115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0305 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0919  hypothetical protein  49.56 
 
 		 791 aa  645    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0429  hypothetical protein  75.09 
 
 		 827 aa  1029    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0068  MMPL domain protein  48.63 
 
 		 804 aa  653    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4177  transmembrane protein  50.31 
 
 		 783 aa  729    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3929  phosphoglucomutase/phosphomannomutase alpha/beta/subunit  61.65 
 
 		 812 aa  830    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2750  hypothetical protein  53.84 
 
 		 773 aa  656    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.536126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6094  MMPL family membrane protein  77.02 
 
 		 823 aa  1128    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.125086  normal  0.449875 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3990  hypothetical protein  50.88 
 
 		 784 aa  639    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3301  hypothetical protein  57.47 
 
 		 782 aa  798    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149323  normal  0.322997 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2150  exporter-like  76.61 
 
 		 828 aa  1145    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2816  exporter-like protein  75.55 
 
 		 826 aa  1134    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249956  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2764  exporter-like protein  76.61 
 
 		 829 aa  1145    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0195609  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1374  hypothetical protein  57.74 
 
 		 778 aa  775    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292609 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2683  exporter-like protein  76.02 
 
 		 826 aa  1122    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.815942  normal  0.551153 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0305  MMPL domain protein  100 
 
 		 810 aa  1585    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0941  hypothetical protein  47.43 
 
 		 784 aa  684    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0798  hypothetical protein  47.43 
 
 		 784 aa  684    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0317  MMPL domain protein  94.63 
 
 		 806 aa  1425    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0934252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2674  hypothetical protein  44.83 
 
 		 802 aa  577  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22432  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1322  hypothetical protein  44.63 
 
 		 802 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03730  membrane protein involved in xanthomonadin export  36.2 
 
 		 807 aa  385  1e-105  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.780979  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0476  xanthomonadin exporter  33.86 
 
 		 794 aa  345  2.9999999999999997e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1987  membrane protein  34.48 
 
 		 788 aa  335  1e-90  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2065  membrane protein  34.48 
 
 		 788 aa  335  2e-90  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4082  putative lipoprotein transmembrane  28.69 
 
 		 802 aa  157  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3607  putative lipoprotein transmembrane  27.91 
 
 		 803 aa  148  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00775  lipoprotein transmembrane  26.94 
 
 		 805 aa  148  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0936  RND superfamily drug exporter  27.69 
 
 		 802 aa  147  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4770  putative lipoprotein transmembrane  27.2 
 
 		 802 aa  145  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3693  lipoprotein transmembrane  27.2 
 
 		 802 aa  145  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.432372  normal  0.281955 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2094  membrane protein  26.77 
 
 		 778 aa  144  7e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3685  hypothetical protein  25.85 
 
 		 839 aa  140  7e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0699  RND superfamily drug exporter  26.38 
 
 		 806 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0341  hypothetical protein  27.02 
 
 		 839 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0332  hypothetical protein  25.85 
 
 		 839 aa  138  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3055  putative drug efflux pump, RND superfamily  26.66 
 
 		 803 aa  136  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.322516 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0898  putative inner membrane protein  26.88 
 
 		 768 aa  133  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.188824  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4377  hypothetical protein  24.97 
 
 		 834 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0343  hypothetical protein  22.67 
 
 		 802 aa  127  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0331  hypothetical protein  25.89 
 
 		 835 aa  126  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  23.27 
 
 		 780 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0338  hypothetical protein  25.87 
 
 		 843 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0341  hypothetical protein  25.58 
 
 		 847 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.1938 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3388  hypothetical protein  25.73 
 
 		 799 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  25.16 
 
 		 840 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  24.82 
 
 		 782 aa  108  5e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3894  hypothetical protein  25.66 
 
 		 748 aa  108  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0430  hypothetical protein  27.35 
 
 		 777 aa  105  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152141  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1496  putative lipoprotein transmembrane  27.8 
 
