115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0316 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4377  hypothetical protein  56 
 
 		 834 aa  785    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0341  hypothetical protein  56.85 
 
 		 839 aa  801    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3685  hypothetical protein  57.09 
 
 		 839 aa  840    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0343  hypothetical protein  53.76 
 
 		 802 aa  739    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0332  hypothetical protein  56.61 
 
 		 839 aa  795    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  55.68 
 
 		 840 aa  799    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3520  hypothetical protein  53.78 
 
 		 841 aa  773    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0437  hypothetical protein  55.46 
 
 		 813 aa  807    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0331  hypothetical protein  56.08 
 
 		 835 aa  801    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0316  hypothetical protein  100 
 
 		 804 aa  1605    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235423 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3897  hypothetical protein  59.67 
 
 		 804 aa  871    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0338  hypothetical protein  55.24 
 
 		 843 aa  799    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4605  Patched family protein  70.01 
 
 		 799 aa  1071    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214828 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0341  hypothetical protein  55.08 
 
 		 847 aa  798    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.1938 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3388  hypothetical protein  49.49 
 
 		 799 aa  624  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2094  membrane protein  33.66 
 
 		 778 aa  349  1e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  34.54 
 
 		 780 aa  347  4e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0936  RND superfamily drug exporter  31.07 
 
 		 802 aa  298  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3055  putative drug efflux pump, RND superfamily  30.9 
 
 		 803 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.322516 
 
 
-
 
NC_003296  RS00775  lipoprotein transmembrane  29.6 
 
 		 805 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0898  putative inner membrane protein  32.03 
 
 		 768 aa  276  9e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.188824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4770  putative lipoprotein transmembrane  29.25 
 
 		 802 aa  274  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3693  lipoprotein transmembrane  29.25 
 
 		 802 aa  274  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.432372  normal  0.281955 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4577  hypothetical protein  29.74 
 
 		 773 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3894  hypothetical protein  31.34 
 
 		 748 aa  270  5.9999999999999995e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0699  RND superfamily drug exporter  29.8 
 
 		 806 aa  270  8e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4082  putative lipoprotein transmembrane  29.38 
 
 		 802 aa  269  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4386  lipoprotein transmembrane  29.1 
 
 		 786 aa  267  5e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.127353  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3607  putative lipoprotein transmembrane  28.96 
 
 		 803 aa  260  7e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3882  hypothetical protein  28.86 
 
 		 772 aa  259  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.452334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4809  hypothetical protein  30.42 
 
 		 772 aa  257  6e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0430  hypothetical protein  30.18 
 
 		 777 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152141  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3914  putative lipoprotein transmembrane  32.08 
 
 		 784 aa  247  6e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.856836  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5102  hypothetical protein  28.15 
 
 		 791 aa  245  3e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0429  hypothetical protein  29.03 
 
 		 791 aa  244  6e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2755  hypothetical protein  30.28 
 
 		 768 aa  229  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1496  putative lipoprotein transmembrane  28.39 
 
 		 740 aa  221  5e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0432  hypothetical protein  24.15 
 
 		 759 aa  213  9e-54  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0121  hypothetical protein  27.7 
 
 		 763 aa  184  5.0000000000000004e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0476  xanthomonadin exporter  25.37 
 
 		 794 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2674  hypothetical protein  24.71 
 
 		 802 aa  149  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22432  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3301  hypothetical protein  23.26 
 
 		 782 aa  130  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149323  normal  0.322997 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0941  hypothetical protein  23.2 
 
 		 784 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0798  hypothetical protein  23.2 
 
 		 784 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2065  membrane protein  24.76 
 
 		 788 aa  123  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1987  membrane protein  24.57 
 
 		 788 aa  122  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4177  transmembrane protein  23.02 
 
 		 783 aa  120  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03730  membrane protein involved in xanthomonadin export  25.45 
 
 		 807 aa  118  3.9999999999999997e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.780979  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2683  exporter-like protein  23.1 
 
 		 826 aa  114  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.815942  normal  0.551153 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0976  KWG  23.92 
 
