140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2571 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2571  endonuclease III/Nth  100 
 
 		 401 aa  794    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1087  citrate transporter  61.6 
 
 		 415 aa  481  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953258 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2820  citrate transporter  62.12 
 
 		 415 aa  471  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000152112  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2976  citrate transporter  61.4 
 
 		 436 aa  472  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0156063 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3073  citrate transporter  61.4 
 
 		 436 aa  471  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.282426  hitchhiker  0.00000161736 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1118  citrate transporter  60.9 
 
 		 415 aa  472  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2894  citrate transporter  61.4 
 
 		 436 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002899 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2981  citrate transporter  60.3 
 
 		 415 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1158  citrate transporter  60.4 
 
 		 415 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1169  citrate transporter  61.22 
 
 		 415 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  decreased coverage  0.00000098919 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1202  citrate transporter  60.4 
 
 		 415 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1235  citrate transporter  60.4 
 
 		 415 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0598103  normal  0.863417 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3155  Citrate transporter  60.4 
 
 		 415 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.835632  normal  0.747102 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1011  citrate transporter  58.85 
 
 		 415 aa  456  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000075271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0837  citrate transporter  60.25 
 
 		 415 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  0.60962 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1425  citrate transporter  54.87 
 
 		 417 aa  389  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2792  putative Na+/H+ antiporter NhaD  54.02 
 
 		 414 aa  378  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.4  Na(+)/H(+) antiporter  56.25 
 
 		 194 aa  204  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0694  citrate transporter  32.86 
 
 		 475 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0065  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  31.05 
 
 		 467 aa  189  5.999999999999999e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.249697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000950  Na+/H+ antiporter NhaD type  32.64 
 
 		 476 aa  189  8e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0998  Na+/H+ antiporter, NhaD  34.62 
 
 		 432 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.596144  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2658  citrate transporter  34.62 
 
 		 432 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0500  Na+/H+ antiporter  34.68 
 
 		 452 aa  182  7e-45  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2058  transporter, putative  31.09 
 
 		 470 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.509671  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0474  citrate transporter  30.61 
 
 		 480 aa  181  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.331681  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06992  hypothetical protein  32.34 
 
 		 476 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0594  Citrate transporter  33.76 
 
 		 449 aa  180  4.999999999999999e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0225  Na+/H+ antiporter  30.3 
 
 		 477 aa  179  8e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0447  citrate transporter  31.07 
 
 		 490 aa  178  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000299254  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3512  Na+/H+ antiporter NhaD  30.32 
 
 		 448 aa  178  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0778  Na+/H+ antiporter  31.88 
 
 		 489 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.827414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3245  Na+/H+ antiporter  31.88 
 
 		 489 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.486391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3348  Na+/H+ antiporter  31.88 
 
 		 489 aa  177  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0877  Na+/H+ antiporter  31.18 
 
 		 478 aa  176  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.654958  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0935  Na+/H+ antiporter  31.65 
 
 		 476 aa  176  7e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3460  Citrate transporter  32.11 
 
 		 489 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3535  citrate transporter  32.11 
 
 		 489 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0832  citrate transporter  32.11 
 
 		 489 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.726453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3654  citrate transporter  32.11 
 
 		 489 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2676  transporter, putative  32.65 
 
 		 450 aa  173  5.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.168345  normal  0.0363345 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3272  citrate transporter  29.91 
 
 		 475 aa  172  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2753  Na+/H+ antiporter  31.25 
 
 		 490 aa  169  7e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.709731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2788  citrate transporter  32.45 
 
 		 428 aa  169  7e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0699  Na+/H+ antiporter  30.93 
 
 		 491 aa  167  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1492  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  30.21 
 
 		 488 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389084  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0939  NeuB3  31.3 
 
 		 462 aa  165  2.0000000000000002e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0679  Na+/H+ antiporter  31.32 
 
 		 492 aa  164  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0111  NhaD-like Na+/H+ antiporter  29.38 
 
 		 460 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000313583  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1182  Citrate transporter  30.05 
 
 		 431 aa  159  9e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0421  transporter, putative  32.23 
 
 		 457 aa  158  1e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1556  hypothetical protein  31.46 
 
