More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2082 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  100 
 
 		 893 aa  1789    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1021  RND efflux transporter  29.62 
 
 		 920 aa  364  5.0000000000000005e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000753999  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1642  putative rRNA methylase  28.6 
 
 		 892 aa  350  8e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2819  putative rRNA methylase  29.01 
 
 		 1128 aa  344  4e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245096  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  29.63 
 
 		 1045 aa  335  2e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  29.98 
 
 		 886 aa  330  5.0000000000000004e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3359  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.68 
 
 		 883 aa  328  3e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000128558  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3175  SecD/SecF family protein export membrane protein  30.72 
 
 		 910 aa  327  9e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0886  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.33 
 
 		 883 aa  321  3e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34494e-16 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  30.56 
 
 		 972 aa  319  1e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2558  hypothetical protein  29.5 
 
 		 890 aa  308  2.0000000000000002e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.808467  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0689  SecD/SecF family protein export membrane protein  29.21 
 
 		 899 aa  305  3.0000000000000004e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0944468  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1652  hypothetical protein  28.43 
 
 		 767 aa  253  1e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.485028  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1747  hypothetical protein  27.76 
 
 		 901 aa  251  5e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.162879  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  27.54 
 
 		 901 aa  246  9.999999999999999e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  25.68 
 
 		 884 aa  237  6e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3159  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.63 
 
 		 887 aa  233  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.457417  normal  0.706665 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2973  putative protein export membrane protein  26.63 
 
 		 862 aa  226  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6341  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.14 
 
 		 882 aa  226  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432737  decreased coverage  0.00194577 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7156  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.96 
 
 		 882 aa  224  6e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.06 
 
 		 882 aa  220  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1862  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.98 
 
 		 864 aa  216  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0057  hypothetical protein  27.21 
 
 		 889 aa  215  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3458  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.11 
 
 		 669 aa  213  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.677236  normal  0.520256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3657  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.81 
 
 		 882 aa  213  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.605941  normal  0.0965293 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2265  hypothetical protein  25.66 
 
 		 887 aa  213  1e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.192256 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  26.4 
 
 		 872 aa  211  4e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2118  hypothetical protein  25.9 
 
 		 879 aa  206  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  25.91 
 
 		 862 aa  206  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1777  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.9 
 
 		 900 aa  207  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1013  hypothetical protein  26.43 
 
 		 906 aa  206  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4133  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.49 
 
 		 870 aa  205  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0015  hypothetical protein  26.69 
 
 		 871 aa  205  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.676074 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4254  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.04 
 
 		 868 aa  204  4e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0797101  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7033  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.73 
 
 		 871 aa  204  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.642403  decreased coverage  0.0000000105164 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0970  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.91 
 
 		 895 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3246  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.52 
 
 		 882 aa  197  9e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689074 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4166  putative transporter  27.14 
 
 		 908 aa  192  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.90663  normal  0.139004 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1730  hypothetical protein  26.44 
 
 		 868 aa  189  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.047499 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2350  hypothetical protein  27.92 
 
 		 877 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3184  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.42 
 
 		 877 aa  185  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.134423 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2091  hypothetical protein  26.79 
 
 		 1079 aa  185  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0109662  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1119  hypothetical protein  26.59 
 
 		 1083 aa  185  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143143  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2383  hypothetical protein  26.57 
 
 		 877 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1399  hypothetical protein  26.57 
 
 		 877 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4905  hypothetical protein  25.58 
 
 		 877 aa  184  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35717  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1479  hypothetical protein  26.19 
 
 		 969 aa  183  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.756433  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3264  hypothetical protein  26.19 
 
 		 877 aa  183  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3151  hypothetical protein  26.19 
 
 		 877 aa  182  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5183  RND efflux transporter  25.55 
 
 		 877 aa  174  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5676  RND efflux transporter  25.55 
 
 		 877 aa  174  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293298 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4559  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.66 
 
