67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1298.4 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1298.4  Na(+)/H(+) antiporter  100 
 
 		 194 aa  384  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2894  citrate transporter  90.21 
 
 		 436 aa  347  4e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3073  citrate transporter  90.21 
 
 		 436 aa  347  4e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.282426  hitchhiker  0.00000161736 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2976  citrate transporter  89.69 
 
 		 436 aa  344  5e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0156063 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3155  Citrate transporter  88.14 
 
 		 415 aa  343  8e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.835632  normal  0.747102 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1235  citrate transporter  88.14 
 
 		 415 aa  343  8e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0598103  normal  0.863417 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1158  citrate transporter  88.14 
 
 		 415 aa  343  8e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1202  citrate transporter  88.14 
 
 		 415 aa  343  8e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549096  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1118  citrate transporter  87.11 
 
 		 415 aa  341  2.9999999999999997e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1087  citrate transporter  80.41 
 
 		 415 aa  312  9.999999999999999e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953258 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1169  citrate transporter  78.87 
 
 		 415 aa  309  2e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  decreased coverage  0.00000098919 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2981  citrate transporter  77.32 
 
 		 415 aa  305  3e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2820  citrate transporter  78.35 
 
 		 415 aa  302  2.0000000000000002e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000152112  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1011  citrate transporter  77.32 
 
 		 415 aa  300  1e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000075271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0837  citrate transporter  81.56 
 
 		 415 aa  295  4e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  0.60962 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2571  endonuclease III/Nth  56.25 
 
 		 401 aa  204  7e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2792  putative Na+/H+ antiporter NhaD  53.04 
 
 		 414 aa  178  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1425  citrate transporter  48.63 
 
 		 417 aa  157  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627644  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0694  citrate transporter  32.04 
 
 		 475 aa  70.9  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000950  Na+/H+ antiporter NhaD type  28 
 
 		 476 aa  67.4  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0447  citrate transporter  29.03 
 
 		 490 aa  66.6  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000299254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1052  citrate transporter  34.3 
 
 		 426 aa  65.1  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0832  citrate transporter  28.22 
 
 		 489 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.726453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3654  citrate transporter  27.95 
 
 		 489 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3535  citrate transporter  27.95 
 
 		 489 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06992  hypothetical protein  26.86 
 
 		 476 aa  64.7  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3460  Citrate transporter  27.95 
 
 		 489 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2206  putative Na+/H+ antiporter  32.56 
 
 		 427 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.584223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0877  Na+/H+ antiporter  28.77 
 
 		 478 aa  63.2  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.654958  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3532  citrate transporter  27.68 
 
 		 458 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.237268 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2753  Na+/H+ antiporter  27.92 
 
 		 490 aa  63.2  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.709731  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0935  Na+/H+ antiporter  28.77 
 
 		 476 aa  63.2  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3245  Na+/H+ antiporter  28.08 
 
 		 489 aa  62.8  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.486391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0778  Na+/H+ antiporter  28.77 
 
 		 489 aa  62.8  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.827414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42116  predicted protein  30.68 
 
 		 417 aa  62.4  0.000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0474  citrate transporter  27.03 
 
 		 480 aa  62.4  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.331681  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3348  Na+/H+ antiporter  28.77 
 
 		 489 aa  62.4  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0500  Na+/H+ antiporter  30.46 
 
 		 452 aa  62  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0111  NhaD-like Na+/H+ antiporter  28.67 
 
 		 460 aa  62  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000313583  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0699  Na+/H+ antiporter  28.77 
 
 		 491 aa  61.2  0.000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1182  Citrate transporter  29.6 
 
 		 431 aa  61.2  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3512  Na+/H+ antiporter NhaD  27.57 
 
 		 448 aa  61.2  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1848  Citrate transporter  30.89 
 
 		 429 aa  61.2  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0647528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0225  Na+/H+ antiporter  29.63 
 
 		 477 aa  61.2  0.000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0679  Na+/H+ antiporter  28.39 
 
 		 492 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2788  citrate transporter  30.6 
 
 		 428 aa  59.7  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3272  citrate transporter  29.48 
 
 		 475 aa  59.3  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2676  transporter, putative  32.58 
 
 		 450 aa  58.2  0.00000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.168345  normal  0.0363345 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1556  hypothetical protein  29.93 
 
 		 462 aa  58.2  0.00000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.737532  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0421  transporter, putative  30.46 
 
 		 457 aa  57.8  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0683  Na+/H+ antiporter  31.45 
 
 		 427 aa  57.4  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0939  NeuB3  27.89 
 
 		 462 aa  56.2  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1492  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  27.4 
 
 		 488 aa  56.2  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389084  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0998  Na+/H+ antiporter, NhaD  32 
 
 		 432 aa  55.5  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.596144  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0594  Citrate transporter  27.91 
 
 		 449 aa  55.5  0.0000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2658  citrate transporter  32 
 
 		 432 aa  55.5  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2143  putative Na+/H+ antiporter  29.85 
 
 		 427 aa  54.7  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000114248  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2058  transporter, putative  25.5 
 
 		 470 aa  54.7  0.0000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.509671  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0065  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  26.09 
 
 		 467 aa  53.1  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.249697  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06635  probable Na+/H+ antiporter  37.5 
 
 		 456 aa  52  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.962543  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3442  Na+/H+ antiporter NhaD  25.83 
 
 		 465 aa  50.1  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2735  transporter, putative  29.08 
 
 		 493 aa  50.1  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.482614  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1762  transporter, putative  24.14 
 
 		 481 aa  47.8  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1484  Citrate transporter  25.68 
 
 		 441 aa  46.2  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0247  Na+/H+ antiporter, putative  29.45 
 
 		 427 aa  46.2  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2955  hypothetical protein  30.77 
 
 		 427 aa  45.4  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3024  hypothetical protein  30.09 
 
 		 431 aa  41.6  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.169236  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>