144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4377 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4377  hypothetical protein  100 
 
 		 834 aa  1654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0341  hypothetical protein  73.71 
 
 		 847 aa  1126    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.1938 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0341  hypothetical protein  87.13 
 
 		 839 aa  1361    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3685  hypothetical protein  87.49 
 
 		 839 aa  1404    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0343  hypothetical protein  52.69 
 
 		 802 aa  728    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0332  hypothetical protein  87.25 
 
 		 839 aa  1370    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  75.18 
 
 		 840 aa  1142    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3520  hypothetical protein  53.75 
 
 		 841 aa  724    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0437  hypothetical protein  74.91 
 
 		 813 aa  1140    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0331  hypothetical protein  75.51 
 
 		 835 aa  1159    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0316  hypothetical protein  55.86 
 
 		 804 aa  834    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235423 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3897  hypothetical protein  53.22 
 
 		 804 aa  758    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0338  hypothetical protein  74.07 
 
 		 843 aa  1127    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4605  Patched family protein  54.9 
 
 		 799 aa  807    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214828 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3388  hypothetical protein  50.51 
 
 		 799 aa  626  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  34.39 
 
 		 780 aa  371  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2094  membrane protein  33.01 
 
 		 778 aa  330  9e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4386  lipoprotein transmembrane  31.89 
 
 		 786 aa  291  5.0000000000000004e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.127353  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3894  hypothetical protein  31.77 
 
 		 748 aa  284  6.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0898  putative inner membrane protein  31.63 
 
 		 768 aa  282  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.188824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0936  RND superfamily drug exporter  30.68 
 
 		 802 aa  275  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00775  lipoprotein transmembrane  28.66 
 
 		 805 aa  272  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4577  hypothetical protein  31.57 
 
 		 773 aa  271  4e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4082  putative lipoprotein transmembrane  29.6 
 
 		 802 aa  263  8.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3055  putative drug efflux pump, RND superfamily  30.9 
 
 		 803 aa  260  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.322516 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0699  RND superfamily drug exporter  29.89 
 
 		 806 aa  260  7e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0430  hypothetical protein  28.81 
 
 		 777 aa  259  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152141  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5102  hypothetical protein  29.26 
 
 		 791 aa  259  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3607  putative lipoprotein transmembrane  29.23 
 
 		 803 aa  258  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3693  lipoprotein transmembrane  29.77 
 
 		 802 aa  257  5e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.432372  normal  0.281955 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4770  putative lipoprotein transmembrane  29.77 
 
 		 802 aa  257  5e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0429  hypothetical protein  29.36 
 
 		 791 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3882  hypothetical protein  29.93 
 
 		 772 aa  253  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.452334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3914  putative lipoprotein transmembrane  31.72 
 
 		 784 aa  243  7.999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.856836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4809  hypothetical protein  29.92 
 
 		 772 aa  237  8e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2755  hypothetical protein  30.78 
 
 		 768 aa  228  4e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0121  hypothetical protein  29.71 
 
 		 763 aa  174  6.999999999999999e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0432  hypothetical protein  21.55 
 
 		 759 aa  173  1e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2674  hypothetical protein  25.48 
 
 		 802 aa  166  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22432  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1496  putative lipoprotein transmembrane  28.91 
 
 		 740 aa  152  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0476  xanthomonadin exporter  26.12 
 
 		 794 aa  151  5e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03730  membrane protein involved in xanthomonadin export  26.2 
 
 		 807 aa  148  5e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.780979  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0068  MMPL domain protein  25.63 
 
 		 804 aa  146  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2065  membrane protein  25.6 
 
 		 788 aa  140  1e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1987  membrane protein  26.03 
 
 		 788 aa  137  6.0000000000000005e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2816  exporter-like protein  22.75 
 
 		 826 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249956  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2150  exporter-like  24.25 
 
 		 828 aa  136  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2764  exporter-like protein  24.25 
 
