103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3532 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3532  citrate transporter  100 
 
 		 458 aa  914    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.237268 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2788  citrate transporter  50.98 
 
 		 428 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2143  putative Na+/H+ antiporter  51.21 
 
 		 427 aa  437  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000114248  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2206  putative Na+/H+ antiporter  49.34 
 
 		 427 aa  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.584223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1848  Citrate transporter  48.46 
 
 		 429 aa  425  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0647528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0683  Na+/H+ antiporter  53.93 
 
 		 427 aa  422  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1052  citrate transporter  50.22 
 
 		 426 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2955  hypothetical protein  51.45 
 
 		 427 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1182  Citrate transporter  48.37 
 
 		 431 aa  403  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06635  probable Na+/H+ antiporter  44.74 
 
 		 456 aa  395  1e-109  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.962543  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1484  Citrate transporter  47.05 
 
 		 441 aa  390  1e-107  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42116  predicted protein  43.29 
 
 		 417 aa  342  8e-93  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0247  Na+/H+ antiporter, putative  38.99 
 
 		 427 aa  285  8e-76  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0939  NeuB3  32.79 
 
 		 462 aa  176  9e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1556  hypothetical protein  31.38 
 
 		 462 aa  174  2.9999999999999996e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.737532  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2058  transporter, putative  29.98 
 
 		 470 aa  166  5e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.509671  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3512  Na+/H+ antiporter NhaD  28.05 
 
 		 448 aa  162  8.000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0500  Na+/H+ antiporter  31.19 
 
 		 452 aa  160  5e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0421  transporter, putative  32.47 
 
 		 457 aa  159  9e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2676  transporter, putative  31 
 
 		 450 aa  158  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.168345  normal  0.0363345 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0594  Citrate transporter  29.62 
 
 		 449 aa  158  2e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000950  Na+/H+ antiporter NhaD type  28.63 
 
 		 476 aa  157  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0694  citrate transporter  30.53 
 
 		 475 aa  155  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0065  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  28.82 
 
 		 467 aa  154  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.249697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0111  NhaD-like Na+/H+ antiporter  29.6 
 
 		 460 aa  151  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000313583  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1492  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  28.88 
 
 		 488 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389084  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0998  Na+/H+ antiporter, NhaD  29.78 
 
 		 432 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.596144  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2658  citrate transporter  29.84 
 
 		 432 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0877  Na+/H+ antiporter  28.81 
 
 		 478 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.654958  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0447  citrate transporter  28.44 
 
 		 490 aa  147  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000299254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0225  Na+/H+ antiporter  29.41 
 
 		 477 aa  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2753  Na+/H+ antiporter  28.69 
 
 		 490 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.709731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3348  Na+/H+ antiporter  28.33 
 
 		 489 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06992  hypothetical protein  28.66 
 
 		 476 aa  143  7e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3245  Na+/H+ antiporter  28.54 
 
 		 489 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.486391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0474  citrate transporter  27.8 
 
 		 480 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.331681  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0778  Na+/H+ antiporter  28.33 
 
 		 489 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.827414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0699  Na+/H+ antiporter  28.07 
 
 		 491 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3654  citrate transporter  28.12 
 
 		 489 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0935  Na+/H+ antiporter  28.33 
 
 		 476 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2981  citrate transporter  29.93 
 
 		 415 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2792  putative Na+/H+ antiporter NhaD  28.79 
 
 		 414 aa  140  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0832  citrate transporter  27.92 
 
 		 489 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.726453  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2820  citrate transporter  29 
 
 		 415 aa  138  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000152112  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3535  citrate transporter  27.92 
 
 		 489 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3272  citrate transporter  28.39 
 
 		 475 aa  138  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3460  Citrate transporter  27.92 
 
 		 489 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2571  endonuclease III/Nth  31.1 
 
 		 401 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1011  citrate transporter  29.66 
 
 		 415 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000075271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1087  citrate transporter  28.57 
 
 		 415 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953258 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3442  Na+/H+ antiporter NhaD  28.5 
 
