More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2819 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0689  SecD/SecF family protein export membrane protein  78.51 
 
 
899 aa  1327    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0944468  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3359  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  66.82 
 
 
883 aa  1100    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000128558  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1021  RND efflux transporter  68.35 
 
 
920 aa  1175    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000753999  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2819  putative rRNA methylase  100 
 
 
1128 aa  2264    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245096  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  54.52 
 
 
886 aa  901    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0886  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  67.12 
 
 
883 aa  1093    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34494e-16 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1642  putative rRNA methylase  61.27 
 
 
892 aa  1044    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  28.76 
 
 
893 aa  353  8.999999999999999e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  30.49 
 
 
972 aa  347  7e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  29.34 
 
 
901 aa  339  1.9999999999999998e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1747  hypothetical protein  29.78 
 
 
901 aa  337  1e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.162879  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2558  hypothetical protein  28.04 
 
 
890 aa  334  7.000000000000001e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.808467  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3175  SecD/SecF family protein export membrane protein  29.7 
 
 
910 aa  322  1.9999999999999998e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.07 
 
 
1045 aa  322  3e-86  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  28.96 
 
 
884 aa  320  7.999999999999999e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0057  hypothetical protein  28.57 
 
 
889 aa  319  2e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6341  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.59 
 
 
882 aa  317  8e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432737  decreased coverage  0.00194577 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7156  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.59 
 
 
882 aa  315  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4166  putative transporter  28.95 
 
 
908 aa  303  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.90663  normal  0.139004 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0970  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.94 
 
 
895 aa  298  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.31 
 
 
882 aa  298  3e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2973  putative protein export membrane protein  28.51 
 
 
862 aa  296  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228418  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0690  hypothetical protein  76.22 
 
 
189 aa  294  7e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3159  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.8 
 
 
887 aa  289  2e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.457417  normal  0.706665 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2265  hypothetical protein  27.73 
 
 
887 aa  287  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.192256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3657  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.2 
 
 
882 aa  285  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.605941  normal  0.0965293 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0015  hypothetical protein  27.37 
 
 
871 aa  283  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.676074 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7033  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.07 
 
 
871 aa  281  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.642403  decreased coverage  0.0000000105164 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1777  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.25 
 
 
900 aa  275  3e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2118  hypothetical protein  28.46 
 
 
879 aa  274  9e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4133  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.24 
 
 
870 aa  271  5e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  28.37 
 
 
872 aa  271  5e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  26.95 
 
 
862 aa  270  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1479  hypothetical protein  27.07 
 
 
969 aa  265  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.756433  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3151  hypothetical protein  27.07 
 
 
877 aa  265  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3264  hypothetical protein  26.96 
 
 
877 aa  262  3e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3246  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.66 
 
 
882 aa  261  5.0000000000000005e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689074 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2350  hypothetical protein  27.39 
 
 
877 aa  261  5.0000000000000005e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2091  hypothetical protein  26.91 
 
 
1079 aa  260  8e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0109662  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2383  hypothetical protein  26.85 
 
 
877 aa  260  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1399  hypothetical protein  26.85 
 
 
877 aa  260  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1119  hypothetical protein  26.91 
 
 
1083 aa  260  1e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143143  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4254  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.51 
 
 
868 aa  258  5e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0797101  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1862  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.06 
 
 
864 aa  257  8e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3184  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.77 
 
 
877 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.134423 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4948  RND efflux transporter  28.31 
 
 
877 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4905  hypothetical protein  26.9 
 
 
877 aa  256  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35717  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5501  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.42 
 
 
877 aa  256  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.921684  normal  0.0209878 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3458  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.35 
 
 
669 aa  253  2e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.677236  normal  0.520256 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5183  RND efflux transporter  27.37 
 
 
877 aa  250  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5676  RND efflux transporter  27.37 
 
 
877 aa  250  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00293298 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1652  hypothetical protein  26.28 
 
