137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4386 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4386  lipoprotein transmembrane  100 
 
 		 786 aa  1523    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.127353  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3914  putative lipoprotein transmembrane  50.13 
 
 		 784 aa  536  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.856836  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00775  lipoprotein transmembrane  33.63 
 
 		 805 aa  332  1e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4082  putative lipoprotein transmembrane  35.71 
 
 		 802 aa  317  8e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0316  hypothetical protein  29.4 
 
 		 804 aa  313  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235423 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0699  RND superfamily drug exporter  34.27 
 
 		 806 aa  311  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0936  RND superfamily drug exporter  33.46 
 
 		 802 aa  309  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  30.97 
 
 		 780 aa  309  2.0000000000000002e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3607  putative lipoprotein transmembrane  35.71 
 
 		 803 aa  308  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0331  hypothetical protein  31.72 
 
 		 835 aa  308  3e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0437  hypothetical protein  31.39 
 
 		 813 aa  308  4.0000000000000004e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3055  putative drug efflux pump, RND superfamily  33.42 
 
 		 803 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.322516 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3685  hypothetical protein  31.3 
 
 		 839 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0338  hypothetical protein  30.49 
 
 		 843 aa  298  3e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4377  hypothetical protein  31.39 
 
 		 834 aa  297  4e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0341  hypothetical protein  30.34 
 
 		 847 aa  295  2e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.1938 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4605  Patched family protein  29.84 
 
 		 799 aa  293  9e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214828 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  30.56 
 
 		 840 aa  292  1e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0898  putative inner membrane protein  32.59 
 
 		 768 aa  290  7e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.188824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0341  hypothetical protein  31.17 
 
 		 839 aa  290  9e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2094  membrane protein  30.45 
 
 		 778 aa  290  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0332  hypothetical protein  30.8 
 
 		 839 aa  289  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0343  hypothetical protein  30.81 
 
 		 802 aa  289  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2755  hypothetical protein  34.36 
 
 		 768 aa  283  7.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3520  hypothetical protein  30.06 
 
 		 841 aa  283  9e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3894  hypothetical protein  30.8 
 
 		 748 aa  280  6e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3897  hypothetical protein  29.71 
 
 		 804 aa  279  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3882  hypothetical protein  29.67 
 
 		 772 aa  277  6e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.452334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4770  putative lipoprotein transmembrane  32.87 
 
 		 802 aa  274  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3693  lipoprotein transmembrane  32.87 
 
 		 802 aa  274  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.432372  normal  0.281955 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0430  hypothetical protein  32.62 
 
 		 777 aa  266  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152141  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3388  hypothetical protein  31.83 
 
 		 799 aa  265  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5102  hypothetical protein  32.9 
 
 		 791 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4809  hypothetical protein  30.93 
 
 		 772 aa  249  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4577  hypothetical protein  29.91 
 
 		 773 aa  248  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0429  hypothetical protein  32.07 
 
 		 791 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0432  hypothetical protein  21.54 
 
 		 759 aa  185  3e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0121  hypothetical protein  26.42 
 
 		 763 aa  180  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1496  putative lipoprotein transmembrane  30.27 
 
 		 740 aa  178  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03730  membrane protein involved in xanthomonadin export  31.22 
 
 		 807 aa  140  6e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.780979  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2674  hypothetical protein  25.69 
 
 		 802 aa  136  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22432  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0068  MMPL domain protein  28.35 
 
 		 804 aa  122  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2816  exporter-like protein  29.01 
 
 		 826 aa  121  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249956  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6094  MMPL family membrane protein  30.04 
 
 		 823 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.125086  normal  0.449875 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2683  exporter-like protein  28.73 
 
 		 826 aa  118  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.815942  normal  0.551153 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1987  membrane protein  29.03 
 
 		 788 aa  119  3e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2065  membrane protein  28.85 
 
 		 788 aa  118  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4177  transmembrane protein  25.4 
 
 		 783 aa  115  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2150  exporter-like  27.92 
 
