147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0341 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4377  hypothetical protein  87.13 
 
 		 834 aa  1356    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0341  hypothetical protein  100 
 
 		 839 aa  1671    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3685  hypothetical protein  96.9 
 
 		 839 aa  1561    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0343  hypothetical protein  52.78 
 
 		 802 aa  724    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0332  hypothetical protein  96.07 
 
 		 839 aa  1513    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  74.97 
 
 		 840 aa  1139    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3520  hypothetical protein  53.81 
 
 		 841 aa  733    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0437  hypothetical protein  74.88 
 
 		 813 aa  1146    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0341  hypothetical protein  73.99 
 
 		 847 aa  1130    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.1938 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0331  hypothetical protein  75.33 
 
 		 835 aa  1153    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0316  hypothetical protein  56.71 
 
 		 804 aa  852    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235423 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3897  hypothetical protein  53.08 
 
 		 804 aa  768    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0338  hypothetical protein  73.86 
 
 		 843 aa  1129    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4605  Patched family protein  54.88 
 
 		 799 aa  821    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214828 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3388  hypothetical protein  49.94 
 
 		 799 aa  617  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  33.84 
 
 		 780 aa  377  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2094  membrane protein  32.96 
 
 		 778 aa  335  3e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0898  putative inner membrane protein  31.85 
 
 		 768 aa  290  6e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.188824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4386  lipoprotein transmembrane  31.51 
 
 		 786 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.127353  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3894  hypothetical protein  31.88 
 
 		 748 aa  283  8.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00775  lipoprotein transmembrane  30.09 
 
 		 805 aa  282  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4577  hypothetical protein  31.71 
 
 		 773 aa  279  1e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0936  RND superfamily drug exporter  31.78 
 
 		 802 aa  276  9e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3055  putative drug efflux pump, RND superfamily  31.95 
 
 		 803 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.322516 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0430  hypothetical protein  30.26 
 
 		 777 aa  261  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152141  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3693  lipoprotein transmembrane  30.28 
 
 		 802 aa  261  5.0000000000000005e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.432372  normal  0.281955 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4770  putative lipoprotein transmembrane  30.28 
 
 		 802 aa  261  5.0000000000000005e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5102  hypothetical protein  30.14 
 
 		 791 aa  259  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0699  RND superfamily drug exporter  30.3 
 
 		 806 aa  258  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4082  putative lipoprotein transmembrane  29.67 
 
 		 802 aa  252  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0429  hypothetical protein  29.75 
 
 		 791 aa  248  3e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3882  hypothetical protein  29.31 
 
 		 772 aa  244  5e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.452334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3914  putative lipoprotein transmembrane  32.23 
 
 		 784 aa  244  7e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.856836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3607  putative lipoprotein transmembrane  29.99 
 
 		 803 aa  243  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4809  hypothetical protein  30.42 
 
 		 772 aa  241  5e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2755  hypothetical protein  30.92 
 
 		 768 aa  226  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0432  hypothetical protein  22.49 
 
 		 759 aa  183  1e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0121  hypothetical protein  26.53 
 
 		 763 aa  174  5.999999999999999e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03730  membrane protein involved in xanthomonadin export  27.87 
 
 		 807 aa  150  8e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.780979  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2674  hypothetical protein  24.59 
 
 		 802 aa  150  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22432  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0476  xanthomonadin exporter  24.91 
 
 		 794 aa  150  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0068  MMPL domain protein  25.59 
 
 		 804 aa  145  4e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2065  membrane protein  26.64 
 
 		 788 aa  145  4e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2150  exporter-like  25.45 
 
 		 828 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2764  exporter-like protein  25.45 
 
 		 829 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0195609  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2816  exporter-like protein  24.07 
 
 		 826 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249956  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1987  membrane protein  26.41 
 
 		 788 aa  140  7.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0317  MMPL domain protein  26.11 
 
