58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2708 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2426  hypothetical protein  84.41 
 
 		 406 aa  635    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23  decreased coverage  0.0038773 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2708  hypothetical protein  100 
 
 		 405 aa  790    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0939  hypothetical protein  75.93 
 
 		 406 aa  599  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3024  hypothetical protein  81.44 
 
 		 431 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.169236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3404  hypothetical protein  76.67 
 
 		 406 aa  595  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1848  Citrate transporter  26.33 
 
 		 429 aa  75.9  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0647528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0998  Na+/H+ antiporter, NhaD  28.57 
 
 		 432 aa  76.3  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.596144  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2658  citrate transporter  28.57 
 
 		 432 aa  76.3  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1425  citrate transporter  26.8 
 
 		 417 aa  73.6  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2792  putative Na+/H+ antiporter NhaD  23.72 
 
 		 414 aa  73.2  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1052  citrate transporter  28.33 
 
 		 426 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06635  probable Na+/H+ antiporter  29.61 
 
 		 456 aa  67.8  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.962543  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1087  citrate transporter  25.15 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953258 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2820  citrate transporter  26.55 
 
 		 415 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000152112  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1484  Citrate transporter  27.55 
 
 		 441 aa  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1169  citrate transporter  25 
 
 		 415 aa  65.5  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  decreased coverage  0.00000098919 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2058  transporter, putative  28.87 
 
 		 470 aa  64.3  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.509671  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1011  citrate transporter  24.73 
 
 		 415 aa  61.6  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000075271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0421  transporter, putative  25.81 
 
 		 457 aa  60.8  0.00000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2206  putative Na+/H+ antiporter  31.49 
 
 		 427 aa  60.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.584223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2788  citrate transporter  26.85 
 
 		 428 aa  60.1  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1118  citrate transporter  23.78 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0500  Na+/H+ antiporter  26.32 
 
 		 452 aa  57  0.0000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0594  Citrate transporter  24.73 
 
 		 449 aa  57  0.0000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1556  hypothetical protein  27.39 
 
 		 462 aa  56.6  0.0000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.737532  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0683  Na+/H+ antiporter  25.61 
 
 		 427 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2981  citrate transporter  23.63 
 
 		 415 aa  55.5  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1235  citrate transporter  23.48 
 
 		 415 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0598103  normal  0.863417 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1202  citrate transporter  23.48 
 
 		 415 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549096  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3155  Citrate transporter  23.48 
 
 		 415 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.835632  normal  0.747102 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1158  citrate transporter  23.48 
 
 		 415 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2894  citrate transporter  22.47 
 
 		 436 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3073  citrate transporter  22.74 
 
 		 436 aa  54.7  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.282426  hitchhiker  0.00000161736 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0447  citrate transporter  26.48 
 
 		 490 aa  54.7  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000299254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0837  citrate transporter  23.66 
 
 		 415 aa  54.7  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  0.60962 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2571  endonuclease III/Nth  24.45 
 
 		 401 aa  54.7  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2976  citrate transporter  22.74 
 
 		 436 aa  53.9  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0156063 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2676  transporter, putative  25 
 
 		 450 aa  52.4  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.168345  normal  0.0363345 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1182  Citrate transporter  31.54 
 
 		 431 aa  50.1  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0065  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  24.02 
 
 		 467 aa  49.7  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.249697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3272  citrate transporter  28.22 
 
 		 475 aa  48.9  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0935  Na+/H+ antiporter  25.9 
 
 		 476 aa  47.8  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06992  hypothetical protein  25.07 
 
 		 476 aa  47.8  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0247  Na+/H+ antiporter, putative  40 
 
 		 427 aa  47  0.0006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0778  Na+/H+ antiporter  26.58 
 
 		 489 aa  47  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.827414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42116  predicted protein  26.76 
 
 		 417 aa  46.6  0.0007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3532  citrate transporter  25.08 
 
 		 458 aa  46.6  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.237268 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2143  putative Na+/H+ antiporter  36.62 
 
 		 427 aa  45.8  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000114248  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3245  Na+/H+ antiporter  26.58 
 
 		 489 aa  46.2  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.486391  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.4  Na(+)/H(+) antiporter  24.83 
 
 		 194 aa  45.1  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0111  NhaD-like Na+/H+ antiporter  26.12 
 
 		 460 aa  44.7  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000313583  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000950  Na+/H+ antiporter NhaD type  33.78 
 
 		 476 aa  44.7  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0694  citrate transporter  25.08 
 
 		 475 aa  43.9  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3348  Na+/H+ antiporter  26.25 
 
 		 489 aa  43.9  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0225  Na+/H+ antiporter  25 
 
 		 477 aa  43.5  0.007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0679  Na+/H+ antiporter  31.86 
 
 		 492 aa  43.1  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0832  citrate transporter  26.38 
 
 		 489 aa  43.1  0.009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.726453  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3512  Na+/H+ antiporter NhaD  24.21 
 
 		 448 aa  43.1  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>