121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1052 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1052  citrate transporter  100 
 
 		 426 aa  846    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2788  citrate transporter  67.76 
 
 		 428 aa  597  1e-169  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2143  putative Na+/H+ antiporter  68.62 
 
 		 427 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000114248  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2206  putative Na+/H+ antiporter  68.15 
 
 		 427 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.584223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2955  hypothetical protein  70.96 
 
 		 427 aa  581  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0683  Na+/H+ antiporter  68.85 
 
 		 427 aa  565  1e-160  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.685897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1848  Citrate transporter  51.65 
 
 		 429 aa  421  1e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0647528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3532  citrate transporter  49.56 
 
 		 458 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.237268 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1182  Citrate transporter  49.65 
 
 		 431 aa  402  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06635  probable Na+/H+ antiporter  44.57 
 
 		 456 aa  372  1e-102  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.962543  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_42116  predicted protein  46.38 
 
 		 417 aa  351  2e-95  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1484  Citrate transporter  45.07 
 
 		 441 aa  348  1e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0247  Na+/H+ antiporter, putative  45.13 
 
 		 427 aa  313  4.999999999999999e-84  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.180636  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3512  Na+/H+ antiporter NhaD  32.06 
 
 		 448 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0694  citrate transporter  31.47 
 
 		 475 aa  174  2.9999999999999996e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2058  transporter, putative  31 
 
 		 470 aa  172  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.509671  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0699  Na+/H+ antiporter  30.24 
 
 		 491 aa  163  6e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0225  Na+/H+ antiporter  30.68 
 
 		 477 aa  163  7e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0474  citrate transporter  29.76 
 
 		 480 aa  160  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.331681  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0998  Na+/H+ antiporter, NhaD  30.48 
 
 		 432 aa  159  7e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.596144  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1492  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  29.78 
 
 		 488 aa  158  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389084  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0065  NhaD family Na(+)/H(+) antiporter  31.01 
 
 		 467 aa  159  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.249697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0447  citrate transporter  30.11 
 
 		 490 aa  158  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000299254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2658  citrate transporter  30.56 
 
 		 432 aa  159  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.568437 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000950  Na+/H+ antiporter NhaD type  29.44 
 
 		 476 aa  159  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0111  NhaD-like Na+/H+ antiporter  29.98 
 
 		 460 aa  158  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000313583  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3245  Na+/H+ antiporter  30.09 
 
 		 489 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.486391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3348  Na+/H+ antiporter  30.02 
 
 		 489 aa  155  9e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0939  NeuB3  31.76 
 
 		 462 aa  155  1e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0832  citrate transporter  29.95 
 
 		 489 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.726453  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3535  citrate transporter  29.95 
 
 		 489 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3272  citrate transporter  29.11 
 
 		 475 aa  155  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3654  citrate transporter  30.19 
 
 		 489 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3460  Citrate transporter  29.95 
 
 		 489 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0778  Na+/H+ antiporter  30.26 
 
 		 489 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.827414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0877  Na+/H+ antiporter  29.51 
 
 		 478 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.654958  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2753  Na+/H+ antiporter  31.15 
 
 		 490 aa  152  8e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.709731  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0500  Na+/H+ antiporter  32.33 
 
 		 452 aa  152  8e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0935  Na+/H+ antiporter  30.09 
 
 		 476 aa  152  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06992  hypothetical protein  28.41 
 
 		 476 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2676  transporter, putative  30.75 
 
 		 450 aa  150  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.168345  normal  0.0363345 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1556  hypothetical protein  29.66 
 
 		 462 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.737532  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0594  Citrate transporter  30.07 
 
 		 449 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0679  Na+/H+ antiporter  30.68 
 
 		 492 aa  144  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0421  transporter, putative  30.84 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2735  transporter, putative  26.8 
 
 		 493 aa  131  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.482614  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1762  transporter, putative  26.16 
 
 		 481 aa  130  6e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3073  citrate transporter  28.95 
 
 		 436 aa  130  6e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.282426  hitchhiker  0.00000161736 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2571  endonuclease III/Nth  29.76 
 
