62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3024 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2426  hypothetical protein  84.73 
 
 		 406 aa  637    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23  decreased coverage  0.0038773 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3024  hypothetical protein  100 
 
 		 431 aa  842    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.169236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2708  hypothetical protein  81.8 
 
 		 405 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0939  hypothetical protein  73.75 
 
 		 406 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3404  hypothetical protein  73.7 
 
 		 406 aa  570  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06635  probable Na+/H+ antiporter  29.97 
 
 		 456 aa  78.6  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.962543  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1848  Citrate transporter  26.88 
 
 		 429 aa  78.2  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0647528  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2058  transporter, putative  31.34 
 
 		 470 aa  75.9  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.509671  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1425  citrate transporter  27.57 
 
 		 417 aa  72.8  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627644  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1484  Citrate transporter  29.22 
 
 		 441 aa  72  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2658  citrate transporter  28.85 
 
 		 432 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0998  Na+/H+ antiporter, NhaD  28.85 
 
 		 432 aa  71.2  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.596144  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2792  putative Na+/H+ antiporter NhaD  26.36 
 
 		 414 aa  71.2  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1182  Citrate transporter  25.36 
 
 		 431 aa  69.7  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2206  putative Na+/H+ antiporter  31.46 
 
 		 427 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.584223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1052  citrate transporter  28.19 
 
 		 426 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2788  citrate transporter  28.77 
 
 		 428 aa  64.3  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2143  putative Na+/H+ antiporter  27.5 
 
 		 427 aa  62.8  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000114248  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2820  citrate transporter  24.3 
 
 		 415 aa  62.4  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000152112  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0447  citrate transporter  27.59 
 
 		 490 aa  62.8  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000299254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0421  transporter, putative  26.69 
 
 		 457 aa  62  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1087  citrate transporter  24.58 
 
 		 415 aa  62  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953258 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0683  Na+/H+ antiporter  25.78 
 
 		 427 aa  58.9  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1011  citrate transporter  22.63 
 
 		 415 aa  58.2  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000075271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0111  NhaD-like Na+/H+ antiporter  26.9 
 
 		 460 aa  55.8  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000313583  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1169  citrate transporter  23.82 
 
 		 415 aa  55.8  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  decreased coverage  0.00000098919 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0065  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  26.69 
 
 		 467 aa  55.1  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.249697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2676  transporter, putative  27.1 
 
 		 450 aa  55.8  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.168345  normal  0.0363345 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3532  citrate transporter  26.05 
 
 		 458 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.237268 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0500  Na+/H+ antiporter  26.69 
 
 		 452 aa  54.3  0.000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1556  hypothetical protein  27.27 
 
 		 462 aa  54.3  0.000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.737532  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2894  citrate transporter  23.29 
 
 		 436 aa  53.9  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002899 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3272  citrate transporter  26.5 
 
 		 475 aa  53.9  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0939  NeuB3  28.84 
 
 		 462 aa  53.5  0.000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3073  citrate transporter  23.01 
 
 		 436 aa  53.5  0.000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.282426  hitchhiker  0.00000161736 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2976  citrate transporter  23.01 
 
 		 436 aa  53.1  0.000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0156063 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1202  citrate transporter  22.82 
 
 		 415 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1235  citrate transporter  22.82 
 
 		 415 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0598103  normal  0.863417 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1158  citrate transporter  22.82 
 
 		 415 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3155  Citrate transporter  22.82 
 
 		 415 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.835632  normal  0.747102 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2571  endonuclease III/Nth  25.76 
 
 		 401 aa  52.4  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2981  citrate transporter  24.08 
 
 		 415 aa  51.2  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1118  citrate transporter  23.1 
 
 		 415 aa  51.6  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3512  Na+/H+ antiporter NhaD  26.24 
 
 		 448 aa  50.8  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0594  Citrate transporter  27.42 
 
 		 449 aa  49.3  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06992  hypothetical protein  27.91 
 
 		 476 aa  48.5  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0778  Na+/H+ antiporter  25.91 
 
 		 489 aa  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.827414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3245  Na+/H+ antiporter  25.91 
 
 		 489 aa  47.8  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.486391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000950  Na+/H+ antiporter NhaD type  28.24 
 
 		 476 aa  47.8  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42116  predicted protein  26.51 
 
 		 417 aa  47.8  0.0004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0694  citrate transporter  26.4 
 
 		 475 aa  47.4  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0247  Na+/H+ antiporter, putative  40.66 
 
 		 427 aa  47  0.0006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3348  Na+/H+ antiporter  25.65 
 
 		 489 aa  46.6  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017498  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0935  Na+/H+ antiporter  25.25 
 
 		 476 aa  45.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1492  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  26.51 
 
 		 488 aa  45.1  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389084  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0832  citrate transporter  26.07 
 
 		 489 aa  44.7  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.726453  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0877  Na+/H+ antiporter  26.4 
 
 		 478 aa  43.9  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.654958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3460  Citrate transporter  25.74 
 
 		 489 aa  43.5  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3535  citrate transporter  25.74 
 
 		 489 aa  43.5  0.008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3654  citrate transporter  25.74 
 
 		 489 aa  43.5  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2955  hypothetical protein  40.54 
 
 		 427 aa  43.1  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.4  Na(+)/H(+) antiporter  28.23 
 
 		 194 aa  43.1  0.01  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>