108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0429 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0919  hypothetical protein  50.38 
 
 		 791 aa  640    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0429  hypothetical protein  100 
 
 		 827 aa  1587    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4177  transmembrane protein  52.92 
 
 		 783 aa  749    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3929  phosphoglucomutase/phosphomannomutase alpha/beta/subunit  62.28 
 
 		 812 aa  819    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6094  MMPL family membrane protein  76.53 
 
 		 823 aa  1109    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.125086  normal  0.449875 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3301  hypothetical protein  57.76 
 
 		 782 aa  785    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149323  normal  0.322997 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2150  exporter-like  77.03 
 
 		 828 aa  1127    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2816  exporter-like protein  77.01 
 
 		 826 aa  1130    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249956  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2764  exporter-like protein  77.03 
 
 		 829 aa  1127    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0195609  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1374  hypothetical protein  58.2 
 
 		 778 aa  753    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292609 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2683  exporter-like protein  76.74 
 
 		 826 aa  1113    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.815942  normal  0.551153 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0305  MMPL domain protein  74.75 
 
 		 810 aa  1123    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0941  hypothetical protein  46.95 
 
 		 784 aa  651    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0798  hypothetical protein  46.95 
 
 		 784 aa  651    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0317  MMPL domain protein  76.15 
 
 		 806 aa  1125    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0934252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0068  MMPL domain protein  48.3 
 
 		 804 aa  651    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3990  hypothetical protein  50.25 
 
 		 784 aa  632  1e-180  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2750  hypothetical protein  54.76 
 
 		 773 aa  631  1e-179  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.536126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2674  hypothetical protein  44.17 
 
 		 802 aa  563  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22432  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1322  hypothetical protein  46.36 
 
 		 802 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03730  membrane protein involved in xanthomonadin export  35.5 
 
 		 807 aa  362  2e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.780979  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0476  xanthomonadin exporter  35.09 
 
 		 794 aa  356  1e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2065  membrane protein  34.54 
 
 		 788 aa  331  3e-89  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1987  membrane protein  34.54 
 
 		 788 aa  329  1.0000000000000001e-88  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0936  RND superfamily drug exporter  29.84 
 
 		 802 aa  156  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0343  hypothetical protein  25.14 
 
 		 802 aa  154  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00775  lipoprotein transmembrane  29.38 
 
 		 805 aa  152  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4082  putative lipoprotein transmembrane  31.56 
 
 		 802 aa  151  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3685  hypothetical protein  26.22 
 
 		 839 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3607  putative lipoprotein transmembrane  30.65 
 
 		 803 aa  146  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0341  hypothetical protein  27.2 
 
 		 839 aa  144  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3055  putative drug efflux pump, RND superfamily  28.71 
 
 		 803 aa  141  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.322516 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0699  RND superfamily drug exporter  29.01 
 
 		 806 aa  141  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4377  hypothetical protein  25.3 
 
 		 834 aa  140  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4770  putative lipoprotein transmembrane  30.33 
 
 		 802 aa  139  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2094  membrane protein  25.91 
 
 		 778 aa  139  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3693  lipoprotein transmembrane  30.33 
 
 		 802 aa  139  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.432372  normal  0.281955 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4605  Patched family protein  23.7 
 
 		 799 aa  138  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214828 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0332  hypothetical protein  26.23 
 
 		 839 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3897  hypothetical protein  22.93 
 
 		 804 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0437  hypothetical protein  26.57 
 
 		 813 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0338  hypothetical protein  26.06 
 
 		 843 aa  127  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0331  hypothetical protein  26.02 
 
 		 835 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0341  hypothetical protein  26.06 
 
 		 847 aa  127  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.1938 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  25.19 
 
 		 840 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0316  hypothetical protein  22.16 
 
 		 804 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235423 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5102  hypothetical protein  29.23 
 
 		 791 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  23.88 
 
 		 780 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0430  hypothetical protein  26.4 
 