 		 829 aa  136  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0195609  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0305  MMPL domain protein  24.91 
 
 		 810 aa  135  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0317  MMPL domain protein  24.88 
 
 		 806 aa  132  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0934252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0941  hypothetical protein  24.18 
 
 		 784 aa  127  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0798  hypothetical protein  24.18 
 
 		 784 aa  127  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3990  hypothetical protein  26.35 
 
 		 784 aa  124  8e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6094  MMPL family membrane protein  24.22 
 
 		 823 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.125086  normal  0.449875 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4177  transmembrane protein  23.96 
 
 		 783 aa  114  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3301  hypothetical protein  25.7 
 
 		 782 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149323  normal  0.322997 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2683  exporter-like protein  22.32 
 
 		 826 aa  107  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.815942  normal  0.551153 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0976  KWG  23.48 
 
 		 749 aa  104  7e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3929  phosphoglucomutase/phosphomannomutase alpha/beta/subunit  24.42 
 
 		 812 aa  102  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0919  hypothetical protein  22.57 
 
 		 791 aa  102  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0282  hypothetical protein  22.28 
 
 		 742 aa  100  8e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0418733  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1374  hypothetical protein  25.52 
 
 		 778 aa  99.4  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292609 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0429  hypothetical protein  24.52 
 
 		 827 aa  97.8  8e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1322  hypothetical protein  23.26 
 
 		 802 aa  90.5  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2750  hypothetical protein  25 
 
 		 773 aa  88.2  6e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.536126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  19.95 
 
 		 1226 aa  87  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2108  exporter  21.01 
 
 		 1274 aa  82.8  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153842  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03830  hypothetical membrane protein  21.93 
 
 		 1225 aa  77.8  0.0000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  20.34 
 
 		 1172 aa  75.5  0.000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  24.53 
 
 		 782 aa  63.5  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  21.58 
 
 		 1291 aa  63.9  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2558  hypothetical protein  22.87 
 
 		 890 aa  62.8  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.808467  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4254  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  22.46 
 
 		 868 aa  62.4  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0797101  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  26.49 
 
 		 752 aa  61.6  0.00000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  22.09 
 
 		 884 aa  60.5  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1730  hypothetical protein  22.78 
 
 		 868 aa  60.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.047499 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3175  SecD/SecF family protein export membrane protein  26.13 
 
 		 910 aa  59.7  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  22.02 
 
 		 1045 aa  60.1  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  24.93 
 
 		 849 aa  58.5  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  21.45 
 
 		 901 aa  57.8  0.0000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  22.52 
 
 		 893 aa  57.4  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  24.52 
 
 		 972 aa  57  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4133  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.46 
 
 		 870 aa  56.6  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2104  exporter-like protein  28.66 
 
 		 704 aa  57  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  24.48 
 
 		 862 aa  55.5  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  24.07 
 
 		 872 aa  55.5  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1747  hypothetical protein  24.89 
 
 		 901 aa  55.1  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.162879  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0209  Patched family protein  21.95 
 
 		 881 aa  55.1  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  25.93 
 
 		 388 aa  54.3  0.000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2819  putative rRNA methylase  26.28 
 
 		 1128 aa  54.3  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1642  putative rRNA methylase  25.77 
 
 		 892 aa  54.3  0.000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1961  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  25.71 
 
 		 758 aa  53.9  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2973  putative protein export membrane protein  23.94 
 
 		 862 aa  53.5  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3221  hypothetical protein  25.87 
 
 		 874 aa  53.5  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2188  hypothetical protein  22.65 
 
 		 839 aa  52.8  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.63 
 
 		 886 aa  52.4  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0015  hypothetical protein  20.56 
 
 		 871 aa  52  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.676074 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4166  putative transporter  22.42 
 
 		 908 aa  52  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.90663  normal  0.139004 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4905  hypothetical protein  24.91 
 
 		 877 aa  52  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35717  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3569  hypothetical protein  23.03 
 
 		 868 aa  51.6  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>