119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0778 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0935  Na+/H+ antiporter  95.78 
 
 		 476 aa  924    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0778  Na+/H+ antiporter  100 
 
 		 489 aa  990    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.827414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3245  Na+/H+ antiporter  99.59 
 
 		 489 aa  987    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.486391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3348  Na+/H+ antiporter  98.16 
 
 		 489 aa  977    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2753  Na+/H+ antiporter  80.22 
 
 		 490 aa  706    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.709731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0474  citrate transporter  70.47 
 
 		 480 aa  675    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.331681  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0832  citrate transporter  92.43 
 
 		 489 aa  921    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.726453  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0699  Na+/H+ antiporter  77.39 
 
 		 491 aa  774    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0877  Na+/H+ antiporter  90.08 
 
 		 478 aa  879    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.654958  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3535  citrate transporter  92.84 
 
 		 489 aa  927    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0679  Na+/H+ antiporter  77.68 
 
 		 492 aa  734    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3654  citrate transporter  92.64 
 
 		 489 aa  926    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3460  Citrate transporter  92.84 
 
 		 489 aa  927    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3272  citrate transporter  69.33 
 
 		 475 aa  630  1e-179  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0694  citrate transporter  68.15 
 
 		 475 aa  625  1e-178  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000950  Na+/H+ antiporter NhaD type  64.41 
 
 		 476 aa  626  1e-178  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0225  Na+/H+ antiporter  65.52 
 
 		 477 aa  615  1e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06992  hypothetical protein  64.41 
 
 		 476 aa  608  1e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3512  Na+/H+ antiporter NhaD  61.92 
 
 		 448 aa  573  1.0000000000000001e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0065  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  61.89 
 
 		 467 aa  546  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.249697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0447  citrate transporter  59.04 
 
 		 490 aa  545  1e-154  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000299254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0111  NhaD-like Na+/H+ antiporter  61.57 
 
 		 460 aa  543  1e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000313583  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1492  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  58.96 
 
 		 488 aa  528  1e-149  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389084  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1762  transporter, putative  56.72 
 
 		 481 aa  514  1e-144  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2058  transporter, putative  58.5 
 
 		 470 aa  509  1e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.509671  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2735  transporter, putative  55.21 
 
 		 493 aa  502  1e-141  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.482614  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2658  citrate transporter  54 
 
 		 432 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0998  Na+/H+ antiporter, NhaD  54 
 
 		 432 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.596144  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3442  Na+/H+ antiporter NhaD  54.83 
 
 		 465 aa  442  1e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1700  transporter, putative  51 
 
 		 483 aa  433  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2676  transporter, putative  42.09 
 
 		 450 aa  359  5e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.168345  normal  0.0363345 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0594  Citrate transporter  43.02 
 
 		 449 aa  356  5e-97  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1556  hypothetical protein  42.35 
 
 		 462 aa  351  1e-95  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.737532  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0939  NeuB3  41.67 
 
 		 462 aa  348  1e-94  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0500  Na+/H+ antiporter  42.86 
 
 		 452 aa  347  2e-94  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0421  transporter, putative  42.47 
 
 		 457 aa  345  8e-94  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2740  citrate transporter  28.7 
 
 		 430 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.109916  normal  0.344537 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1182  Citrate transporter  31.18 
 
 		 431 aa  167  5e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2820  citrate transporter  30.68 
 
 		 415 aa  164  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000152112  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1011  citrate transporter  29.93 
 
 		 415 aa  164  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000075271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2571  endonuclease III/Nth  31.88 
 
 		 401 aa  161  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1848  Citrate transporter  31.85 
 
 		 429 aa  161  3e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0647528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1087  citrate transporter  29.45 
 
 		 415 aa  160  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953258 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1169  citrate transporter  29.51 
 
 		 415 aa  160  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  decreased coverage  0.00000098919 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1484  Citrate transporter  30.07 
 
 		 441 aa  159  8e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2788  citrate transporter  30.05 
 
 		 428 aa  158  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2143  putative Na+/H+ antiporter  31.34 
 
 		 427 aa  157  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000114248  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2981  citrate transporter  29.62 
 
 		 415 aa  157  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06635  probable Na+/H+ antiporter  28.31 
 