 		 806 aa  140  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0934252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0305  MMPL domain protein  27.08 
 
 		 810 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1496  putative lipoprotein transmembrane  26.57 
 
 		 740 aa  139  3.0000000000000003e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2683  exporter-like protein  24.94 
 
 		 826 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.815942  normal  0.551153 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6094  MMPL family membrane protein  25.45 
 
 		 823 aa  129  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.125086  normal  0.449875 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0919  hypothetical protein  23.55 
 
 		 791 aa  115  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3301  hypothetical protein  26.19 
 
 		 782 aa  114  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149323  normal  0.322997 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0976  KWG  24.47 
 
 		 749 aa  112  4.0000000000000004e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1374  hypothetical protein  25.59 
 
 		 778 aa  111  5e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292609 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0941  hypothetical protein  24.73 
 
 		 784 aa  110  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0798  hypothetical protein  24.73 
 
 		 784 aa  110  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4177  transmembrane protein  24.6 
 
 		 783 aa  108  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0429  hypothetical protein  28.03 
 
 		 827 aa  107  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0282  hypothetical protein  23.05 
 
 		 742 aa  101  6e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0418733  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3929  phosphoglucomutase/phosphomannomutase alpha/beta/subunit  25.7 
 
 		 812 aa  100  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3990  hypothetical protein  25.57 
 
 		 784 aa  99  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2108  exporter  21.88 
 
 		 1274 aa  94  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  22.18 
 
 		 1226 aa  86.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1322  hypothetical protein  23.88 
 
 		 802 aa  85.9  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2750  hypothetical protein  25.32 
 
 		 773 aa  85.1  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.536126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  22.02 
 
 		 1291 aa  81.6  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03830  hypothetical membrane protein  21.7 
 
 		 1225 aa  79  0.0000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  21.65 
 
 		 1172 aa  77.4  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.69 
 
 		 882 aa  71.2  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1642  putative rRNA methylase  22.59 
 
 		 892 aa  70.1  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0015  hypothetical protein  23.01 
 
 		 871 aa  67  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.676074 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  25.58 
 
 		 782 aa  66.6  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2558  hypothetical protein  23.36 
 
 		 890 aa  65.9  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.808467  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  23.82 
 
 		 884 aa  62  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  24.31 
 
 		 872 aa  58.9  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2104  exporter-like protein  27.54 
 
 		 704 aa  57.8  0.0000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  22.13 
 
 		 901 aa  57.4  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7033  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.18 
 
 		 871 aa  57.4  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.642403  decreased coverage  0.0000000105164 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  24.4 
 
 		 893 aa  57.4  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.74 
 
 		 1045 aa  56.6  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  29.28 
 
 		 388 aa  55.5  0.000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  26.71 
 
 		 972 aa  55.1  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4133  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.29 
 
 		 870 aa  54.3  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3458  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.59 
 
 		 669 aa  53.9  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.677236  normal  0.520256 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3221  hypothetical protein  27.36 
 
 		 874 aa  53.1  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  25 
 
 		 752 aa  53.5  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  20.67 
 
 		 807 aa  52.8  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0209  Patched family protein  20.83 
 
 		 881 aa  52.8  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2973  putative protein export membrane protein  24.03 
 
 		 862 aa  52.8  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3184  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  22.41 
 
 		 877 aa  52.8  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.134423 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6341  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.91 
 
 		 882 aa  52.4  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432737  decreased coverage  0.00194577 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2188  hypothetical protein  21.05 
 
 		 839 aa  52  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.96 
 
 		 886 aa  52  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  24.54 
 
 		 862 aa  52  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3175  SecD/SecF family protein export membrane protein  24.55 
 
 		 910 aa  52  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7156  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.83 
 
 		 882 aa  51.6  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0297  hypothetical protein  26.47 
 
 		 387 aa  50.8  0.00009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.981573  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  22.95 
 
 		 864 aa  50.4  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>