More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1939 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1939  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 854 aa  1731    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.246541 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0138  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  37.54 
 
 		 904 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3740  TonB-dependent receptor  37.16 
 
 		 901 aa  544  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0268  TonB system transport protein, putative  37.08 
 
 		 877 aa  538  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37730  putative TonB dependent receptor  36.43 
 
 		 880 aa  535  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.951701  normal  0.164066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3121  TonB-dependent receptor  36.66 
 
 		 884 aa  519  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518679 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 879 aa  266  8.999999999999999e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 874 aa  265  2e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 869 aa  248  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 		 852 aa  230  7e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 861 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 861 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 861 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 855 aa  226  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  27.19 
 
 		 827 aa  225  3e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1726  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 941 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0257056  normal  0.0675197 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6367  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 941 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0355327  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1711  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 941 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4698  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 893 aa  222  3e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.644067 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 861 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 847 aa  221  7e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1883  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 928 aa  219  1e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 861 aa  219  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 871 aa  218  2.9999999999999998e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 861 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 875 aa  217  7e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1754  putative outer membrane cobalamin receptor protein  27.15 
 
 		 834 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.902091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2669  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 800 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1806  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 927 aa  215  2.9999999999999995e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.248046  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7317  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 903 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.924215 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 857 aa  213  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 849 aa  211  7e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5002  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 935 aa  208  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0825514 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1447  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 914 aa  209  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 838 aa  207  5e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 		 909 aa  207  7e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 866 aa  207  7e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 872 aa  205  4e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  27.84 
 
 		 839 aa  204  6e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 953 aa  204  6e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2994  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 913 aa  204  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00795438  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 891 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 944 aa  200  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2904  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 944 aa  200  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 842 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 855 aa  198  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 855 aa  198  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 843 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 896 aa  197  6e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 909 aa  197  9e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 836 aa  195  3e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 869 aa  194  7e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1720  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 906 aa  191  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.147478  normal  0.673092 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6373  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 906 aa  191  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.470665  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1705  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 906 aa  191  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278713  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  26.26 
 
 		 853 aa  191  7e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 841 aa  189  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3922  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 948 aa  189  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.719329  normal  0.0833572 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 910 aa  188  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 867 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 867 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 853 aa  184  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001855  outer membrane receptor protein  25.69 
 
 		 866 aa  184  7e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  25.36 
 
 		 853 aa  184  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  25.36 
 
 		 853 aa  184  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 873 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 867 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 867 aa  183  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 883 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 883 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0877437 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1691  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 894 aa  181  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1558  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 883 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.786788  normal  0.359395 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 965 aa  181  5.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  25.14 
 
 		 853 aa  180  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 873 aa  179  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  26.25 
 
 		 974 aa  179  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2907  TonB-dependent receptor domain-containing protein  24.92 
 
 		 884 aa  177  9e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2044  TonB-dependent receptor, plug  28.48 
 
 		 709 aa  177  9e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0644838  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 817 aa  176  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 912 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 957 aa  172  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 907 aa  170  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 924 aa  167  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2875  TonB-dependent receptor plug  23.9 
 
 		 896 aa  163  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943225 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  24.68 
 
 		 899 aa  162  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 907 aa  162  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1520  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 1055 aa  162  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 981 aa  161  6e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  23.93 
 
 		 985 aa  160  8e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 924 aa  158  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 924 aa  158  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 924 aa  158  4e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 		 952 aa  156  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 966 aa  156  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  23.62 
 
 		 895 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4602  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 875 aa  155  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.683128  normal  0.437508 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2548  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 1001 aa  154  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5189  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 981 aa  153  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  24.58 
 
 		 936 aa  152  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 951 aa  151  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>