 		 828 aa  113  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2764  exporter-like protein  27.92 
 
 		 829 aa  113  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0195609  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0317  MMPL domain protein  29.24 
 
 		 806 aa  108  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0934252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0798  hypothetical protein  27.64 
 
 		 784 aa  104  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0941  hypothetical protein  27.64 
 
 		 784 aa  104  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0919  hypothetical protein  28.92 
 
 		 791 aa  103  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1374  hypothetical protein  27.76 
 
 		 778 aa  98.2  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292609 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  20.1 
 
 		 1226 aa  98.2  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3301  hypothetical protein  27.21 
 
 		 782 aa  94.7  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149323  normal  0.322997 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  21.32 
 
 		 1172 aa  95.1  5e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03830  hypothetical membrane protein  21.78 
 
 		 1225 aa  93.2  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  29.06 
 
 		 782 aa  92.4  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0305  MMPL domain protein  31.46 
 
 		 810 aa  89  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0476  xanthomonadin exporter  26.86 
 
 		 794 aa  83.2  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  21.43 
 
 		 1291 aa  82.4  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3929  phosphoglucomutase/phosphomannomutase alpha/beta/subunit  28.24 
 
 		 812 aa  80.1  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1322  hypothetical protein  27.63 
 
 		 802 aa  77  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0976  KWG  21.27 
 
 		 749 aa  77  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0282  hypothetical protein  21.74 
 
 		 742 aa  75.9  0.000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0418733  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2750  hypothetical protein  27.24 
 
 		 773 aa  72.8  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.536126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2108  exporter  21.51 
 
 		 1274 aa  73.2  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3990  hypothetical protein  27.34 
 
 		 784 aa  67.8  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  24.14 
 
 		 849 aa  60.8  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  27.11 
 
 		 893 aa  61.2  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2188  hypothetical protein  27.37 
 
 		 839 aa  60.5  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  27.15 
 
 		 972 aa  57  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4254  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.99 
 
 		 868 aa  57  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0797101  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3458  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  29.81 
 
 		 669 aa  56.6  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.677236  normal  0.520256 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7033  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  30.67 
 
 		 871 aa  56.6  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.642403  decreased coverage  0.0000000105164 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  29.49 
 
 		 882 aa  55.8  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3300  exporter of the RND superfamily protein-like protein  21.02 
 
 		 967 aa  55.8  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107727  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4166  putative transporter  23.09 
 
 		 908 aa  55.1  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.90663  normal  0.139004 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4133  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  33.08 
 
 		 870 aa  55.1  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2265  hypothetical protein  28.23 
 
 		 887 aa  54.3  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.192256 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1730  hypothetical protein  24.28 
 
 		 868 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.047499 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  26.47 
 
 		 862 aa  53.9  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  27.33 
 
 		 872 aa  53.9  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2091  hypothetical protein  27.56 
 
 		 1079 aa  52.8  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0109662  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0015  hypothetical protein  32.31 
 
 		 871 aa  53.1  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.676074 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1119  hypothetical protein  27.56 
 
 		 1083 aa  52.8  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143143  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4905  hypothetical protein  29.38 
 
 		 877 aa  52.8  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35717  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1479  hypothetical protein  27.56 
 
 		 969 aa  52.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.756433  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1699  hypothetical protein  21.86 
 
 		 847 aa  52.8  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0923287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3264  hypothetical protein  27.56 
 
 		 877 aa  52.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3151  hypothetical protein  27.56 
 
 		 877 aa  52.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0221  RND efflux transporter  19.84 
 
 		 771 aa  52.4  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.822518  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2350  hypothetical protein  27.56 
 
 		 877 aa  52  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1399  hypothetical protein  27.56 
 
 		 877 aa  52.4  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2383  hypothetical protein  27.56 
 
 		 877 aa  52.4  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2001  MCP methyltransferase, CheR-type  23.86 
 
 		 1287 aa  52  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0970  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  33.1 
 
 		 895 aa  51.2  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0022  RND efflux transporter  26.92 
 
 		 877 aa  51.2  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>