 		 740 aa  104  7e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3897  hypothetical protein  28.49 
 
 		 804 aa  101  7e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  19.9 
 
 		 1172 aa  100  1e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3520  hypothetical protein  24.67 
 
 		 841 aa  98.2  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4386  lipoprotein transmembrane  28.44 
 
 		 786 aa  93.2  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.127353  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3882  hypothetical protein  24.77 
 
 		 772 aa  92.8  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.452334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4605  Patched family protein  23.11 
 
 		 799 aa  93.2  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214828 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03830  hypothetical membrane protein  18.91 
 
 		 1225 aa  92  3e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2755  hypothetical protein  25.79 
 
 		 768 aa  90.5  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0121  hypothetical protein  23.08 
 
 		 763 aa  89.7  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3914  putative lipoprotein transmembrane  25.83 
 
 		 784 aa  90.1  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.856836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4577  hypothetical protein  26.96 
 
 		 773 aa  88.6  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  17.02 
 
 		 1226 aa  88.2  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0316  hypothetical protein  23.26 
 
 		 804 aa  88.2  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235423 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0429  hypothetical protein  25.68 
 
 		 791 aa  87.8  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  20.82 
 
 		 1291 aa  87  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5102  hypothetical protein  26.42 
 
 		 791 aa  85.1  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2108  exporter  19.53 
 
 		 1274 aa  84.3  0.000000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4809  hypothetical protein  23.83 
 
 		 772 aa  77.8  0.0000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.65 
 
 		 886 aa  75.5  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  28.74 
 
 		 893 aa  67  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2819  putative rRNA methylase  22.84 
 
 		 1128 aa  62.8  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245096  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.02 
 
 		 1045 aa  61.2  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0432  hypothetical protein  23.49 
 
 		 759 aa  58.9  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3595  RND efflux transporter  20.69 
 
 		 843 aa  58.5  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1642  putative rRNA methylase  24.45 
 
 		 892 aa  55.8  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3628  MMPL domain protein  28.85 
 
 		 737 aa  53.9  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2918  exporter of the RND superfamily protein  28.65 
 
 		 1204 aa  53.5  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0248285  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1021  RND efflux transporter  26.37 
 
 		 920 aa  52.8  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000753999  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0823  exporter of the RND superfamily protein-like protein  20.72 
 
 		 798 aa  52.4  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.526995  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1747  hypothetical protein  30.97 
 
 		 901 aa  51.6  0.00006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.162879  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  28.06 
 
 		 972 aa  51.6  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1652  hypothetical protein  23.37 
 
 		 767 aa  48.9  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.485028  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10456  transmembrane transport protein mmpL4  29.45 
 
 		 967 aa  49.3  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  24.56 
 
 		 884 aa  48.5  0.0005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3175  SecD/SecF family protein export membrane protein  23.28 
 
 		 910 aa  48.5  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3812  MMPL domain-containing protein  27.67 
 
 		 753 aa  48.1  0.0006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.443864  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  23.93 
 
 		 380 aa  48.1  0.0006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3359  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.21 
 
 		 883 aa  48.5  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000128558  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0437  hypothetical protein  29.27 
 
 		 813 aa  48.1  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  23.79 
 
 		 849 aa  47.8  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1699  hypothetical protein  21.11 
 
 		 847 aa  47.8  0.0009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0923287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0913  exporter-like protein  25.41 
 
 		 792 aa  47.8  0.0009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.231192  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  25.85 
 
 		 901 aa  47.4  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  24.06 
 
 		 748 aa  47.4  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  26.44 
 
 		 752 aa  47.8  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.16 
 
 		 882 aa  47  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3221  hypothetical protein  26.79 
 
 		 874 aa  47  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  24.48 
 
 		 872 aa  46.6  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1057  transport protein  28.04 
 
 		 963 aa  46.2  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  22.71 
 
 		 385 aa  46.2  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0221  RND efflux transporter  19.5 
 
 		 771 aa  46.6  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.822518  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>