71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3404 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3404  hypothetical protein  100 
 
 		 406 aa  790    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0939  hypothetical protein  89.16 
 
 		 406 aa  701    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2708  hypothetical protein  76.67 
 
 		 405 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2426  hypothetical protein  74.44 
 
 		 406 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23  decreased coverage  0.0038773 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3024  hypothetical protein  74.25 
 
 		 431 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.169236  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2792  putative Na+/H+ antiporter NhaD  26.8 
 
 		 414 aa  84.7  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1182  Citrate transporter  25.45 
 
 		 431 aa  74.7  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0998  Na+/H+ antiporter, NhaD  32.59 
 
 		 432 aa  73.2  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.596144  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2658  citrate transporter  32.59 
 
 		 432 aa  73.2  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1425  citrate transporter  27.51 
 
 		 417 aa  69.3  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627644  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1052  citrate transporter  26.95 
 
 		 426 aa  67.4  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0421  transporter, putative  28.15 
 
 		 457 aa  67  0.0000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1556  hypothetical protein  24.62 
 
 		 462 aa  66.2  0.0000000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.737532  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1484  Citrate transporter  26.93 
 
 		 441 aa  66.2  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2206  putative Na+/H+ antiporter  25.56 
 
 		 427 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.584223  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2058  transporter, putative  28.16 
 
 		 470 aa  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.509671  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0500  Na+/H+ antiporter  26.21 
 
 		 452 aa  62.4  0.00000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1848  Citrate transporter  26.77 
 
 		 429 aa  62.8  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0647528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3272  citrate transporter  24.68 
 
 		 475 aa  60.8  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2143  putative Na+/H+ antiporter  26.67 
 
 		 427 aa  60.5  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000114248  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1011  citrate transporter  23.2 
 
 		 415 aa  58.2  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000075271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1087  citrate transporter  24.25 
 
 		 415 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953258 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0935  Na+/H+ antiporter  26.78 
 
 		 476 aa  57.8  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0447  citrate transporter  25.73 
 
 		 490 aa  57.4  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000299254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0877  Na+/H+ antiporter  27.2 
 
 		 478 aa  56.6  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.654958  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2571  endonuclease III/Nth  22.7 
 
 		 401 aa  56.2  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3532  citrate transporter  24.44 
 
 		 458 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.237268 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0683  Na+/H+ antiporter  25.44 
 
 		 427 aa  56.2  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2676  transporter, putative  26.27 
 
 		 450 aa  55.5  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.168345  normal  0.0363345 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06635  probable Na+/H+ antiporter  37.08 
 
 		 456 aa  55.1  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.962543  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0837  citrate transporter  23.6 
 
 		 415 aa  55.1  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  0.60962 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1169  citrate transporter  22.97 
 
 		 415 aa  54.3  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  decreased coverage  0.00000098919 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0474  citrate transporter  24.63 
 
 		 480 aa  54.3  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.331681  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2820  citrate transporter  25.5 
 
 		 415 aa  53.9  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000152112  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3073  citrate transporter  23.01 
 
 		 436 aa  53.9  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.282426  hitchhiker  0.00000161736 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0832  citrate transporter  28.23 
 
 		 489 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.726453  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3348  Na+/H+ antiporter  26.23 
 
 		 489 aa  54.3  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0065  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  25.74 
 
 		 467 aa  53.9  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.249697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2894  citrate transporter  22.74 
 
 		 436 aa  53.9  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002899 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3535  citrate transporter  28.23 
 
 		 489 aa  53.5  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3460  Citrate transporter  28.23 
 
 		 489 aa  53.5  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0778  Na+/H+ antiporter  25.99 
 
 		 489 aa  53.5  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.827414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2976  citrate transporter  23.01 
 
 		 436 aa  53.5  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0156063 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3245  Na+/H+ antiporter  25.99 
 
 		 489 aa  53.5  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.486391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06992  hypothetical protein  25.97 
 
 		 476 aa  53.5  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0699  Na+/H+ antiporter  25.7 
 
 		 491 aa  53.5  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0111  NhaD-like Na+/H+ antiporter  23.67 
 
 		 460 aa  52.8  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000313583  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42116  predicted protein  26.65 
 
 		 417 aa  52.8  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1202  citrate transporter  21.61 
 
 		 415 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549096  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2981  citrate transporter  21.61 
 
 		 415 aa  53.1  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3155  Citrate transporter  21.61 
 
 		 415 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.835632  normal  0.747102 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1158  citrate transporter  21.61 
 
 		 415 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3654  citrate transporter  28.23 
 
 		 489 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1235  citrate transporter  21.61 
 
 		 415 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0598103  normal  0.863417 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000950  Na+/H+ antiporter NhaD type  26.92 
 
 		 476 aa  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2788  citrate transporter  34.51 
 
 		 428 aa  51.6  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0247  Na+/H+ antiporter, putative  40.4 
 
 		 427 aa  50.8  0.00004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1118  citrate transporter  22.37 
 
 		 415 aa  50.4  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0594  Citrate transporter  30.93 
 
 		 449 aa  49.3  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1492  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  23.5 
 
 		 488 aa  49.3  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389084  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0939  NeuB3  30.77 
 
 		 462 aa  47.4  0.0005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0225  Na+/H+ antiporter  24.16 
 
 		 477 aa  47.4  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3442  Na+/H+ antiporter NhaD  28.91 
 
 		 465 aa  47  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0694  citrate transporter  25.97 
 
 		 475 aa  46.6  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3512  Na+/H+ antiporter NhaD  24.25 
 
 		 448 aa  45.4  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1762  transporter, putative  27.54 
 
 		 481 aa  45.4  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0679  Na+/H+ antiporter  24.86 
 
 		 492 aa  45.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2753  Na+/H+ antiporter  24.62 
 
 		 490 aa  44.7  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.709731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1022  citrate transporter  26.81 
 
 		 421 aa  43.9  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.681723  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2955  hypothetical protein  40.54 
 
 		 427 aa  43.9  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2740  citrate transporter  28.15 
 
 		 430 aa  43.9  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.109916  normal  0.344537 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>