 		 465 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1158  citrate transporter  29.06 
 
 		 415 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1202  citrate transporter  29.06 
 
 		 415 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1235  citrate transporter  29.06 
 
 		 415 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0598103  normal  0.863417 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3155  Citrate transporter  29.06 
 
 		 415 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.835632  normal  0.747102 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1118  citrate transporter  28.6 
 
 		 415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3073  citrate transporter  29.12 
 
 		 436 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.282426  hitchhiker  0.00000161736 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2894  citrate transporter  29.12 
 
 		 436 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002899 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2976  citrate transporter  28.6 
 
 		 436 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0156063 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0837  citrate transporter  27.85 
 
 		 415 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  0.60962 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1425  citrate transporter  30.02 
 
 		 417 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627644  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0679  Na+/H+ antiporter  26.8 
 
 		 492 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1762  transporter, putative  25.99 
 
 		 481 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2735  transporter, putative  26.02 
 
 		 493 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.482614  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1169  citrate transporter  27.29 
 
 		 415 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  decreased coverage  0.00000098919 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1700  transporter, putative  27.54 
 
 		 483 aa  94.7  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1022  citrate transporter  27.1 
 
 		 421 aa  77.8  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.681723  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2740  citrate transporter  23.97 
 
 		 430 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.109916  normal  0.344537 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12700  arsenic-transport integral membrane protein arsB1  25.27 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0719  Citrate transporter  25.16 
 
 		 451 aa  63.9  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.4  Na(+)/H(+) antiporter  27.68 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12699  arsenic-transport integral membrane protein arsA  24.56 
 
 		 429 aa  60.8  0.00000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3393  citrate transporter  25.69 
 
 		 428 aa  60.8  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3669  Citrate transporter  25.86 
 
 		 431 aa  59.7  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.955706  normal  0.0571681 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2433  Citrate transporter  24.81 
 
 		 440 aa  59.7  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0484148 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0152  Citrate transporter  25.32 
 
 		 419 aa  58.9  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0904912  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0827  citrate transporter  24.74 
 
 		 440 aa  57.4  0.0000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1576  citrate transporter  26.3 
 
 		 422 aa  56.2  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.0000162894  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0573  arsenite permease  25.27 
 
 		 422 aa  55.8  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.77742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0939  hypothetical protein  24.68 
 
 		 406 aa  55.5  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2132  citrate transporter  24.48 
 
 		 426 aa  54.7  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0587  citrate transporter  25.27 
 
 		 437 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0599  citrate transporter  25.27 
 
 		 437 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404538  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2086  citrate transporter  22.7 
 
 		 405 aa  53.1  0.00001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.771625 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4163  Citrate transporter  23.59 
 
 		 428 aa  52.8  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1020  citrate transporter  25.68 
 
 		 422 aa  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1808  citrate transporter  23.84 
 
 		 425 aa  51.6  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0352  citrate transporter  21.16 
 
 		 408 aa  49.3  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000181874  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1471  citrate transporter  24.3 
 
 		 424 aa  48.5  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3120  Citrate transporter  26.24 
 
 		 427 aa  48.5  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.019931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0610  Citrate transporter  23.78 
 
 		 429 aa  48.5  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1338  citrate transporter  24.16 
 
 		 577 aa  48.1  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3404  hypothetical protein  31.58 
 
 		 406 aa  47.4  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0577  citrate transporter  23.58 
 
 		 437 aa  46.6  0.0008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3024  hypothetical protein  45.16 
 
 		 431 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.169236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2166  arsenic transporter family protein  24.15 
 
 		 423 aa  46.2  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2622  Citrate transporter  25.08 
 
 		 417 aa  44.7  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3119  Citrate transporter  25.44 
 
 		 431 aa  44.7  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0395864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3015  Citrate transporter  24.8 
 
 		 440 aa  44.3  0.004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5261  Citrate transporter  26.63 
 
 		 447 aa  44.3  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.10417  normal  0.132031 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>