More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3359 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0689  SecD/SecF family protein export membrane protein  64.95 
 
 		 899 aa  1066    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0944468  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2819  putative rRNA methylase  66.82 
 
 		 1128 aa  1110    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  55.05 
 
 		 886 aa  887    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0886  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  95.02 
 
 		 883 aa  1607    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34494e-16 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1642  putative rRNA methylase  58.92 
 
 		 892 aa  994    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3359  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  100 
 
 		 883 aa  1783    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000128558  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1021  RND efflux transporter  67.93 
 
 		 920 aa  1161    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000753999  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  30.6 
 
 		 1045 aa  383  1e-105  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1747  hypothetical protein  30.08 
 
 		 901 aa  344  2.9999999999999997e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.162879  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3175  SecD/SecF family protein export membrane protein  29.36 
 
 		 910 aa  343  8e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  29.01 
 
 		 893 aa  339  9.999999999999999e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  30.17 
 
 		 884 aa  337  7.999999999999999e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  30.74 
 
 		 972 aa  331  3e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2558  hypothetical protein  28.57 
 
 		 890 aa  330  6e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.808467  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7156  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.38 
 
 		 882 aa  316  9.999999999999999e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  29.84 
 
 		 901 aa  313  6.999999999999999e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0057  hypothetical protein  28.82 
 
 		 889 aa  300  6e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6341  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.97 
 
 		 882 aa  299  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432737  decreased coverage  0.00194577 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.78 
 
 		 882 aa  284  5.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2973  putative protein export membrane protein  29.14 
 
 		 862 aa  283  7.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4254  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.81 
 
 		 868 aa  280  6e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0797101  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3657  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28 
 
 		 882 aa  277  5e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.605941  normal  0.0965293 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1777  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  29.39 
 
 		 900 aa  275  2.0000000000000002e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2118  hypothetical protein  29.39 
 
 		 879 aa  275  3e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3159  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.42 
 
 		 887 aa  270  8e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.457417  normal  0.706665 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0970  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.3 
 
 		 895 aa  269  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1862  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  29.2 
 
 		 864 aa  265  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  30.1 
 
 		 862 aa  264  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4166  putative transporter  28.6 
 
 		 908 aa  255  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.90663  normal  0.139004 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2265  hypothetical protein  26.35 
 
 		 887 aa  254  5.000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.192256 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0015  hypothetical protein  27.55 
 
 		 871 aa  254  7e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.676074 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1652  hypothetical protein  27.73 
 
 		 767 aa  252  3e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.485028  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7033  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.09 
 
 		 871 aa  251  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.642403  decreased coverage  0.0000000105164 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3246  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.79 
 
 		 882 aa  251  4e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689074 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4905  hypothetical protein  28.18 
 
 		 877 aa  247  6e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35717  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3458  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.77 
 
 		 669 aa  240  8e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.677236  normal  0.520256 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  28.04 
 
 		 872 aa  239  1e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4133  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.56 
 
 		 870 aa  231  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3184  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.12 
 
 		 877 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.134423 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1730  hypothetical protein  26.42 
 
 		 868 aa  223  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.047499 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4948  RND efflux transporter  27.24 
 
 		 877 aa  218  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1044  RND efflux transporter  28.03 
 
 		 858 aa  216  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5501  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.24 
 
 		 877 aa  216  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.921684  normal  0.0209878 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3569  hypothetical protein  26.95 
 
 		 868 aa  212  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4559  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  26.71 
 
 		 877 aa  211  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.151597 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5183  RND efflux transporter  26.82 
 
 		 877 aa  211  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5676  RND efflux transporter  26.82 
 
 		 877 aa  211  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293298 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1013  hypothetical protein  28.16 
 
 		 906 aa  206  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3264  hypothetical protein  25.87 
 
 		 877 aa  206  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1479  hypothetical protein  25.87 
 
 		 969 aa  206  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.756433  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3151  hypothetical protein  25.87 
 
 		 877 aa  206  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2383  hypothetical protein  25.87 
 
 		 877 aa  205  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1399  hypothetical protein  25.87 
 
 		 877 aa  205  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2091  hypothetical protein  25.87 
 
 		 1079 aa  204  5e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0109662  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1119  hypothetical protein  25.87 
 
 		 1083 aa  204  7e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143143  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2350  hypothetical protein  27.35 
 
 		 877 aa  197  7e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0022  RND efflux transporter  26.57 
 
 		 877 aa  187  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20740  hypothetical protein  27.73 
 
 		 864 aa  182  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.751381  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4143  RND efflux transporter  24.82 
 
 		 840 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1699  hypothetical protein  24.86 
 
 		 847 aa  110  9.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0923287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4296  exporters of the RND superfamily  26.46 
 
 		 840 aa  105  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720482  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2739  hypothetical protein  29.39 
 
 		 845 aa  105  4e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4274  exporters of the RND superfamily  26.28 
 
 		 846 aa  104  7e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  29.04 
 
 		 764 aa  104  9e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  30.04 
 
 		 849 aa  101  7e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0823  exporter of the RND superfamily protein-like protein  20.67 
 
 		 798 aa  100  2e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.526995  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4286  RND efflux transporter  24.77 
 
 		 845 aa  93.6  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1695  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.17 
 
 		 782 aa  88.6  4e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  21.41 
 
 		 1172 aa  84  0.00000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  30.59 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  30.59 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  30.59 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  31.95 
 
 		 388 aa  81.3  0.00000000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  20.61 
 
 		 380 aa  80.5  0.0000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  31.65 
 
 		 1359 aa  78.2  0.0000000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3595  RND efflux transporter  27.62 
 
 		 843 aa  77.8  0.0000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  25.44 
 
 		 905 aa  74.3  0.000000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1742  hypothetical protein  23.76 
 
 		 824 aa  73.2  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00144404  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2637  MMPL domain protein  26.03 
 
 		 1013 aa  73.2  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  23.54 
 
 		 800 aa  71.6  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0788  Patched family protein  29.61 
 
 		 923 aa  71.2  0.00000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1194  hypothetical protein  29.94 
 
 		 832 aa  70.5  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000134903  hitchhiker  0.0000145799 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  28.5 
 
 		 752 aa  70.5  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  29.47 
 
 		 747 aa  70.1  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7115  MMPL domain-containing protein  25.87 
 
 		 699 aa  68.9  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.910736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3150  RND superfamily protein  29.69 
 
 		 755 aa  69.3  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0817693  normal  0.0240782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2150  exporter-like  23.4 
 
 		 828 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2764  exporter-like protein  23.4 
 
 		 829 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0195609  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0335  MMPL domain protein  27.8 
 
 		 702 aa  68.9  0.0000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.114406 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1668  Patched family protein  24.59 
 
 		 842 aa  68.9  0.0000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1239  hypothetical protein  28.65 
 
 		 862 aa  67.4  0.000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4241  MMPL domain protein  29.82 
 
 		 709 aa  67  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.682094  normal  0.157718 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0691  hypothetical protein  27.4 
 
 		 805 aa  66.2  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  25.48 
 
 		 748 aa  66.6  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4509  MMPL domain protein  31.36 
 
 		 723 aa  66.6  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0507667  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  24.54 
 
 		 803 aa  66.2  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0819  antibiotic ABC transporter, permease protein  20.99 
 
 		 695 aa  66.2  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.23648  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2683  exporter-like protein  27.98 
 
 		 826 aa  65.9  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.815942  normal  0.551153 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2681  hypothetical protein  27.32 
 
 		 879 aa  65.5  0.000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.43238 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  27.96 
 
 		 786 aa  65.5  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>