112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2816 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0919  hypothetical protein  50.12 
 
 
791 aa  648    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0429  hypothetical protein  77.08 
 
 
827 aa  1048    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4177  transmembrane protein  51.27 
 
 
783 aa  764    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3929  phosphoglucomutase/phosphomannomutase alpha/beta/subunit  61.31 
 
 
812 aa  808    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2750  hypothetical protein  55.77 
 
 
773 aa  649    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.536126  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0068  MMPL domain protein  50.2 
 
 
804 aa  678    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6094  MMPL family membrane protein  88.75 
 
 
823 aa  1340    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.125086  normal  0.449875 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3301  hypothetical protein  58.44 
 
 
782 aa  811    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149323  normal  0.322997 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2150  exporter-like  88.94 
 
 
828 aa  1350    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2816  exporter-like protein  100 
 
 
826 aa  1590    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249956  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2764  exporter-like protein  88.94 
 
 
829 aa  1350    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0195609  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1374  hypothetical protein  59.72 
 
 
778 aa  794    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292609 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2683  exporter-like protein  95.52 
 
 
826 aa  1452    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.815942  normal  0.551153 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0305  MMPL domain protein  75.43 
 
 
810 aa  1130    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0941  hypothetical protein  47.89 
 
 
784 aa  678    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0798  hypothetical protein  47.89 
 
 
784 aa  678    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0317  MMPL domain protein  76.65 
 
 
806 aa  1127    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0934252  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3990  hypothetical protein  50.06 
 
 
784 aa  629  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2674  hypothetical protein  45.63 
 
 
802 aa  593  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22432  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1322  hypothetical protein  45.5 
 
 
802 aa  473  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03730  membrane protein involved in xanthomonadin export  36.51 
 
 
807 aa  393  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.780979  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2065  membrane protein  34.97 
 
 
788 aa  348  3e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1987  membrane protein  35.18 
 
 
788 aa  347  6e-94  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0476  xanthomonadin exporter  34.05 
 
 
794 aa  337  5.999999999999999e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00775  lipoprotein transmembrane  28.86 
 
 
805 aa  165  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0936  RND superfamily drug exporter  28.83 
 
 
802 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2094  membrane protein  26 
 
 
778 aa  152  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4082  putative lipoprotein transmembrane  28.95 
 
 
802 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3055  putative drug efflux pump, RND superfamily  27.98 
 
 
803 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.322516 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0699  RND superfamily drug exporter  28.59 
 
 
806 aa  144  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3607  putative lipoprotein transmembrane  29.36 
 
 
803 aa  141  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0341  hypothetical protein  24.26 
 
 
839 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  25.82 
 
 
782 aa  127  6e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3685  hypothetical protein  23.6 
 
 
839 aa  127  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0898  putative inner membrane protein  26.58 
 
 
768 aa  125  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.188824  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4377  hypothetical protein  22.75 
 
 
834 aa  125  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  21.18 
 
 
1172 aa  125  4e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0338  hypothetical protein  24.11 
 
 
843 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0343  hypothetical protein  25.65 
 
 
802 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3897  hypothetical protein  23.19 
 
 
804 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0341  hypothetical protein  23.94 
 
 
847 aa  117  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.1938 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  24.78 
 
 
840 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  22.19 
 
 
780 aa  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0437  hypothetical protein  23.39 
 
 
813 aa  112  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0332  hypothetical protein  24.91 
 
 
839 aa  111  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5102  hypothetical protein  27.21 
 
 
791 aa  109  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4386  lipoprotein transmembrane  29.94 
 
 
786 aa  107  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.127353  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4577  hypothetical protein  23.94 
 
 
773 aa  105  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3388  hypothetical protein  25.41 
 
 
799 aa  105  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3520  hypothetical protein  23.59 
 
 
841 aa  102  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0121  hypothetical protein  22.58 
 
 
763 aa  101  7e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3882  hypothetical protein  24.77 
 
 
772 aa  99.4  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.452334  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0430  hypothetical protein  25.86 
 
 
777 aa  95.9  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152141  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3894  hypothetical protein  24.13 
 
 
748 aa  95.1  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  18.03 
 
 
1226 aa  93.6  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03830  hypothetical membrane protein  18.54 
 
 
1225 aa  93.2  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3914  putative lipoprotein transmembrane  25.87 
 
 
784 aa  90.5  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.856836  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0429  hypothetical protein  26.21 
 
 
791 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4605  Patched family protein  23.45 
 
 
799 aa  90.1  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.214828 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4770  putative lipoprotein transmembrane  36.79 
 
 
802 aa  89.7  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3693  lipoprotein transmembrane  36.79 
 
 
802 aa  89.7  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.432372  normal  0.281955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  20.37 
 
 
1291 aa  87.4  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0316  hypothetical protein  22.89 
 
 
804 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00235423 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4809  hypothetical protein  22.65 
 
 
772 aa  81.3  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.91 
 
 
886 aa  75.9  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2108  exporter  19.13 
 
 
1274 aa  74.7  0.000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153842  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0432  hypothetical protein  18.17 
 
 
759 aa  72.4  0.00000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1496  putative lipoprotein transmembrane  32.62 
 
 
740 aa  71.6  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  30.77 
 
 
893 aa  64.7  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3595  RND efflux transporter  21.55 
 
 
843 aa  62  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.02 
 
 
1045 aa  60.1  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1642  putative rRNA methylase  24.01 
 
 
892 aa  59.3  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0886  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.15 
 
 
883 aa  59.3  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34494e-16 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  29.65 
 
 
849 aa  58.9  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1699  hypothetical protein  22.13 
 
 
847 aa  53.9  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0923287  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3175  SecD/SecF family protein export membrane protein  22.84 
 
 
910 aa  53.5  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2918  exporter of the RND superfamily protein  30.52 
 
 
1204 aa  54.3  0.00001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0248285  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1057  transport protein  26.51 
 
 
963 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1021  RND efflux transporter  28.57 
 
 
920 aa  51.2  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000753999  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  24.34 
 
 
972 aa  50.4  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10456  transmembrane transport protein mmpL4  27.34 
 
 
967 aa  50.8  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1013  hypothetical protein  27.56 
 
 
906 aa  49.7  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0913  exporter-like protein  25.14 
 
 
792 aa  50.1  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.231192  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1059  HAE1 family efflux transporter  25.2 
 
 
777 aa  49.7  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.101015 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2001  MCP methyltransferase, CheR-type  21.28 
 
 
1287 aa  49.3  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  27.36 
 
 
752 aa  48.9  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2275  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  22.89 
 
 
812 aa  48.1  0.0007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0590834  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  22.73 
 
 
748 aa  47.8  0.0008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3657  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.6 
 
 
882 aa  47.8  0.0009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.605941  normal  0.0965293 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  19.86 
 
 
905 aa  47  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1652  hypothetical protein  24.8 
 
 
767 aa  47  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.485028  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4341  Patched family protein  35.42 
 
 
895 aa  47.4  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.354864  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.42 
 
 
882 aa  47  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  28.12 
 
 
806 aa  47  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  23.84 
 
 
901 aa  47  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0331  hypothetical protein  28.89 
 
 
835 aa  47  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  21.36 
 
 
764 aa  46.6  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2755  hypothetical protein  33.33 
 
 
768 aa  45.4  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7115  MMPL domain-containing protein  28.03 
 
 
699 aa  45.4  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.910736  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2819  putative rRNA methylase  25.32 
 
 
1128 aa  45.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245096  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>