142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2820 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3155  Citrate transporter  81.36 
 
 		 415 aa  646    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.835632  normal  0.747102 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2820  citrate transporter  100 
 
 		 415 aa  828    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000152112  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2894  citrate transporter  81.45 
 
 		 436 aa  651    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002899 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2976  citrate transporter  81.2 
 
 		 436 aa  646    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0156063 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2981  citrate transporter  84.58 
 
 		 415 aa  693    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3073  citrate transporter  81.69 
 
 		 436 aa  652    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.282426  hitchhiker  0.00000161736 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1169  citrate transporter  81.2 
 
 		 415 aa  649    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  decreased coverage  0.00000098919 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0837  citrate transporter  83.86 
 
 		 415 aa  643    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  0.60962 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1158  citrate transporter  81.36 
 
 		 415 aa  646    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1011  citrate transporter  80.58 
 
 		 415 aa  646    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000075271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1118  citrate transporter  81.2 
 
 		 415 aa  649    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1202  citrate transporter  81.36 
 
 		 415 aa  646    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549096  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1087  citrate transporter  82.65 
 
 		 415 aa  670    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953258 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1235  citrate transporter  81.36 
 
 		 415 aa  646    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0598103  normal  0.863417 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2571  endonuclease III/Nth  62.06 
 
 		 401 aa  473  1e-132  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1425  citrate transporter  55.33 
 
 		 417 aa  401  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2792  putative Na+/H+ antiporter NhaD  54.7 
 
 		 414 aa  388  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.4  Na(+)/H(+) antiporter  78.35 
 
 		 194 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0694  citrate transporter  31.97 
 
 		 475 aa  204  3e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0065  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  30.57 
 
 		 467 aa  188  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.249697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0500  Na+/H+ antiporter  33.33 
 
 		 452 aa  189  1e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3348  Na+/H+ antiporter  31.19 
 
 		 489 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0594  Citrate transporter  32.84 
 
 		 449 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0778  Na+/H+ antiporter  30.95 
 
 		 489 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.827414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3245  Na+/H+ antiporter  30.71 
 
 		 489 aa  182  7e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.486391  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0935  Na+/H+ antiporter  30.97 
 
 		 476 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000950  Na+/H+ antiporter NhaD type  28.74 
 
 		 476 aa  181  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1492  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  28.97 
 
 		 488 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389084  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0474  citrate transporter  29.14 
 
 		 480 aa  181  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.331681  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0998  Na+/H+ antiporter, NhaD  31.98 
 
 		 432 aa  179  9e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.596144  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2658  citrate transporter  32.29 
 
 		 432 aa  179  9e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2058  transporter, putative  28.68 
 
 		 470 aa  178  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.509671  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3512  Na+/H+ antiporter NhaD  28.64 
 
 		 448 aa  177  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0832  citrate transporter  29.91 
 
 		 489 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.726453  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2676  transporter, putative  33 
 
 		 450 aa  176  8e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.168345  normal  0.0363345 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0447  citrate transporter  29.04 
 
 		 490 aa  176  9e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000299254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3460  Citrate transporter  29.81 
 
 		 489 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3535  citrate transporter  29.81 
 
 		 489 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3654  citrate transporter  29.58 
 
 		 489 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2753  Na+/H+ antiporter  30.35 
 
 		 490 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.709731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0699  Na+/H+ antiporter  29.77 
 
 		 491 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0421  transporter, putative  33.83 
 
 		 457 aa  172  1e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0877  Na+/H+ antiporter  28.57 
 
 		 478 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.654958  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0225  Na+/H+ antiporter  28.1 
 
 		 477 aa  164  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1556  hypothetical protein  30.14 
 
 		 462 aa  164  3e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.737532  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0111  NhaD-like Na+/H+ antiporter  27.03 
 
 		 460 aa  162  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000313583  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0939  NeuB3  29.05 
 
 		 462 aa  162  1e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1848  Citrate transporter  31.79 
 
 		 429 aa  160  3e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0647528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0679  Na+/H+ antiporter  28.47 
 
 		 492 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06992  hypothetical protein  27.46 
 
 		 476 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3532  citrate transporter  29.28 
 
 		 458 aa  159  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.237268 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1762  transporter, putative  27.88 
 
