More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3032 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3032  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 874 aa  1760    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.793097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 869 aa  247  6e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 910 aa  246  9e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 871 aa  246  9.999999999999999e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  28.09 
 
 		 827 aa  241  5e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 857 aa  237  6e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5189  TonB-dependent receptor  29.64 
 
 		 981 aa  228  4e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 855 aa  227  1e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 874 aa  224  4e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 847 aa  220  8.999999999999998e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 861 aa  220  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 861 aa  218  5e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2243  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 		 1000 aa  214  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.212076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 966 aa  211  7e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 944 aa  209  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 875 aa  208  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 869 aa  204  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 897 aa  203  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 975 aa  202  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 952 aa  200  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 896 aa  194  4e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 981 aa  193  1e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1726  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 941 aa  193  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0257056  normal  0.0675197 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6367  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 941 aa  193  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0355327  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1711  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 941 aa  193  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  26.98 
 
 		 974 aa  192  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1988  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 1020 aa  192  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 843 aa  191  5.999999999999999e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 876 aa  191  7e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 873 aa  190  9e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 935 aa  188  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2628  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 868 aa  189  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000198241  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 904 aa  188  5e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 869 aa  187  8e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 904 aa  187  8e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 873 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 904 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3254  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 950 aa  184  8.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 901 aa  184  8.000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1806  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 927 aa  183  1e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.248046  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7317  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 903 aa  181  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.924215 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1754  putative outer membrane cobalamin receptor protein  26.29 
 
 		 834 aa  181  4.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.902091 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 904 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  25.7 
 
 		 839 aa  181  7e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 836 aa  181  8e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 817 aa  180  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 855 aa  178  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 872 aa  178  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4602  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 875 aa  178  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.683128  normal  0.437508 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  25.99 
 
 		 853 aa  177  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1691  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 894 aa  177  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 855 aa  177  6e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 930 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 842 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 930 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 930 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 841 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 838 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1883  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 928 aa  174  7.999999999999999e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 935 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 935 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3766  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 		 920 aa  173  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 935 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2859  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 902 aa  172  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.115194  normal  0.0892472 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01457  TonB-dependent outer membrane receptor  25.32 
 
 		 914 aa  172  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.11221  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 924 aa  172  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3740  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 		 901 aa  172  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 853 aa  172  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  25.18 
 
 		 985 aa  171  6e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1447  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 914 aa  170  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  25.41 
 
 		 853 aa  170  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 937 aa  169  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 907 aa  169  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  25.41 
 
 		 853 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  25.41 
 
 		 853 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  24.16 
 
 		 936 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0703  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 954 aa  166  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0917927 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1520  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 1055 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2994  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 913 aa  164  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00795438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 933 aa  164  7e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 907 aa  164  9e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4318  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 976 aa  161  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.965607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2044  TonB-dependent receptor, plug  26.19 
 
 		 709 aa  160  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0644838  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 953 aa  158  4e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  22.93 
 
 		 912 aa  152  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 946 aa  149  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3922  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 948 aa  147  7.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.719329  normal  0.0833572 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3124  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 973 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308275 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 879 aa  147  9e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1117  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 939 aa  145  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.199087  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2660  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 979 aa  146  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.436942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 861 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 861 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 861 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1939  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 854 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.246541 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 852 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 861 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2508  TonB-dependent receptor, plug  23.67 
 
 		 1015 aa  130  8.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.636231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1120  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 942 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00264761 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  23.41 
 
 		 849 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>