 		 877 aa  171  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.151597 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5501  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.4 
 
 		 877 aa  169  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.921684  normal  0.0209878 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4948  RND efflux transporter  25.66 
 
 		 877 aa  169  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0022  RND efflux transporter  26.98 
 
 		 877 aa  158  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3569  hypothetical protein  25.34 
 
 		 868 aa  154  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  26.35 
 
 		 849 aa  142  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1044  RND efflux transporter  26.91 
 
 		 858 aa  139  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2739  hypothetical protein  34.02 
 
 		 845 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20740  hypothetical protein  25.52 
 
 		 864 aa  134  9e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.751381  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4296  exporters of the RND superfamily  25.6 
 
 		 840 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720482  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4274  exporters of the RND superfamily  25.6 
 
 		 846 aa  122  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0823  exporter of the RND superfamily protein-like protein  19.91 
 
 		 798 aa  107  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.526995  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2188  hypothetical protein  23.55 
 
 		 839 aa  97.1  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0788  Patched family protein  24.76 
 
 		 923 aa  87  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3595  RND efflux transporter  25.11 
 
 		 843 aa  86.3  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  32.31 
 
 		 1359 aa  85.5  0.000000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4241  MMPL domain protein  34.53 
 
 		 709 aa  84.3  0.000000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.682094  normal  0.157718 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  28 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  31.49 
 
 		 388 aa  81.3  0.00000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  30.77 
 
 		 747 aa  80.9  0.00000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1699  hypothetical protein  26.15 
 
 		 847 aa  80.9  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0923287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4143  RND efflux transporter  32.09 
 
 		 840 aa  77.8  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  27.17 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  24.66 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  24.89 
 
 		 385 aa  76.6  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10456  transmembrane transport protein mmpL4  28.8 
 
 		 967 aa  75.9  0.000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1701  HAE1 family efflux transporter  28.82 
 
 		 777 aa  73.9  0.00000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.271028  normal  0.950997 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2681  hypothetical protein  34.87 
 
 		 879 aa  73.6  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.43238 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0913  exporter-like protein  34.85 
 
 		 792 aa  73.6  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.231192  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7115  MMPL domain-containing protein  30.3 
 
 		 699 aa  72.8  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.910736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1909  hypothetical protein  22.76 
 
 		 692 aa  71.6  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00515667  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2683  exporter-like protein  30.24 
 
 		 826 aa  70.1  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.815942  normal  0.551153 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  24.55 
 
 		 764 aa  68.6  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0066  MMPL domain protein  29.9 
 
 		 882 aa  68.6  0.0000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.82197  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6094  MMPL family membrane protein  31.25 
 
 		 823 aa  68.2  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.125086  normal  0.449875 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4286  RND efflux transporter  25.08 
 
 		 845 aa  68.6  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3221  hypothetical protein  32.34 
 
 		 874 aa  67.8  0.0000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1194  hypothetical protein  35.44 
 
 		 832 aa  67.8  0.0000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000134903  hitchhiker  0.0000145799 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0331  hypothetical protein  24.85 
 
 		 835 aa  67.4  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1668  Patched family protein  27.49 
 
 		 842 aa  67.8  0.000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  27.49 
 
 		 840 aa  67.4  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0245  transporter, putative  24.49 
 
 		 893 aa  66.6  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  25.68 
 
 		 864 aa  66.2  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0591  MmpL family membrane protein  21.43 
 
 		 1109 aa  67  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0691  hypothetical protein  29.94 
 
 		 805 aa  67  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0332  hypothetical protein  25.94 
 
 		 839 aa  67  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1056  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  29.78 
 
 		 756 aa  67  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0557741  normal  0.21545 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4418  transport protein  22.25 
 
 		 948 aa  67  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.063936  normal  0.179465 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1059  HAE1 family efflux transporter  28.87 
 
 		 777 aa  66.2  0.000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.101015 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>