 		 481 aa  155  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2735  transporter, putative  28.74 
 
 		 493 aa  155  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.482614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3272  citrate transporter  28.1 
 
 		 475 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1484  Citrate transporter  29.35 
 
 		 441 aa  154  4e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2788  citrate transporter  28.73 
 
 		 428 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0683  Na+/H+ antiporter  30.16 
 
 		 427 aa  149  8e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42116  predicted protein  32.67 
 
 		 417 aa  145  1e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1700  transporter, putative  26.92 
 
 		 483 aa  144  3e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2143  putative Na+/H+ antiporter  29 
 
 		 427 aa  143  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000114248  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1052  citrate transporter  28.47 
 
 		 426 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1182  Citrate transporter  28.64 
 
 		 431 aa  137  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2206  putative Na+/H+ antiporter  29.04 
 
 		 427 aa  136  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.584223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2740  citrate transporter  27.03 
 
 		 430 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.109916  normal  0.344537 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06635  probable Na+/H+ antiporter  26.73 
 
 		 456 aa  123  5e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.962543  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2955  hypothetical protein  29.72 
 
 		 427 aa  122  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3442  Na+/H+ antiporter NhaD  27.07 
 
 		 465 aa  120  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0247  Na+/H+ antiporter, putative  27.52 
 
 		 427 aa  107  3e-22  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1808  citrate transporter  25.62 
 
 		 425 aa  85.1  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1846  citrate transporter  26.72 
 
 		 425 aa  82  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.3  Na(+)/H(+) antiporter  82.14 
 
 		 60 aa  79.7  0.00000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4285  hypothetical protein  76.6 
 
 		 49 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0610  Citrate transporter  25.73 
 
 		 429 aa  77  0.0000000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1022  citrate transporter  25.65 
 
 		 421 aa  73.2  0.000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.681723  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2433  Citrate transporter  24.94 
 
 		 440 aa  68.2  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0484148 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2622  Citrate transporter  27.12 
 
 		 417 aa  67.8  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1545  citrate transporter  24.87 
 
 		 429 aa  68.2  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000185011  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2708  hypothetical protein  27.34 
 
 		 405 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0152  Citrate transporter  25.39 
 
 		 419 aa  64.7  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0904912  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2086  citrate transporter  27.55 
 
 		 405 aa  63.5  0.000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.771625 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12699  arsenic-transport integral membrane protein arsA  26.11 
 
 		 429 aa  62.4  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2132  citrate transporter  27.07 
 
 		 426 aa  61.2  0.00000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26370  Na+/H+ antiporter NhaD-like permease  25.28 
 
 		 422 aa  60.1  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3024  hypothetical protein  25.59 
 
 		 431 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.169236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12700  arsenic-transport integral membrane protein arsB1  23.43 
 
 		 428 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2166  arsenic transporter family protein  22.81 
 
 		 423 aa  58.5  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0352  citrate transporter  21.58 
 
 		 408 aa  58.5  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000181874  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1338  citrate transporter  23.38 
 
 		 577 aa  58.5  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_13038  ArsB family transporter: P-protein-like protein (tyrosine transporter)  24.94 
 
 		 447 aa  57.8  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0400673  normal  0.138316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0939  hypothetical protein  24.75 
 
 		 406 aa  57.8  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1546  citrate transporter  24.61 
 
 		 429 aa  57  0.0000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0084311  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.2  Na(+)/H(+) antiporter  66.67 
 
 		 46 aa  56.6  0.0000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0015  citrate transporter  25.62 
 
 		 431 aa  56.2  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1576  citrate transporter  22.22 
 
 		 422 aa  56.2  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.0000162894  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3015  Citrate transporter  25.13 
 
 		 440 aa  55.5  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0587  citrate transporter  23.75 
 
 		 437 aa  54.3  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0599  citrate transporter  23.75 
 
 		 437 aa  54.3  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404538  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3119  Citrate transporter  22.11 
 
 		 431 aa  53.9  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0395864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3003  Citrate transporter  24.93 
 
 		 424 aa  53.5  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.467827 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3669  Citrate transporter  23.72 
 
 		 431 aa  53.1  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.955706  normal  0.0571681 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>