180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1727 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3246  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  52.84 
 
 		 882 aa  791    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689074 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2091  hypothetical protein  50.86 
 
 		 1079 aa  749    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0109662  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4905  hypothetical protein  50.17 
 
 		 877 aa  731    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35717  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3159  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  51.8 
 
 		 887 aa  815    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.457417  normal  0.706665 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2265  hypothetical protein  73.43 
 
 		 887 aa  1228    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.192256 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1479  hypothetical protein  50.86 
 
 		 969 aa  749    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.756433  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0022  RND efflux transporter  51.03 
 
 		 877 aa  704    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2350  hypothetical protein  51.32 
 
 		 877 aa  743    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1730  hypothetical protein  77.18 
 
 		 868 aa  1279    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.047499 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  100 
 
 		 862 aa  1710    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0015  hypothetical protein  50.35 
 
 		 871 aa  769    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.676074 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3569  hypothetical protein  77.42 
 
 		 868 aa  1236    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  73.54 
 
 		 872 aa  1208    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4166  putative transporter  51.03 
 
 		 908 aa  776    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.90663  normal  0.139004 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5183  RND efflux transporter  50.69 
 
 		 877 aa  744    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4254  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  77.76 
 
 		 868 aa  1326    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0797101  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4948  RND efflux transporter  50.98 
 
 		 877 aa  746    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5676  RND efflux transporter  50.69 
 
 		 877 aa  744    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293298 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7033  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  49.77 
 
 		 871 aa  777    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.642403  decreased coverage  0.0000000105164 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5501  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  50.98 
 
 		 877 aa  749    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.921684  normal  0.0209878 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0970  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  45.06 
 
 		 895 aa  669    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3657  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  46.68 
 
 		 882 aa  711    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.605941  normal  0.0965293 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1119  hypothetical protein  50.86 
 
 		 1083 aa  749    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143143  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1399  hypothetical protein  50.86 
 
 		 877 aa  749    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3264  hypothetical protein  50.86 
 
 		 877 aa  750    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6341  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  47.81 
 
 		 882 aa  711    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432737  decreased coverage  0.00194577 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3151  hypothetical protein  50.86 
 
 		 877 aa  751    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2383  hypothetical protein  50.86 
 
 		 877 aa  749    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4559  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  50.92 
 
 		 877 aa  749    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.151597 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7156  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  46.98 
 
 		 882 aa  729    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  46.73 
 
 		 882 aa  713    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2973  putative protein export membrane protein  72.29 
 
 		 862 aa  1245    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3184  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  50.29 
 
 		 877 aa  765    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621272  normal  0.134423 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4133  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  50.29 
 
 		 870 aa  777    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3458  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  49.46 
 
 		 669 aa  597  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.677236  normal  0.520256 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1862  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  38.02 
 
 		 864 aa  505  1e-141  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0057  hypothetical protein  36.34 
 
 		 889 aa  424  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20740  hypothetical protein  37.15 
 
 		 864 aa  411  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.751381  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1044  RND efflux transporter  37.38 
 
 		 858 aa  412  1e-113  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  33.79 
 
 		 901 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2558  hypothetical protein  33.72 
 
 		 890 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.808467  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1747  hypothetical protein  33.33 
 
 		 901 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.162879  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1777  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  34.34 
 
 		 900 aa  385  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2118  hypothetical protein  34 
 
 		 879 aa  385  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  33.29 
 
 		 884 aa  366  1e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1652  hypothetical protein  31.57 
 
 		 767 aa  296  2e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.485028  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1642  putative rRNA methylase  27.57 
 
 		 892 aa  280  6e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2819  putative rRNA methylase  27.47 
 
 		 1128 aa  277  5e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  27.62 
 
 		 886 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3359  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  29.12 
 
 		 883 aa  254  6e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000128558  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0886  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  28.6 
 
 		 883 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34494e-16 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1021  RND efflux transporter  26.21 
 
 		 920 aa  239  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000753999  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0689  SecD/SecF family protein export membrane protein  27.96 
 
 		 899 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0944468  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3175  SecD/SecF family protein export membrane protein  26.91 
 
 		 910 aa  224  6e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  26.03 
 
 		 893 aa  208  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  24.92 
 
 		 972 aa  169  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  22.62 
 
 		 1045 aa  152  3e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1013  hypothetical protein  26.14 
 
 		 906 aa  142  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2739  hypothetical protein  29.91 
 
 		 845 aa  80.1  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4274  exporters of the RND superfamily  24.82 
 
 		 846 aa  67.4  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4296  exporters of the RND superfamily  24.82 
 
 		 840 aa  67  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720482  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4143  RND efflux transporter  24.82 
 
 		 840 aa  63.9  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1238  hypothetical protein  32.37 
 
 		 855 aa  63.2  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.409284  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4493  MMPL domain protein  30.27 
 
 		 358 aa  62.4  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.617386  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1239  hypothetical protein  30.32 
 
 		 862 aa  61.2  0.00000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  37.37 
 
 		 782 aa  60.8  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0936  RND superfamily drug exporter  25.5 
 
 		 802 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  26.87 
 
 		 1359 aa  60.8  0.0000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  27.01 
 
 		 1172 aa  59.7  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3055  putative drug efflux pump, RND superfamily  26.35 
 
 		 803 aa  58.9  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.322516 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  24.82 
 
 		 1226 aa  58.9  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2959  MMPL domain protein  25.56 
 
 		 1011 aa  58.2  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301766  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  23.59 
 
 		 789 aa  57.8  0.0000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  24.52 
 
 		 898 aa  57.4  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  30.3 
 
 		 748 aa  57  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2637  MMPL domain protein  29.27 
 
 		 1013 aa  57.4  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3628  MMPL domain protein  24.43 
 
 		 737 aa  56.6  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2330  MMPL domain protein  21.74 
 
 		 730 aa  56.2  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.949575  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  31.18 
 
 		 905 aa  55.5  0.000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2188  hypothetical protein  25 
 
 		 839 aa  55.1  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0540  hypothetical protein  27.37 
 
 		 764 aa  54.3  0.000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  27.85 
 
 		 849 aa  53.9  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2001  MCP methyltransferase, CheR-type  25.26 
 
 		 1287 aa  53.9  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  25.33 
 
 		 385 aa  53.5  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4286  RND efflux transporter  25.08 
 
 		 845 aa  53.9  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00775  lipoprotein transmembrane  27.72 
 
 		 805 aa  53.1  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1699  hypothetical protein  27.31 
 
 		 847 aa  53.1  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0923287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3234  MMPL  29.73 
 
 		 836 aa  52.8  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.520088 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  29.29 
 
 		 747 aa  53.1  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1701  HAE1 family efflux transporter  25 
 
 		 777 aa  53.5  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.271028  normal  0.950997 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4241  MMPL domain protein  26.82 
 
 		 709 aa  53.1  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.682094  normal  0.157718 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4082  putative lipoprotein transmembrane  28.06 
 
 		 802 aa  52.8  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  25.67 
 
 		 835 aa  52.8  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0356  hypothetical protein  26.77 
 
 		 685 aa  52  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  26.71 
 
 		 388 aa  52  0.00004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7115  MMPL domain-containing protein  30.21 
 
 		 699 aa  52  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.910736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3607  putative lipoprotein transmembrane  28.04 
 
 		 803 aa  52  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  29.3 
 
 		 380 aa  52  0.00005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0691  hypothetical protein  29.75 
 
 		 805 aa  52  0.00005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  18.11 
 
 		 808 aa  51.6  0.00006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>