152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2894 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3155  Citrate transporter  94.93 
 
 		 415 aa  749    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.835632  normal  0.747102 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2820  citrate transporter  81.45 
 
 		 415 aa  652    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000152112  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2894  citrate transporter  100 
 
 		 436 aa  867    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002899 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2976  citrate transporter  99.08 
 
 		 436 aa  861    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0156063 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2981  citrate transporter  78.4 
 
 		 415 aa  645    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3073  citrate transporter  99.77 
 
 		 436 aa  866    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.282426  hitchhiker  0.00000161736 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0837  citrate transporter  84.34 
 
 		 415 aa  655    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  0.60962 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1158  citrate transporter  94.93 
 
 		 415 aa  749    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1011  citrate transporter  81.93 
 
 		 415 aa  669    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000075271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1118  citrate transporter  93.49 
 
 		 415 aa  744    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1169  citrate transporter  84.63 
 
 		 415 aa  665    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  decreased coverage  0.00000098919 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1202  citrate transporter  94.93 
 
 		 415 aa  749    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1235  citrate transporter  94.93 
 
 		 415 aa  749    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0598103  normal  0.863417 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1087  citrate transporter  84.1 
 
 		 415 aa  695    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953258 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2571  endonuclease III/Nth  61.35 
 
 		 401 aa  474  1e-132  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1425  citrate transporter  54.95 
 
 		 417 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2792  putative Na+/H+ antiporter NhaD  54.84 
 
 		 414 aa  388  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.4  Na(+)/H(+) antiporter  90.21 
 
 		 194 aa  348  1e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0694  citrate transporter  32.18 
 
 		 475 aa  194  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0065  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  31.64 
 
 		 467 aa  184  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.249697  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3512  Na+/H+ antiporter NhaD  30.93 
 
 		 448 aa  181  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000950  Na+/H+ antiporter NhaD type  29.15 
 
 		 476 aa  181  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0500  Na+/H+ antiporter  31.81 
 
 		 452 aa  177  2e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0594  Citrate transporter  32.38 
 
 		 449 aa  178  2e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0474  citrate transporter  29.91 
 
 		 480 aa  176  7e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.331681  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0447  citrate transporter  30.7 
 
 		 490 aa  175  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000299254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3348  Na+/H+ antiporter  30 
 
 		 489 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3245  Na+/H+ antiporter  29.52 
 
 		 489 aa  172  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.486391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1492  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  31.12 
 
 		 488 aa  172  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389084  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0778  Na+/H+ antiporter  29.76 
 
 		 489 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.827414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0998  Na+/H+ antiporter, NhaD  31.97 
 
 		 432 aa  171  3e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.596144  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2658  citrate transporter  32.28 
 
 		 432 aa  171  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0935  Na+/H+ antiporter  30 
 
 		 476 aa  170  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3460  Citrate transporter  30.07 
 
 		 489 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3535  citrate transporter  30.07 
 
 		 489 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0832  citrate transporter  30.17 
 
 		 489 aa  169  6e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.726453  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2058  transporter, putative  28.85 
 
 		 470 aa  169  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.509671  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3654  citrate transporter  29.83 
 
 		 489 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0877  Na+/H+ antiporter  30.38 
 
 		 478 aa  167  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.654958  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0699  Na+/H+ antiporter  30.5 
 
 		 491 aa  166  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2753  Na+/H+ antiporter  29.81 
 
 		 490 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.709731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2676  transporter, putative  32.55 
 
 		 450 aa  165  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.168345  normal  0.0363345 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0225  Na+/H+ antiporter  29.75 
 
 		 477 aa  159  7e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06992  hypothetical protein  27.83 
 
 		 476 aa  158  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0111  NhaD-like Na+/H+ antiporter  27.62 
 
 		 460 aa  157  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000313583  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0939  NeuB3  30.02 
 
 		 462 aa  156  8e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1556  hypothetical protein  29.71 
 
 		 462 aa  156  8e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.737532  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0421  transporter, putative  33.25 
 
 		 457 aa  155  9e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1848  Citrate transporter  30.09 
 
 		 429 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0647528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0679  Na+/H+ antiporter  29.41 
 
 		 492 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0683  Na+/H+ antiporter  30.07 
 
