141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2981 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2820  citrate transporter  84.58 
 
 		 415 aa  678    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000152112  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2981  citrate transporter  100 
 
 		 415 aa  817    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3155  Citrate transporter  79.76 
 
 		 415 aa  636    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.835632  normal  0.747102 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1158  citrate transporter  79.76 
 
 		 415 aa  636    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1169  citrate transporter  80.24 
 
 		 415 aa  643    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  decreased coverage  0.00000098919 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1011  citrate transporter  78.07 
 
 		 415 aa  635    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000075271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1202  citrate transporter  79.76 
 
 		 415 aa  636    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549096  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1087  citrate transporter  79.28 
 
 		 415 aa  651    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953258 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1235  citrate transporter  79.76 
 
 		 415 aa  636    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0598103  normal  0.863417 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1118  citrate transporter  79.02 
 
 		 415 aa  632  1e-180  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2894  citrate transporter  78.4 
 
 		 436 aa  629  1e-179  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002899 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2976  citrate transporter  78.16 
 
 		 436 aa  628  1e-179  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0156063 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3073  citrate transporter  78.16 
 
 		 436 aa  629  1e-179  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.282426  hitchhiker  0.00000161736 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0837  citrate transporter  79.52 
 
 		 415 aa  615  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  0.60962 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2571  endonuclease III/Nth  60.3 
 
 		 401 aa  468  9.999999999999999e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1425  citrate transporter  53.73 
 
 		 417 aa  404  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2792  putative Na+/H+ antiporter NhaD  54.22 
 
 		 414 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.4  Na(+)/H(+) antiporter  77.32 
 
 		 194 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0500  Na+/H+ antiporter  32.75 
 
 		 452 aa  186  8e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0694  citrate transporter  30.73 
 
 		 475 aa  183  6e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0594  Citrate transporter  34.01 
 
 		 449 aa  182  7e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2676  transporter, putative  32.75 
 
 		 450 aa  178  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.168345  normal  0.0363345 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0474  citrate transporter  29.27 
 
 		 480 aa  177  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.331681  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0065  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  29.88 
 
 		 467 aa  175  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.249697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3348  Na+/H+ antiporter  29.86 
 
 		 489 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017498  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3512  Na+/H+ antiporter NhaD  29.62 
 
 		 448 aa  174  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0778  Na+/H+ antiporter  29.62 
 
 		 489 aa  173  5e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.827414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3245  Na+/H+ antiporter  29.38 
 
 		 489 aa  172  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.486391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000950  Na+/H+ antiporter NhaD type  29.2 
 
 		 476 aa  172  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0935  Na+/H+ antiporter  30.09 
 
 		 476 aa  170  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1492  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  29.07 
 
 		 488 aa  169  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389084  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0699  Na+/H+ antiporter  30.5 
 
 		 491 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3460  Citrate transporter  29.31 
 
 		 489 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0998  Na+/H+ antiporter, NhaD  31.59 
 
 		 432 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.596144  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2658  citrate transporter  31.54 
 
 		 432 aa  167  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3535  citrate transporter  29.31 
 
 		 489 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2753  Na+/H+ antiporter  30.84 
 
 		 490 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.709731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0421  transporter, putative  33.83 
 
 		 457 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0832  citrate transporter  29.31 
 
 		 489 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.726453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3654  citrate transporter  29.08 
 
 		 489 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2058  transporter, putative  28.5 
 
 		 470 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.509671  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0111  NhaD-like Na+/H+ antiporter  29.12 
 
 		 460 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000313583  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0939  NeuB3  29.95 
 
 		 462 aa  163  5.0000000000000005e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0447  citrate transporter  28.6 
 
 		 490 aa  163  6e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000299254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0877  Na+/H+ antiporter  28.74 
 
 		 478 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.654958  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0679  Na+/H+ antiporter  29.18 
 
 		 492 aa  159  6e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1556  hypothetical protein  30.75 
 
 		 462 aa  159  1e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.737532  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3532  citrate transporter  29.93 
 
 		 458 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.237268 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06992  hypothetical protein  28.44 
 
 		 476 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0225  Na+/H+ antiporter  29.33 
 
 		 477 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2788  citrate transporter  30.57 
 
 		 428 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3272  citrate transporter  28.5 
 