 		 749 aa  112  4.0000000000000004e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0068  MMPL domain protein  22.54 
 
 		 804 aa  108  5e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2816  exporter-like protein  21.89 
 
 		 826 aa  106  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249956  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0282  hypothetical protein  23.76 
 
 		 742 aa  105  5e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0418733  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1374  hypothetical protein  25.5 
 
 		 778 aa  103  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292609 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6094  MMPL family membrane protein  21.95 
 
 		 823 aa  99.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.125086  normal  0.449875 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3990  hypothetical protein  25.31 
 
 		 784 aa  100  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2150  exporter-like  21.93 
 
 		 828 aa  97.4  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2764  exporter-like protein  21.93 
 
 		 829 aa  97.4  9e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0195609  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  23.99 
 
 		 782 aa  94.7  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  22.82 
 
 		 1172 aa  94.4  8e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1322  hypothetical protein  23.82 
 
 		 802 aa  91.3  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0429  hypothetical protein  22.78 
 
 		 827 aa  89.4  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2750  hypothetical protein  25.52 
 
 		 773 aa  88.2  6e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.536126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0305  MMPL domain protein  23.61 
 
 		 810 aa  86.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0919  hypothetical protein  21.06 
 
 		 791 aa  85.5  0.000000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  21.26 
 
 		 1291 aa  85.1  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3929  phosphoglucomutase/phosphomannomutase alpha/beta/subunit  24.37 
 
 		 812 aa  82.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03830  hypothetical membrane protein  21.29 
 
 		 1225 aa  83.2  0.00000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0317  MMPL domain protein  22.26 
 
 		 806 aa  80.1  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0934252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2001  MCP methyltransferase, CheR-type  22.44 
 
 		 1287 aa  77.8  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  21.18 
 
 		 1226 aa  77.4  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2108  exporter  19.35 
 
 		 1274 aa  67  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  21.06 
 
 		 872 aa  57.4  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3221  hypothetical protein  28.57 
 
 		 874 aa  56.2  0.000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0913  exporter-like protein  22.72 
 
 		 792 aa  55.1  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.231192  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2265  hypothetical protein  21.9 
 
 		 887 aa  54.7  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.192256 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4905  hypothetical protein  30.87 
 
 		 877 aa  53.1  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35717  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2739  hypothetical protein  23.66 
 
 		 845 aa  51.6  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2104  exporter-like protein  28.45 
 
 		 704 aa  51.2  0.00008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4133  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  32.03 
 
 		 870 aa  50.4  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2091  hypothetical protein  34.23 
 
 		 1079 aa  49.7  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0109662  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  21.28 
 
 		 1359 aa  50.1  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1479  hypothetical protein  34.23 
 
 		 969 aa  49.3  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.756433  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1119  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1083 aa  49.3  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143143  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3264  hypothetical protein  34.23 
 
 		 877 aa  49.3  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3151  hypothetical protein  34.23 
 
 		 877 aa  49.3  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7033  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  21.48 
 
 		 871 aa  49.3  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.642403  decreased coverage  0.0000000105164 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2350  hypothetical protein  34.23 
 
 		 877 aa  48.9  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1399  hypothetical protein  34.23 
 
 		 877 aa  48.9  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2383  hypothetical protein  34.23 
 
 		 877 aa  48.9  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  24.84 
 
 		 388 aa  48.5  0.0004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3159  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  38.54 
 
 		 887 aa  48.1  0.0006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.457417  normal  0.706665 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4254  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  29.37 
 
 		 868 aa  48.1  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0797101  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  22.47 
 
 		 882 aa  47.8  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0022  RND efflux transporter  30.16 
 
 		 877 aa  47.4  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1699  hypothetical protein  21.6 
 
 		 847 aa  47.4  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0923287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0015  hypothetical protein  21.53 
 
 		 871 aa  47  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.676074 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3458  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  22.81 
 
 		 669 aa  47.4  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.677236  normal  0.520256 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  23.1 
 
 		 901 aa  46.6  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0970  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.07 
 
 		 895 aa  46.2  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>