 
767 aa  249  2e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.485028  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4559  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.19 
 
 
877 aa  249  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.151597 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0022  RND efflux transporter  27.4 
 
 
877 aa  234  5e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1022  putative rRNA methylase  58.7 
 
 
200 aa  232  3e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1730  hypothetical protein  24.89 
 
 
868 aa  224  6e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.047499 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1044  RND efflux transporter  26.89 
 
 
858 aa  224  9e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3569  hypothetical protein  26.82 
 
 
868 aa  223  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0564  putative rRNA methylase  54.3 
 
 
196 aa  211  7e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3358  putative rRNA methylase  54.79 
 
 
192 aa  209  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000432996  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1013  hypothetical protein  26.78 
 
 
906 aa  203  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0887  putative rRNA methylase  50.53 
 
 
195 aa  194  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.94545e-19 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20740  hypothetical protein  26.34 
 
 
864 aa  183  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.751381  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3179  putative rRNA methylase  51.1 
 
 
200 aa  173  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1203  putative rRNA methylase  52.2 
 
 
187 aa  169  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1082  putative rRNA methylase  45.6 
 
 
185 aa  162  3e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000102664  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0153  putative rRNA methylase  47.83 
 
 
190 aa  157  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.854086  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2581  putative rRNA methylase  42.22 
 
 
209 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.113396 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3485  putative rRNA methylase  46.24 
 
 
193 aa  152  5e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.894221  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0095  methyltransferase (putative)  50.93 
 
 
195 aa  150  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1515  putative rRNA methylase  55.63 
 
 
194 aa  147  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.213957  normal  0.617269 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  25.64 
 
 
849 aa  144  7e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0960  putative rRNA methylase  48.11 
 
 
235 aa  144  8e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0696  putative rRNA methylase  40.11 
 
 
188 aa  144  9e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4296  exporters of the RND superfamily  23.06 
 
 
840 aa  139  4e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720482  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4274  exporters of the RND superfamily  23.06 
 
 
846 aa  138  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3423  putative rRNA methylase  37.57 
 
 
190 aa  137  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4647  hypothetical protein  38.12 
 
 
190 aa  135  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4482  SAM-dependent methyltransferase  38.12 
 
 
190 aa  135  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4862  hypothetical protein  37.57 
 
 
190 aa  135  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5002  hypothetical protein  38.12 
 
 
190 aa  135  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.687939  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4886  hypothetical protein  38.12 
 
 
190 aa  136  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0543  putative rRNA methylase  50.97 
 
 
196 aa  135  3e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.313767  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4500  SAM-dependent methyltransferase  37.57 
 
 
190 aa  135  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4872  hypothetical protein  38.12 
 
 
190 aa  135  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12000  putative rRNA methylase  40.33 
 
 
196 aa  135  3.9999999999999996e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000449414  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0662  putative rRNA methylase  40.56 
 
 
195 aa  134  7.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2114  putative rRNA methylase  55.8 
 
 
243 aa  134  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4893  hypothetical protein  37.57 
 
 
190 aa  133  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0375  hypothetical protein  37.57 
 
 
190 aa  133  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4580  putative rRNA methylase  37.02 
 
 
190 aa  132  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4143  RND efflux transporter  23.08 
 
 
840 aa  129  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1741  putative rRNA methylase  35.52 
 
 
188 aa  127  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2602  hypothetical protein  35.58 
 
 
211 aa  126  2e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2381  rRNA methylase domain-containing protein  42 
 
 
232 aa  125  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.37961e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1400  hypothetical protein  37.22 
 
 
188 aa  124  8e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2770  putative rRNA methylase  37.28 
 
 
191 aa  121  6e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00973946  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1610  rRNA methylase (SAM-dependent methyltransferase superfamily), putative  37.78 
 
 
182 aa  120  1.9999999999999998e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1670  putative rRNA methylase  46.05 
 
 
201 aa  115  5e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  26.22 
 
 
764 aa  113  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>