101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3990 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_4177  transmembrane protein  48.32 
 
 		 783 aa  655    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6094  MMPL family membrane protein  49.67 
 
 		 823 aa  671    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.125086  normal  0.449875 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3990  hypothetical protein  100 
 
 		 784 aa  1557    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3301  hypothetical protein  52.83 
 
 		 782 aa  697    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149323  normal  0.322997 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2150  exporter-like  49.16 
 
 		 828 aa  674    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2816  exporter-like protein  50 
 
 		 826 aa  685    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249956  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2764  exporter-like protein  49.16 
 
 		 829 aa  674    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0195609  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1374  hypothetical protein  51.28 
 
 		 778 aa  640    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292609 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2683  exporter-like protein  50 
 
 		 826 aa  678    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.815942  normal  0.551153 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0305  MMPL domain protein  50.19 
 
 		 810 aa  679    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0317  MMPL domain protein  50.95 
 
 		 806 aa  683    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0934252  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0429  hypothetical protein  50 
 
 		 827 aa  626  1e-178  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0068  MMPL domain protein  48.62 
 
 		 804 aa  617  1e-175  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3929  phosphoglucomutase/phosphomannomutase alpha/beta/subunit  50.26 
 
 		 812 aa  590  1e-167  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0941  hypothetical protein  43.69 
 
 		 784 aa  588  1e-166  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0798  hypothetical protein  43.69 
 
 		 784 aa  588  1e-166  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2750  hypothetical protein  49.42 
 
 		 773 aa  566  1e-160  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.536126  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0919  hypothetical protein  45.34 
 
 		 791 aa  544  1e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2674  hypothetical protein  43.18 
 
 		 802 aa  536  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22432  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1322  hypothetical protein  43.75 
 
 		 802 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03730  membrane protein involved in xanthomonadin export  36.28 
 
 		 807 aa  372  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.780979  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2065  membrane protein  34.08 
 
 		 788 aa  335  2e-90  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1987  membrane protein  33.95 
 
 		 788 aa  334  3e-90  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0476  xanthomonadin exporter  31.31 
 
 		 794 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0936  RND superfamily drug exporter  27.55 
 
 		 802 aa  147  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00775  lipoprotein transmembrane  28.15 
 
 		 805 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0343  hypothetical protein  23.69 
 
 		 802 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4082  putative lipoprotein transmembrane  28.87 
 
 		 802 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3055  putative drug efflux pump, RND superfamily  28.77 
 
 		 803 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.322516 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3607  putative lipoprotein transmembrane  28.04 
 
 		 803 aa  127  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4377  hypothetical protein  25.89 
 
 		 834 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4605  Patched family protein  24.42 
 
 		 799 aa  127  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214828 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0332  hypothetical protein  26.66 
 
 		 839 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  26.11 
 
 		 780 aa  125  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0699  RND superfamily drug exporter  26.93 
 
 		 806 aa  124  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3897  hypothetical protein  25.24 
 
 		 804 aa  124  8e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  26.46 
 
 		 782 aa  123  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0331  hypothetical protein  25.88 
 
 		 835 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0316  hypothetical protein  25.31 
 
 		 804 aa  119  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235423 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  29.33 
 
 		 840 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2094  membrane protein  25.09 
 
 		 778 aa  114  8.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0898  putative inner membrane protein  26.93 
 
 		 768 aa  112  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.188824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3685  hypothetical protein  25.12 
 
 		 839 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0338  hypothetical protein  25.77 
 
 		 843 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5102  hypothetical protein  25.68 
 
 		 791 aa  110  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0341  hypothetical protein  26.14 
 
 		 839 aa  110  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0437  hypothetical protein  26.85 
 
 		 813 aa  110  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0341  hypothetical protein  29.33 
 
 		 847 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.1938 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3882  hypothetical protein  26.17 
 
 		 772 aa  103  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.452334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0121  hypothetical protein  24.54 
 
