626  normal  0.0831182 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1583  isochorismatase hydrolase  62.3 
 
 		 258 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.418934 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1737  isochorismatase hydrolase  63.25 
 
 		 248 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1076  isochorismatase hydrolase  61 
 
 		 247 aa  280  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.029222 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5250  isochorismatase hydrolase  32.88 
 
 		 266 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1165  isochorismatase hydrolase  35.8 
 
 		 228 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.712866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0273  isochorismatase hydrolase  35.36 
 
 		 234 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221084  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1356  isochorismatase family protein  34.66 
 
 		 228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0766  isochorismatase family protein  34.27 
 
 		 231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0251753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4623  putative isochorismatase family protein  32.45 
 
 		 227 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0276016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3116  isochorismatase hydrolase  35.61 
 
 		 224 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2024  isochorismatase hydrolase  33.33 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.166105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_26363  predicted protein  29.3 
 
 		 230 aa  108  1e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0839  isochorismatase hydrolase  33.89 
 
 		 232 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1705  isochorismatase hydrolase  32.77 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.936948 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2027  isochorismatase hydrolase  28.25 
 
 		 240 aa  105  7e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0107803  hitchhiker  0.00287244 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3023  isochorismatase hydrolase  32.39 
 
 		 233 aa  105  8e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1269  putative isochorismatase family protein  30.99 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.544851 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1111  isochorismatase hydrolase  32.77 
 
 		 239 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.77446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6446  isochorismatase hydrolase  29 
 
 		 236 aa  104  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.443341  normal  0.0975575 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1578  isochorismatase hydrolase  28.51 
 
 		 264 aa  103  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.488451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2755  putative isochorismatase  29.09 
 
 		 228 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0850  isochorismatase hydrolase  30.05 
 
 		 227 aa  103  4e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.633323  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2981  isochorismatase family protein  31.94 
 
 		 227 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0757911  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1371  isochorismatase family protein  30.26 
 
 		 230 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.16071  normal  0.0672215 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5240  isochorismatase hydrolase  31.47 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.599557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2658  isochorismatase hydrolase  31.56 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.481302  normal  0.112501 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2859  isochorismatase hydrolase  31.96 
 
 		 212 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.607414  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5651  hypothetical protein  27.35 
 
 		 223 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.101784  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4478  isochorismatase hydrolase  30.37 
 
 		 234 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6453  isochorismatase hydrolase  31.84 
 
 		 234 aa  99.4  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.344539  normal  0.0179591 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6450  isochorismatase hydrolase  29.31 
 
 		 222 aa  98.6  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0382853 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2912  isochorismatase hydrolase  29.38 
 
 		 240 aa  98.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.333712  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4480  isochorismatase hydrolase  29.31 
 
 		 222 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5654  hypothetical protein  27.88 
 
 		 233 aa  97.8  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17210  nicotinamidase-like amidase  32.08 
 
 		 256 aa  97.4  2e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0676  isochorismatase hydrolase  30.41 
 
 		 247 aa  97.4  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06124  isochorismatase family hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G08700)  26.85 
 
 		 389 aa  93.2  3e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.189791 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0258  isochorismatase hydrolase  31.38 
 
 		 203 aa  93.2  3e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3021  isochorismatase hydrolase  29.73 
 
 		 232 aa  93.2  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1695  isochorismatase hydrolase  33.63 
 
 		 226 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305053  normal  0.0828387 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6450  isochorismatase hydrolase  32.5 
 
 		 241 aa  93.2  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0709723  normal  0.0611102 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0992  isochorismatase hydrolase  31.38 
 
 		 224 aa  93.2  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1098  isochorismatase hydrolase  33.7 
 
 		 201 aa  92.8  5e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1257  isochorismatase hydrolase  34.24 
 
 		 201 aa  92.8  5e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.35565 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2014  isochorismatase hydrolase  33.33 
 
 		 226 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.35213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3660  isochorismatase hydrolase  32.06 
 
 		 213 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0150605  normal  0.0962565 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0732  isochorismatase hydrolase  29.96 
 
 		 240 aa  91.7  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.044592 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2385  isochorismatase hydrolase  32.67 
 
 		 221 aa  90.5  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1163  isochorismatase hydrolase  28.71 
 
 		 225 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.427272  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1354  isochorismatase family protein  27.27 
 
 		 225 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1017  isochorismatase hydrolase  29.49 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1527  isochorismatase hydrolase  32.93 
 
 		 199 aa  90.5  3e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.578611 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1373  isochorismatase family protein  31.38 
 
 		 231 aa  89.4  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0213344 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1123  isochorismatase hydrolase  32.88 
 
 		 226 aa  88.6  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1793  isochorismatase hydrolase  34.91 
 
 		 215 aa  87.4  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.130883 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0141  isochorismatase hydrolase  30.6 
 
 		 214 aa  87.8  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3053  isochorismatase hydrolase  28.7 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0333292  normal  0.223788 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0275  isochorismatase hydrolase  29.35 
 
 		 223 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0199791  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1124  isochorismatase hydrolase  30.56 
 
 		 196 aa  86.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.590608  normal  0.46427 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1386  isochorismatase hydrolase  31.98 
 
 		 213 aa  86.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.508569 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5238  isochorismatase hydrolase  27.6 
 
 		 231 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.51684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0764  hypothetical protein  34.95 
 
 		 229 aa  85.9  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0418642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0848  isochorismatase hydrolase  28.32 
 
 		 236 aa  85.9  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.171362  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2400  isochorismatase hydrolase  30.9 
 
 		 201 aa  85.1  9e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.268382  normal  0.777879 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1717  isochorismatase hydrolase  32.32 
 
 		 201 aa  84.3  0.000000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00000789432 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3534  isochorismatase hydrolase  30.94 
 
 		 204 aa  84  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2765  isochorismatase hydrolase  29.11 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0413  isochorismatase hydrolase  32.1 
 
 		 201 aa  83.6  0.000000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.500644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2809  isochorismatase hydrolase  29.11 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.168317 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0010  isochorismatase hydrolase  28.33 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000022819  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0370  isochorismatase hydrolase  30.46 
 
 		 209 aa  82.8  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0212  isochorismatase hydrolase  30.05 
 
 		 215 aa  82.8  0.000000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0906  isochorismatase hydrolase  31.08 
 
 		 222 aa  81.6  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00114508  normal  0.390187 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4501  isochorismatase hydrolase  28.96 
 
 		 231 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3125  isochorismatase hydrolase  30.9 
 
 		 213 aa  81.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1336  isochorismatase hydrolase  31.02 
 
 		 204 aa  80.9  0.00000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0175146  normal  0.297177 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2306  isochorismatase hydrolase  32.39 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03716  conserved hypothetical protein  27.78 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03665  hypothetical protein  27.78 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4203  isochorismatase family protein  27.78 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000421381 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5346  isochorismatase hydrolase  27.51 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.708564  normal  0.524133 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02070  nicotinamidase-like amidase  34.41 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.450894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2477  isochorismatase hydrolase  30 
 
 		 205 aa  77.4  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0529331  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>