 		 475 aa  152  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1848  Citrate transporter  30.47 
 
 		 429 aa  150  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0647528  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1762  transporter, putative  27.79 
 
 		 481 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2735  transporter, putative  27.94 
 
 		 493 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.482614  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0683  Na+/H+ antiporter  30.4 
 
 		 427 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1484  Citrate transporter  28.38 
 
 		 441 aa  144  4e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2143  putative Na+/H+ antiporter  29.84 
 
 		 427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000114248  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1052  citrate transporter  30.02 
 
 		 426 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42116  predicted protein  30.07 
 
 		 417 aa  139  7e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2206  putative Na+/H+ antiporter  28.97 
 
 		 427 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.584223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1182  Citrate transporter  28.9 
 
 		 431 aa  132  9e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1700  transporter, putative  26.9 
 
 		 483 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2740  citrate transporter  27.3 
 
 		 430 aa  126  9e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.109916  normal  0.344537 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06635  probable Na+/H+ antiporter  27.95 
 
 		 456 aa  124  3e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.962543  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2955  hypothetical protein  29.6 
 
 		 427 aa  122  9e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_002620  TC0247  Na+/H+ antiporter, putative  26.22 
 
 		 427 aa  107  3e-22  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3442  Na+/H+ antiporter NhaD  26.4 
 
 		 465 aa  107  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1808  citrate transporter  26.57 
 
 		 425 aa  83.6  0.000000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4285  hypothetical protein  76.6 
 
 		 49 aa  79  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1846  citrate transporter  27.7 
 
 		 425 aa  79.3  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.3  Na(+)/H(+) antiporter  75.44 
 
 		 60 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0610  Citrate transporter  26.24 
 
 		 429 aa  73.9  0.000000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2132  citrate transporter  27.54 
 
 		 426 aa  73.2  0.000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2433  Citrate transporter  24.75 
 
 		 440 aa  69.7  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0484148 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1545  citrate transporter  23.58 
 
 		 429 aa  67.4  0.0000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000185011  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1022  citrate transporter  24.3 
 
 		 421 aa  66.2  0.0000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.681723  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26370  Na+/H+ antiporter NhaD-like permease  23.71 
 
 		 422 aa  58.9  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0152  Citrate transporter  24.44 
 
 		 419 aa  58.5  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0904912  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_13038  ArsB family transporter: P-protein-like protein (tyrosine transporter)  25.74 
 
 		 447 aa  58.5  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0400673  normal  0.138316 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1576  citrate transporter  22.37 
 
 		 422 aa  58.9  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.0000162894  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0352  citrate transporter  20.79 
 
 		 408 aa  58.5  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000181874  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12700  arsenic-transport integral membrane protein arsB1  24.57 
 
 		 428 aa  57.8  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0827  citrate transporter  24.12 
 
 		 440 aa  57.8  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1338  citrate transporter  22.82 
 
 		 577 aa  57.4  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3469  arsenical pump family protein  26.13 
 
 		 441 aa  57  0.0000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236736  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12699  arsenic-transport integral membrane protein arsA  25.66 
 
 		 429 aa  56.6  0.0000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2086  citrate transporter  27.17 
 
 		 405 aa  56.2  0.000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.771625 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.2  Na(+)/H(+) antiporter  66.67 
 
 		 46 aa  55.5  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2708  hypothetical protein  24.67 
 
 		 405 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2622  Citrate transporter  23.39 
 
 		 417 aa  54.7  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2166  arsenic transporter family protein  22.92 
 
 		 423 aa  53.5  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3404  hypothetical protein  22.04 
 
 		 406 aa  53.5  0.000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3482  arsenical pump family protein  25.53 
 
 		 441 aa  53.1  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3498  arsenical pump family protein  24.44 
 
 		 441 aa  53.1  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.97762  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1780  arsenical pump family protein  25.53 
 
 		 441 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2196  citrate transporter  25.22 
 
 		 451 aa  52.4  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.339032  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1124  Citrate transporter  24.04 
 
 		 411 aa  52  0.00002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3181  citrate transporter  24.39 
 
 		 441 aa  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0912003  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3526  arsenical pump family protein  25.98 
 
 		 441 aa  52.4  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0523462  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>