 		 456 aa  156  7e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.962543  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1052  citrate transporter  30.26 
 
 		 426 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2894  citrate transporter  29.47 
 
 		 436 aa  154  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002899 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2976  citrate transporter  29.47 
 
 		 436 aa  154  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0156063 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1158  citrate transporter  28.81 
 
 		 415 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1202  citrate transporter  28.81 
 
 		 415 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1235  citrate transporter  28.81 
 
 		 415 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0598103  normal  0.863417 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3155  Citrate transporter  28.81 
 
 		 415 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.835632  normal  0.747102 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3073  citrate transporter  29.47 
 
 		 436 aa  154  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.282426  hitchhiker  0.00000161736 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2792  putative Na+/H+ antiporter NhaD  27.84 
 
 		 414 aa  153  7e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2206  putative Na+/H+ antiporter  29.87 
 
 		 427 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.584223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0837  citrate transporter  30.19 
 
 		 415 aa  151  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  0.60962 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1425  citrate transporter  30.42 
 
 		 417 aa  150  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627644  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1118  citrate transporter  28.37 
 
 		 415 aa  150  6e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2955  hypothetical protein  30.27 
 
 		 427 aa  141  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3532  citrate transporter  28.12 
 
 		 458 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.237268 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42116  predicted protein  27.73 
 
 		 417 aa  132  1.0000000000000001e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0683  Na+/H+ antiporter  27.92 
 
 		 427 aa  122  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0247  Na+/H+ antiporter, putative  23.95 
 
 		 427 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12700  arsenic-transport integral membrane protein arsB1  24.32 
 
 		 428 aa  72  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3669  Citrate transporter  25.11 
 
 		 431 aa  71.2  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.955706  normal  0.0571681 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0587  citrate transporter  25.63 
 
 		 437 aa  70.1  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0599  citrate transporter  25.63 
 
 		 437 aa  70.1  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404538  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12699  arsenic-transport integral membrane protein arsA  25.11 
 
 		 429 aa  67  0.0000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0610  Citrate transporter  25.67 
 
 		 429 aa  65.9  0.000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0352  citrate transporter  22.46 
 
 		 408 aa  65.5  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000181874  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0577  citrate transporter  24.37 
 
 		 437 aa  64.3  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.4  Na(+)/H(+) antiporter  28.77 
 
 		 194 aa  62.8  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0827  citrate transporter  25.58 
 
 		 440 aa  61.6  0.00000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3119  Citrate transporter  24.11 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0395864  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3393  citrate transporter  22.7 
 
 		 428 aa  60.1  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4163  Citrate transporter  23.88 
 
 		 428 aa  58.5  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0152  Citrate transporter  24.78 
 
 		 419 aa  58.5  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0904912  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2132  citrate transporter  23.88 
 
 		 426 aa  57.8  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1203  citrate transporter  27.74 
 
 		 465 aa  56.2  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3482  arsenical pump family protein  24.88 
 
 		 441 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0719  Citrate transporter  23.8 
 
 		 451 aa  55.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1022  citrate transporter  24.52 
 
 		 421 aa  54.7  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.681723  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2433  Citrate transporter  24.68 
 
 		 440 aa  54.7  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0484148 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3181  citrate transporter  24.41 
 
 		 441 aa  54.7  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0912003  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0939  hypothetical protein  26.99 
 
 		 406 aa  54.3  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1471  citrate transporter  24.36 
 
 		 424 aa  53.1  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1808  citrate transporter  23.9 
 
 		 425 aa  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3469  arsenical pump family protein  24.68 
 
 		 441 aa  50.8  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236736  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1846  citrate transporter  23.5 
 
 		 425 aa  50.8  0.00006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3498  arsenical pump family protein  24.68 
 
 		 441 aa  50.1  0.00009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.97762  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3404  hypothetical protein  25.99 
 
 		 406 aa  49.7  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1347  citrate transporter  22.75 
 
 		 414 aa  48.9  0.0002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1780  arsenical pump family protein  24.68 
 
 		 441 aa  49.3  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1020  citrate transporter  30.6 
 
 		 422 aa  48.5  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1576  citrate transporter  21.21 
 
 		 422 aa  48.5  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.0000162894  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3185  arsenical pump family protein  24.35 
 
 		 441 aa  47.8  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0297754  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>