89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2740 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2740  citrate transporter  100 
 
 		 430 aa  852    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.109916  normal  0.344537 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0594  Citrate transporter  36.21 
 
 		 449 aa  227  3e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2676  transporter, putative  33.79 
 
 		 450 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.168345  normal  0.0363345 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0421  transporter, putative  35.37 
 
 		 457 aa  208  1e-52  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0500  Na+/H+ antiporter  34.71 
 
 		 452 aa  207  3e-52  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0939  NeuB3  34.1 
 
 		 462 aa  201  3e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2658  citrate transporter  35.92 
 
 		 432 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0998  Na+/H+ antiporter, NhaD  35.68 
 
 		 432 aa  197  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.596144  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1556  hypothetical protein  33.94 
 
 		 462 aa  196  8.000000000000001e-49  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.737532  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0065  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  31.49 
 
 		 467 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.249697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0447  citrate transporter  30.05 
 
 		 490 aa  174  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000299254  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0935  Na+/H+ antiporter  29.37 
 
 		 476 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3348  Na+/H+ antiporter  28.7 
 
 		 489 aa  169  9e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3245  Na+/H+ antiporter  28.48 
 
 		 489 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.486391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0778  Na+/H+ antiporter  28.7 
 
 		 489 aa  168  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.827414  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3512  Na+/H+ antiporter NhaD  31.26 
 
 		 448 aa  166  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000950  Na+/H+ antiporter NhaD type  29.32 
 
 		 476 aa  166  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0877  Na+/H+ antiporter  28.19 
 
 		 478 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.654958  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3535  citrate transporter  28.48 
 
 		 489 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3460  Citrate transporter  28.48 
 
 		 489 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3654  citrate transporter  28.48 
 
 		 489 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0111  NhaD-like Na+/H+ antiporter  29.61 
 
 		 460 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000313583  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0832  citrate transporter  28.48 
 
 		 489 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.726453  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0474  citrate transporter  30.84 
 
 		 480 aa  161  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.331681  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0699  Na+/H+ antiporter  28.25 
 
 		 491 aa  161  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0694  citrate transporter  30.07 
 
 		 475 aa  160  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2058  transporter, putative  28.14 
 
 		 470 aa  155  9e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.509671  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2735  transporter, putative  30.42 
 
 		 493 aa  154  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.482614  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06992  hypothetical protein  28.76 
 
 		 476 aa  155  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0679  Na+/H+ antiporter  29.02 
 
 		 492 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2753  Na+/H+ antiporter  28.73 
 
 		 490 aa  151  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.709731  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1762  transporter, putative  30.07 
 
 		 481 aa  149  9e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0225  Na+/H+ antiporter  28.99 
 
 		 477 aa  143  6e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3272  citrate transporter  27.4 
 
 		 475 aa  140  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1492  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  30.09 
 
 		 488 aa  139  8.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389084  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2976  citrate transporter  29.01 
 
 		 436 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0156063 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2894  citrate transporter  28.75 
 
 		 436 aa  117  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3073  citrate transporter  28.75 
 
 		 436 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.282426  hitchhiker  0.00000161736 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1011  citrate transporter  28.07 
 
 		 415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000075271  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1700  transporter, putative  28.93 
 
 		 483 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1202  citrate transporter  27.23 
 
 		 415 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549096  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1158  citrate transporter  27.23 
 
 		 415 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1235  citrate transporter  27.23 
 
 		 415 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0598103  normal  0.863417 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3155  Citrate transporter  27.23 
 
 		 415 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.835632  normal  0.747102 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1118  citrate transporter  29.15 
 
 		 415 aa  113  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1087  citrate transporter  27.67 
 
 		 415 aa  113  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953258 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2981  citrate transporter  27.3 
 
 		 415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2820  citrate transporter  27.04 
 
 		 415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000152112  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1169  citrate transporter  27.53 
 
 		 415 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  decreased coverage  0.00000098919 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2792  putative Na+/H+ antiporter NhaD  25.36 
 
 		 414 aa  110  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0837  citrate transporter  27.76 
 
 		 415 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  0.60962 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3442  Na+/H+ antiporter NhaD  25.9 
 
 		 465 aa  102  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2571  endonuclease III/Nth  25.8 
 
 		 401 aa  100  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06635  probable Na+/H+ antiporter  26.79 
 
 		 456 aa  94.4  4e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.962543  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1425  citrate transporter  27.14 
 
 		 417 aa  94.4  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627644  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42116  predicted protein  26.68 
 
 		 417 aa  91.3  3e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2788  citrate transporter  25.55 
 
 		 428 aa  90.1  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1484  Citrate transporter  26.6 
 
 		 441 aa  88.6  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1052  citrate transporter  27.87 
 
 		 426 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0247  Na+/H+ antiporter, putative  28.64 
 
 		 427 aa  81.6  0.00000000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2206  putative Na+/H+ antiporter  24.46 
 
 		 427 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.584223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1848  Citrate transporter  24.47 
 
 		 429 aa  77.4  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0647528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2955  hypothetical protein  26.4 
 
 		 427 aa  77  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1182  Citrate transporter  25.6 
 
 		 431 aa  76.3  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3532  citrate transporter  23.97 
 
 		 458 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.237268 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2143  putative Na+/H+ antiporter  26.63 
 
 		 427 aa  74.7  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000114248  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0683  Na+/H+ antiporter  31.58 
 
 		 427 aa  72  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0610  Citrate transporter  32 
 
 		 429 aa  63.2  0.000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0352  citrate transporter  24.78 
 
 		 408 aa  57.4  0.0000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000181874  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_13038  ArsB family transporter: P-protein-like protein (tyrosine transporter)  23.2 
 
 		 447 aa  55.5  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0400673  normal  0.138316 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1846  citrate transporter  24.93 
 
 		 425 aa  53.1  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3482  arsenical pump family protein  25.11 
 
 		 441 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1808  citrate transporter  23.72 
 
 		 425 aa  50.8  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1545  citrate transporter  24.5 
 
 		 429 aa  50.4  0.00005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000185011  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0152  Citrate transporter  24.33 
 
 		 419 aa  50.4  0.00006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0904912  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1677  arsenical pump membrane protein  31.33 
 
 		 413 aa  49.3  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2622  Citrate transporter  25.84 
 
 		 417 aa  49.3  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3181  citrate transporter  24.89 
 
 		 441 aa  49.3  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0912003  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1780  arsenical pump family protein  25.39 
 
 		 441 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3393  citrate transporter  24.78 
 
 		 428 aa  48.5  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2268  Citrate transporter  30.14 
 
 		 429 aa  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153576  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2179  Citrate transporter  30.14 
 
 		 429 aa  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.365057  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0827  citrate transporter  22.51 
 
 		 440 aa  47.4  0.0006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3469  arsenical pump family protein  24.62 
 
 		 441 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236736  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12699  arsenic-transport integral membrane protein arsA  32.52 
 
 		 429 aa  44.3  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3185  arsenical pump family protein  23.78 
 
 		 441 aa  43.5  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0297754  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1022  citrate transporter  25.14 
 
 		 421 aa  43.5  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.681723  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3003  Citrate transporter  25.88 
 
 		 424 aa  43.1  0.01  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.467827 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1423  citrate transporter  25.93 
 
 		 404 aa  43.1  0.01  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.418451  normal  0.0399282 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>