 		 777 aa  112  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152141  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0898  putative inner membrane protein  25 
 
 		 768 aa  112  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.188824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  26.06 
 
 		 782 aa  110  7.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4577  hypothetical protein  26.69 
 
 		 773 aa  110  8.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3894  hypothetical protein  23.94 
 
 		 748 aa  107  8e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3520  hypothetical protein  24.9 
 
 		 841 aa  104  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  19.55 
 
 		 1172 aa  103  1e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3882  hypothetical protein  26.43 
 
 		 772 aa  103  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.452334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0429  hypothetical protein  26.59 
 
 		 791 aa  102  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3914  putative lipoprotein transmembrane  26.45 
 
 		 784 aa  101  7e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.856836  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03830  hypothetical membrane protein  19.04 
 
 		 1225 aa  99.8  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  17.42 
 
 		 1226 aa  97.4  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  21.3 
 
 		 1291 aa  94.7  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4386  lipoprotein transmembrane  28.33 
 
 		 786 aa  91.7  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.127353  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0121  hypothetical protein  22.01 
 
 		 763 aa  89.4  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0432  hypothetical protein  17.66 
 
 		 759 aa  87.4  9e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2755  hypothetical protein  28.99 
 
 		 768 aa  85.1  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4809  hypothetical protein  23.22 
 
 		 772 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1496  putative lipoprotein transmembrane  33.55 
 
 		 740 aa  75.5  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2108  exporter  20.04 
 
 		 1274 aa  75.1  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2188  hypothetical protein  22.96 
 
 		 839 aa  72  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  24.35 
 
 		 849 aa  71.2  0.00000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  27.92 
 
 		 893 aa  66.6  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.05 
 
 		 1045 aa  61.6  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0886  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.5 
 
 		 883 aa  61.2  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34494e-16 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1699  hypothetical protein  22.9 
 
 		 847 aa  59.3  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0923287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2918  exporter of the RND superfamily protein  23.41 
 
 		 1204 aa  54.3  0.00001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0248285  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2739  hypothetical protein  24.19 
 
 		 845 aa  52.8  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3388  hypothetical protein  32.95 
 
 		 799 aa  53.5  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3175  SecD/SecF family protein export membrane protein  27.12 
 
 		 910 aa  52.8  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3595  RND efflux transporter  23.08 
 
 		 843 aa  52.4  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1642  putative rRNA methylase  23.86 
 
 		 892 aa  51.2  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  26.16 
 
 		 972 aa  50.4  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  24.12 
 
 		 862 aa  49.3  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4274  exporters of the RND superfamily  25.05 
 
 		 846 aa  48.9  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4296  exporters of the RND superfamily  25.05 
 
 		 840 aa  48.9  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720482  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  22.26 
 
 		 764 aa  48.5  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  23.86 
 
 		 806 aa  48.5  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4453  RND efflux transporter  29.55 
 
 		 889 aa  48.5  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0689  SecD/SecF family protein export membrane protein  27.43 
 
 		 899 aa  48.1  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0944468  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1862  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.49 
 
 		 864 aa  48.1  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  27.18 
 
 		 901 aa  47.4  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0860  Patched family protein  27.91 
 
 		 1131 aa  47.4  0.001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.98 
 
 		 886 aa  47.4  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1021  RND efflux transporter  25.56 
 
 		 920 aa  46.2  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000753999  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1239  hypothetical protein  27.01 
 
 		 862 aa  46.6  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3657  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.37 
 
 		 882 aa  46.2  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.605941  normal  0.0965293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7156  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.85 
 
 		 882 aa  46.2  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1057  transport protein  24.14 
 
 		 963 aa  45.8  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.15 
 
 		 882 aa  45.8  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0209  Patched family protein  23.72 
 
 		 881 aa  45.4  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3458  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.15 
 
 		 669 aa  45.8  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.677236  normal  0.520256 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>