 		 427 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2788  citrate transporter  28.34 
 
 		 428 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3272  citrate transporter  28.29 
 
 		 475 aa  151  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3532  citrate transporter  29.04 
 
 		 458 aa  150  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.237268 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42116  predicted protein  33.5 
 
 		 417 aa  150  5e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1762  transporter, putative  28.61 
 
 		 481 aa  149  6e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1052  citrate transporter  29.11 
 
 		 426 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2143  putative Na+/H+ antiporter  29.09 
 
 		 427 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000114248  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1182  Citrate transporter  30.45 
 
 		 431 aa  143  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2735  transporter, putative  29.52 
 
 		 493 aa  141  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.482614  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1484  Citrate transporter  30.83 
 
 		 441 aa  140  3e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2206  putative Na+/H+ antiporter  27.66 
 
 		 427 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.584223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2740  citrate transporter  28.68 
 
 		 430 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.109916  normal  0.344537 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1700  transporter, putative  26.4 
 
 		 483 aa  126  6e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0247  Na+/H+ antiporter, putative  27.4 
 
 		 427 aa  125  1e-27  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2955  hypothetical protein  27.15 
 
 		 427 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06635  probable Na+/H+ antiporter  27.29 
 
 		 456 aa  121  1.9999999999999998e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.962543  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.3  Na(+)/H(+) antiporter  98.25 
 
 		 60 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3442  Na+/H+ antiporter NhaD  28.21 
 
 		 465 aa  112  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1846  citrate transporter  26.99 
 
 		 425 aa  81.6  0.00000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1808  citrate transporter  23.65 
 
 		 425 aa  80.5  0.00000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4285  hypothetical protein  84 
 
 		 49 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0610  Citrate transporter  25.86 
 
 		 429 aa  76.3  0.000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12699  arsenic-transport integral membrane protein arsA  25.57 
 
 		 429 aa  70.5  0.00000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0152  Citrate transporter  27.02 
 
 		 419 aa  70.1  0.00000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0904912  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2132  citrate transporter  24.68 
 
 		 426 aa  69.3  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0827  citrate transporter  23.92 
 
 		 440 aa  68.2  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.2  Na(+)/H(+) antiporter  84.62 
 
 		 46 aa  67  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2622  Citrate transporter  28.23 
 
 		 417 aa  66.2  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2433  Citrate transporter  25.96 
 
 		 440 aa  65.1  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0484148 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26370  Na+/H+ antiporter NhaD-like permease  23.21 
 
 		 422 aa  65.5  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0352  citrate transporter  22.35 
 
 		 408 aa  65.1  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000181874  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1592  citrate transporter  24.71 
 
 		 422 aa  64.7  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1022  citrate transporter  23.83 
 
 		 421 aa  64.7  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.681723  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0209  arsenical pump membrane protein, putative  23 
 
 		 428 aa  62.8  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.144741  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1545  citrate transporter  24.32 
 
 		 429 aa  62  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000185011  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12700  arsenic-transport integral membrane protein arsB1  24.36 
 
 		 428 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2166  arsenic transporter family protein  24.15 
 
 		 423 aa  61.2  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3003  Citrate transporter  27.27 
 
 		 424 aa  60.1  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.467827 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1338  citrate transporter  24.09 
 
 		 577 aa  59.7  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1426  citrate transporter  26.1 
 
 		 417 aa  59.3  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_13038  ArsB family transporter: P-protein-like protein (tyrosine transporter)  26.68 
 
 		 447 aa  59.3  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0400673  normal  0.138316 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3270  arsenical pump family protein  26.1 
 
 		 441 aa  58.9  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0316539  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3243  arsenical pump family protein  26.1 
 
 		 441 aa  58.9  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000351767  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3526  arsenical pump family protein  26.1 
 
 		 441 aa  58.9  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0523462  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3486  arsenical pump family protein  26.1 
 
 		 441 aa  58.9  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4733  citrate transporter  29.78 
 
 		 444 aa  58.2  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3120  Citrate transporter  24.61 
 
 		 427 aa  58.2  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.019931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0191  arsenical pump family protein  25.84 
 
 		 441 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3498  arsenical pump family protein  24.44 
 
 		 441 aa  57.4  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.97762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>