 		 401 aa  129  7.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1118  citrate transporter  28.98 
 
 		 415 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2894  citrate transporter  28.95 
 
 		 436 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002899 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3442  Na+/H+ antiporter NhaD  29.83 
 
 		 465 aa  128  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2820  citrate transporter  28.1 
 
 		 415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000152112  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2976  citrate transporter  28.71 
 
 		 436 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0156063 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2981  citrate transporter  30.02 
 
 		 415 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1158  citrate transporter  28.16 
 
 		 415 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1202  citrate transporter  28.16 
 
 		 415 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.549096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1235  citrate transporter  28.16 
 
 		 415 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0598103  normal  0.863417 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3155  Citrate transporter  28.16 
 
 		 415 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.835632  normal  0.747102 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1087  citrate transporter  28.19 
 
 		 415 aa  124  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00953258 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0837  citrate transporter  27.64 
 
 		 415 aa  123  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  0.60962 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2792  putative Na+/H+ antiporter NhaD  27.74 
 
 		 414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1425  citrate transporter  30.79 
 
 		 417 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627644  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1011  citrate transporter  27.29 
 
 		 415 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000075271  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1700  transporter, putative  25.62 
 
 		 483 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1169  citrate transporter  28.02 
 
 		 415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  decreased coverage  0.00000098919 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2740  citrate transporter  27.87 
 
 		 430 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.109916  normal  0.344537 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0610  Citrate transporter  27.92 
 
 		 429 aa  77  0.0000000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1022  citrate transporter  28.07 
 
 		 421 aa  71.2  0.00000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.681723  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298.4  Na(+)/H(+) antiporter  34.3 
 
 		 194 aa  65.1  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0939  hypothetical protein  25.61 
 
 		 406 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12700  arsenic-transport integral membrane protein arsB1  25.06 
 
 		 428 aa  64.7  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1338  citrate transporter  25.23 
 
 		 577 aa  64.7  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1243  Citrate transporter  26.46 
 
 		 415 aa  64.3  0.000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000320263  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2132  citrate transporter  24.94 
 
 		 426 aa  63.2  0.000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0827  citrate transporter  25.18 
 
 		 440 aa  62.8  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1808  citrate transporter  24.76 
 
 		 425 aa  62.4  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0587  citrate transporter  26.28 
 
 		 437 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0599  citrate transporter  26.28 
 
 		 437 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404538  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0152  Citrate transporter  24.29 
 
 		 419 aa  60.8  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0904912  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3119  Citrate transporter  25.72 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0395864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2708  hypothetical protein  25.34 
 
 		 405 aa  60.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3003  Citrate transporter  26.02 
 
 		 424 aa  60.1  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.467827 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1020  citrate transporter  25.65 
 
 		 422 aa  58.9  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0577  citrate transporter  26.39 
 
 		 437 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1846  citrate transporter  24.27 
 
 		 425 aa  58.2  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3120  Citrate transporter  25.24 
 
 		 427 aa  57.4  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.019931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2091  arsenic transporter family protein  25.75 
 
 		 423 aa  57  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000299539  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0719  Citrate transporter  25.67 
 
 		 451 aa  56.6  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12699  arsenic-transport integral membrane protein arsA  25.47 
 
 		 429 aa  56.6  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3404  hypothetical protein  37.21 
 
 		 406 aa  55.8  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1576  citrate transporter  23.56 
 
 		 422 aa  56.2  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.0000162894  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3393  citrate transporter  25.76 
 
 		 428 aa  54.7  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2166  arsenic transporter family protein  25 
 
 		 423 aa  54.3  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26370  Na+/H+ antiporter NhaD-like permease  26.87 
 
 		 422 aa  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3482  arsenical pump family protein  25.6 
 
 		 441 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3024  hypothetical protein  41.56 
 
 		 431 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.169236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1987  citrate transporter  26.42 
 
 		 427 aa  50.8  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0408883  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3181  citrate transporter  25.12 
 
 		 441 aa  51.2  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0912003  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3669  Citrate transporter  27.43 
 
 		 431 aa  50.4  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.955706  normal  0.0571681 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>