119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3693 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00775  lipoprotein transmembrane  68.96 
 
 		 805 aa  1058    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0936  RND superfamily drug exporter  64.24 
 
 		 802 aa  937    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3607  putative lipoprotein transmembrane  58.11 
 
 		 803 aa  796    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4082  putative lipoprotein transmembrane  58.37 
 
 		 802 aa  806    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0699  RND superfamily drug exporter  62.8 
 
 		 806 aa  883    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4770  putative lipoprotein transmembrane  100 
 
 		 802 aa  1573    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3055  putative drug efflux pump, RND superfamily  64.54 
 
 		 803 aa  927    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.322516 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3693  lipoprotein transmembrane  100 
 
 		 802 aa  1573    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.432372  normal  0.281955 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  30.97 
 
 		 780 aa  335  2e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0316  hypothetical protein  29.13 
 
 		 804 aa  293  7e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235423 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4605  Patched family protein  30.49 
 
 		 799 aa  292  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214828 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2094  membrane protein  30.89 
 
 		 778 aa  291  3e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0437  hypothetical protein  31.39 
 
 		 813 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  30.87 
 
 		 840 aa  279  1e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0331  hypothetical protein  30.21 
 
 		 835 aa  279  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0338  hypothetical protein  29.99 
 
 		 843 aa  277  5e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0341  hypothetical protein  29.96 
 
 		 847 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.1938 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0332  hypothetical protein  32.29 
 
 		 839 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4386  lipoprotein transmembrane  32.87 
 
 		 786 aa  268  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.127353  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3685  hypothetical protein  31.11 
 
 		 839 aa  267  5.999999999999999e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0343  hypothetical protein  28.94 
 
 		 802 aa  264  4e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3894  hypothetical protein  31.69 
 
 		 748 aa  264  4.999999999999999e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0341  hypothetical protein  31.11 
 
 		 839 aa  263  8e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3897  hypothetical protein  28.84 
 
 		 804 aa  261  4e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4377  hypothetical protein  30.42 
 
 		 834 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3388  hypothetical protein  31.22 
 
 		 799 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0430  hypothetical protein  29.87 
 
 		 777 aa  248  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152141  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5102  hypothetical protein  30.05 
 
 		 791 aa  246  8e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4577  hypothetical protein  31.85 
 
 		 773 aa  246  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3882  hypothetical protein  28.75 
 
 		 772 aa  241  5e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.452334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3520  hypothetical protein  29.63 
 
 		 841 aa  239  2e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2755  hypothetical protein  33.42 
 
 		 768 aa  238  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0429  hypothetical protein  29.17 
 
 		 791 aa  231  6e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0898  putative inner membrane protein  29.57 
 
 		 768 aa  228  3e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.188824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4809  hypothetical protein  31.2 
 
 		 772 aa  226  1e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3914  putative lipoprotein transmembrane  31.73 
 
 		 784 aa  225  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.856836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1496  putative lipoprotein transmembrane  30.99 
 
 		 740 aa  211  4e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0121  hypothetical protein  25.06 
 
 		 763 aa  171  5e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6094  MMPL family membrane protein  31 
 
 		 823 aa  167  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.125086  normal  0.449875 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2816  exporter-like protein  31.75 
 
 		 826 aa  167  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249956  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2683  exporter-like protein  31.29 
 
 		 826 aa  162  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.815942  normal  0.551153 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0305  MMPL domain protein  28.43 
 
 		 810 aa  161  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0317  MMPL domain protein  28.25 
 
 		 806 aa  157  8e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0934252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03730  membrane protein involved in xanthomonadin export  28.22 
 
 		 807 aa  155  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.780979  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4177  transmembrane protein  26.85 
 
 		 783 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2150  exporter-like  29.29 
 
 		 828 aa  151  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2764  exporter-like protein  29.29 
 
 		 829 aa  151  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0195609  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0068  MMPL domain protein  30.4 
 
 		 804 aa  145  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0941  hypothetical protein  27.32 
 
 		 784 aa  141  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0798  hypothetical protein  27.32 
 
 		 784 aa  141  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2674  hypothetical protein  29.63 
 
 		 802 aa  138  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22432  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2065  membrane protein  27.99 
 
 		 788 aa  138  4e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3301  hypothetical protein  28.75 
 
 		 782 aa  135  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149323  normal  0.322997 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1987  membrane protein  27.75 
 
 		 788 aa  134  6.999999999999999e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0429  hypothetical protein  29.51 
 
 		 827 aa  131  6e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3929  phosphoglucomutase/phosphomannomutase alpha/beta/subunit  28.97 
 
 		 812 aa  120  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0919  hypothetical protein  28.38 
 
 		 791 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0476  xanthomonadin exporter  26.99 
 
 		 794 aa  112  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1374  hypothetical protein  28.68 
 
 		 778 aa  108  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292609 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  22.28 
 
 		 1172 aa  107  1e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3990  hypothetical protein  29.18 
 
 		 784 aa  101  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0432  hypothetical protein  20.54 
 
 		 759 aa  100  9e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  21.33 
 
 		 1291 aa  100  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1322  hypothetical protein  29.12 
 
 		 802 aa  96.7  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  18.23 
 
 		 1226 aa  92  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2750  hypothetical protein  32.58 
 
 		 773 aa  79.3  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.536126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0976  KWG  21.02 
 
 		 749 aa  75.1  0.000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3458  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.39 
 
 		 669 aa  72.4  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.677236  normal  0.520256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.04 
 
 		 882 aa  72.4  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03830  hypothetical membrane protein  19.09 
 
 		 1225 aa  70.5  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2108  exporter  19.61 
 
 		 1274 aa  69.7  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  23.15 
 
 		 807 aa  70.1  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  24.35 
 
 		 849 aa  68.6  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0282  hypothetical protein  20.36 
 
 		 742 aa  66.6  0.000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0418733  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.78 
 
 		 1045 aa  62.8  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  27.16 
 
 		 782 aa  60.1  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2104  exporter-like protein  23.9 
 
 		 704 aa  59.3  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2188  hypothetical protein  23.67 
 
 		 839 aa  59.7  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  21.66 
 
 		 905 aa  58.9  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1695  exporter of the RND superfamily protein-like protein  19.69 
 
 		 782 aa  58.5  0.0000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3657  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.46 
 
 		 882 aa  58.2  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.605941  normal  0.0965293 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0970  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25 
 
 		 895 aa  55.8  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  30.41 
 
 		 872 aa  55.1  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  27.63 
 
 		 862 aa  54.7  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6341  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.21 
 
 		 882 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432737  decreased coverage  0.00194577 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25 
 
 		 886 aa  53.1  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2973  putative protein export membrane protein  32 
 
 		 862 aa  52.4  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  24.27 
 
 		 893 aa  51.6  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7156  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.55 
 
 		 882 aa  51.2  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7033  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.87 
 
 		 871 aa  50.1  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.642403  decreased coverage  0.0000000105164 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  20 
 
 		 764 aa  50.1  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  22.7 
 
 		 791 aa  48.9  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0222  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  28.78 
 
 		 746 aa  49.3  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0860  Patched family protein  31.34 
 
 		 1131 aa  49.3  0.0003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  22.44 
 
 		 884 aa  48.9  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  31.3 
 
 		 748 aa  48.9  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2265  hypothetical protein  27.4 
 
 		 887 aa  48.9  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.192256 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  21.23 
 
 		 1051 aa  48.1  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2739  hypothetical protein  26.37 
 
 		 845 aa  48.1  0.0006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2865  Patched family protein  29.37 
 
 		 1011 aa  47.8  0.0008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>