 		 462 aa  158  1e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.737532  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2206  putative Na+/H+ antiporter  31.05 
 
 		 427 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.584223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2143  putative Na+/H+ antiporter  30.51 
 
 		 427 aa  157  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000114248  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0683  Na+/H+ antiporter  32.76 
 
 		 427 aa  155  8e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1848  Citrate transporter  30.1 
 
 		 429 aa  153  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0647528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3532  citrate transporter  30.65 
 
 		 458 aa  152  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.237268 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06635  probable Na+/H+ antiporter  31.92 
 
 		 456 aa  152  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.962543  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2735  transporter, putative  29.06 
 
 		 493 aa  151  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.482614  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1762  transporter, putative  28.57 
 
 		 481 aa  147  3e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1484  Citrate transporter  30.5 
 
 		 441 aa  147  3e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42116  predicted protein  32.15 
 
 		 417 aa  146  5e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1052  citrate transporter  29.76 
 
 		 426 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2955  hypothetical protein  31.05 
 
 		 427 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1700  transporter, putative  27.19 
 
 		 483 aa  127  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0247  Na+/H+ antiporter, putative  30.05 
 
 		 427 aa  126  6e-28  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2740  citrate transporter  25.8 
 
 		 430 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.109916  normal  0.344537 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3442  Na+/H+ antiporter NhaD  27.57 
 
 		 465 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1846  citrate transporter  25.79 
 
 		 425 aa  75.5  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1576  citrate transporter  24.05 
 
 		 422 aa  74.7  0.000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.0000162894  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12699  arsenic-transport integral membrane protein arsA  25.45 
 
 		 429 aa  73.6  0.000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1808  citrate transporter  24.76 
 
 		 425 aa  72.4  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0610  Citrate transporter  26.97 
 
 		 429 aa  72  0.00000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0352  citrate transporter  22.82 
 
 		 408 aa  70.1  0.00000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000181874  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12700  arsenic-transport integral membrane protein arsB1  24.44 
 
 		 428 aa  67.4  0.0000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1020  citrate transporter  24.61 
 
 		 422 aa  63.2  0.000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1022  citrate transporter  24.44 
 
 		 421 aa  62.8  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.681723  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2622  Citrate transporter  25.66 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2433  Citrate transporter  25.38 
 
 		 440 aa  61.6  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0484148 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_13038  ArsB family transporter: P-protein-like protein (tyrosine transporter)  25.26 
 
 		 447 aa  62  0.00000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0400673  normal  0.138316 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.3  Na(+)/H(+) antiporter  69.64 
 
 		 60 aa  61.2  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3669  Citrate transporter  23.8 
 
 		 431 aa  60.5  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.955706  normal  0.0571681 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0587  citrate transporter  23.26 
 
 		 437 aa  60.1  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0599  citrate transporter  23.26 
 
 		 437 aa  60.1  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404538  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2132  citrate transporter  23.53 
 
 		 426 aa  57.8  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0719  Citrate transporter  22.55 
 
 		 451 aa  57.4  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1338  citrate transporter  25.9 
 
 		 577 aa  57  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1124  Citrate transporter  24.03 
 
 		 411 aa  56.6  0.0000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1545  citrate transporter  23.32 
 
 		 429 aa  56.6  0.0000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000185011  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0827  citrate transporter  30.77 
 
 		 440 aa  56.6  0.0000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0152  Citrate transporter  25 
 
 		 419 aa  56.2  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0904912  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4285  hypothetical protein  55.1 
 
 		 49 aa  53.9  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0577  citrate transporter  21.41 
 
 		 437 aa  53.9  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.2  Na(+)/H(+) antiporter  70.59 
 
 		 46 aa  53.5  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1203  citrate transporter  27.5 
 
 		 465 aa  53.1  0.000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3279  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  25 
 
 		 376 aa  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.362717  normal  0.740754 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3393  citrate transporter  25 
 
 		 428 aa  51.2  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3404  hypothetical protein  24.47 
 
 		 406 aa  51.2  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1592  citrate transporter  21.78 
 
 		 422 aa  51.2  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1546  citrate transporter  24.76 
 
 		 429 aa  50.8  0.00004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0084311  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>