 		 763 aa  102  3e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3388  hypothetical protein  24.9 
 
 		 799 aa  102  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  19.9 
 
 		 1172 aa  97.4  8e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0429  hypothetical protein  24.69 
 
 		 791 aa  96.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  18.23 
 
 		 1226 aa  95.1  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0430  hypothetical protein  26.86 
 
 		 777 aa  93.6  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152141  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3520  hypothetical protein  24.95 
 
 		 841 aa  90.5  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4577  hypothetical protein  25.91 
 
 		 773 aa  86.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4770  putative lipoprotein transmembrane  35.89 
 
 		 802 aa  85.1  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3693  lipoprotein transmembrane  35.89 
 
 		 802 aa  85.1  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.432372  normal  0.281955 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4809  hypothetical protein  23.26 
 
 		 772 aa  83.6  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2108  exporter  20.06 
 
 		 1274 aa  82.4  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3914  putative lipoprotein transmembrane  27.07 
 
 		 784 aa  80.5  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.856836  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03830  hypothetical membrane protein  20.18 
 
 		 1225 aa  79.3  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  22.81 
 
 		 1291 aa  74.3  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0432  hypothetical protein  22.81 
 
 		 759 aa  70.9  0.00000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1496  putative lipoprotein transmembrane  30.82 
 
 		 740 aa  70.5  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3894  hypothetical protein  26.98 
 
 		 748 aa  67  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4386  lipoprotein transmembrane  26.95 
 
 		 786 aa  65.1  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.127353  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2755  hypothetical protein  28.15 
 
 		 768 aa  63.5  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  22.47 
 
 		 849 aa  60.5  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.15 
 
 		 1045 aa  59.7  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2188  hypothetical protein  25.13 
 
 		 839 aa  56.6  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0282  hypothetical protein  21.44 
 
 		 742 aa  55.1  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0418733  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6341  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.38 
 
 		 882 aa  53.5  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432737  decreased coverage  0.00194577 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2558  hypothetical protein  26.76 
 
 		 890 aa  52.8  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.808467  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0976  KWG  19.29 
 
 		 749 aa  52.8  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1699  hypothetical protein  21.42 
 
 		 847 aa  52  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0923287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3595  RND efflux transporter  23.02 
 
 		 843 aa  52  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  26.26 
 
 		 901 aa  52  0.00005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  25.07 
 
 		 884 aa  50.8  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4905  hypothetical protein  25.46 
 
 		 877 aa  50.4  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35717  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.3 
 
 		 886 aa  50.4  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0913  exporter-like protein  21.25 
 
 		 792 aa  49.7  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.231192  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4254  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  22.24 
 
 		 868 aa  50.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0797101  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3029  transport protein  27.53 
 
 		 959 aa  48.9  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7156  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.36 
 
 		 882 aa  48.5  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  25.91 
 
 		 893 aa  48.1  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4559  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.9 
 
 		 877 aa  48.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.151597 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4948  RND efflux transporter  26.62 
 
 		 877 aa  47.8  0.0009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5501  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.62 
 
 		 877 aa  47.4  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.921684  normal  0.0209878 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2001  MCP methyltransferase, CheR-type  19.23 
 
 		 1287 aa  47  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3184  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.9 
 
 		 877 aa  46.6  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.134423 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1652  hypothetical protein  31.2 
 
 		 767 aa  45.4  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.485028  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10690  transmembrane transport protein mmpL5  27.39 
 
 		 964 aa  45.4  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1862  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.16 
 
 		 864 aa  45.4  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  21.64 
 
 		 862 aa  44.7  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  22.67 
 
 		 872 aa  44.7  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3359  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.7 
 
 		 883 aa  45.1  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000128558  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2739  hypothetical protein  22.32 
 
 		 845 aa  45.1  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5599  MMPL  26.42 
 
 		 945 aa  44.3  0.01  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>