132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4605 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4377  hypothetical protein  54.9 
 
 		 834 aa  767    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0341  hypothetical protein  54.08 
 
 		 847 aa  790    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.1938 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0341  hypothetical protein  55.12 
 
 		 839 aa  778    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3685  hypothetical protein  55.47 
 
 		 839 aa  810    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0343  hypothetical protein  52.7 
 
 		 802 aa  731    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0332  hypothetical protein  55.37 
 
 		 839 aa  773    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  54.66 
 
 		 840 aa  792    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3520  hypothetical protein  54.09 
 
 		 841 aa  779    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0437  hypothetical protein  56.27 
 
 		 813 aa  811    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0331  hypothetical protein  54.99 
 
 		 835 aa  800    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0316  hypothetical protein  70.01 
 
 		 804 aa  1086    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235423 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3897  hypothetical protein  59.49 
 
 		 804 aa  869    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0338  hypothetical protein  54.66 
 
 		 843 aa  790    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4605  Patched family protein  100 
 
 		 799 aa  1595    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214828 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3388  hypothetical protein  49.35 
 
 		 799 aa  609  1e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2094  membrane protein  33.96 
 
 		 778 aa  352  1e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  33.51 
 
 		 780 aa  346  8.999999999999999e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0936  RND superfamily drug exporter  28.98 
 
 		 802 aa  292  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00775  lipoprotein transmembrane  28.5 
 
 		 805 aa  287  4e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4577  hypothetical protein  31.23 
 
 		 773 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3055  putative drug efflux pump, RND superfamily  28.55 
 
 		 803 aa  282  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.322516 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0699  RND superfamily drug exporter  28.97 
 
 		 806 aa  280  6e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3693  lipoprotein transmembrane  30.05 
 
 		 802 aa  278  3e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.432372  normal  0.281955 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4770  putative lipoprotein transmembrane  30.05 
 
 		 802 aa  278  3e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0898  putative inner membrane protein  31.55 
 
 		 768 aa  275  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.188824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3894  hypothetical protein  30.58 
 
 		 748 aa  271  4e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3914  putative lipoprotein transmembrane  32.65 
 
 		 784 aa  269  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.856836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4809  hypothetical protein  30.56 
 
 		 772 aa  268  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4082  putative lipoprotein transmembrane  28.14 
 
 		 802 aa  268  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0430  hypothetical protein  29.61 
 
 		 777 aa  266  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152141  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4386  lipoprotein transmembrane  29.86 
 
 		 786 aa  264  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.127353  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5102  hypothetical protein  28.74 
 
 		 791 aa  261  4e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3882  hypothetical protein  29.79 
 
 		 772 aa  257  6e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.452334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0429  hypothetical protein  30.27 
 
 		 791 aa  255  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3607  putative lipoprotein transmembrane  28.44 
 
 		 803 aa  254  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1496  putative lipoprotein transmembrane  27.12 
 
 		 740 aa  227  5.0000000000000005e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2755  hypothetical protein  29.08 
 
 		 768 aa  222  1.9999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0432  hypothetical protein  25.53 
 
 		 759 aa  201  3.9999999999999996e-50  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0121  hypothetical protein  25.06 
 
 		 763 aa  192  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2674  hypothetical protein  23.52 
 
 		 802 aa  163  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22432  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0476  xanthomonadin exporter  23.19 
 
 		 794 aa  153  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03730  membrane protein involved in xanthomonadin export  27.83 
 
 		 807 aa  147  7.0000000000000006e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.780979  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3301  hypothetical protein  22.93 
 
 		 782 aa  137  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149323  normal  0.322997 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4177  transmembrane protein  22.07 
 
 		 783 aa  134  9e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2065  membrane protein  23.89 
 
 		 788 aa  133  1.0000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1987  membrane protein  23.61 
 
 		 788 aa  133  1.0000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0068  MMPL domain protein  22.85 
 
 		 804 aa  132  3e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0976  KWG  25.08 
 
 		 749 aa  128  4.0000000000000003e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0941  hypothetical protein  23.6 
 
 		 784 aa  126  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0798  hypothetical protein  23.6 
 
 		 784 aa  126  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1374  hypothetical protein  24.1 
 
 		 778 aa  113  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292609 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  25.65 
 
 		 782 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3990  hypothetical protein  23.45 
 
 		 784 aa  110  9.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3929  phosphoglucomutase/phosphomannomutase alpha/beta/subunit  25.63 
 
 		 812 aa  108  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0305  MMPL domain protein  23.87 
 
 		 810 aa  105  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03830  hypothetical membrane protein  21.43 
 
 		 1225 aa  102  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0317  MMPL domain protein  23.27 
 
 		 806 aa  102  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0934252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2683  exporter-like protein  23.08 
 
 		 826 aa  102  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.815942  normal  0.551153 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2816  exporter-like protein  23.08 
 
 		 826 aa  101  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249956  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1322  hypothetical protein  24.26 
 
 		 802 aa  98.6  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0429  hypothetical protein  22.29 
 
 		 827 aa  97.4  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2150  exporter-like  23.27 
 
 		 828 aa  96.3  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2764  exporter-like protein  23.27 
 
 		 829 aa  96.3  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0195609  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6094  MMPL family membrane protein  23.44 
 
 		 823 aa  89.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.125086  normal  0.449875 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  22.46 
 
 		 1291 aa  89.7  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0282  hypothetical protein  22.95 
 
 		 742 aa  89.4  3e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0418733  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  21.53 
 
 		 1226 aa  85.1  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2750  hypothetical protein  23.48 
 
 		 773 aa  84.7  0.000000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.536126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  21.33 
 
 		 1172 aa  84  0.00000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0919  hypothetical protein  27.83 
 
 		 791 aa  81.3  0.00000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2108  exporter  20.83 
 
 		 1274 aa  80.9  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153842  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3221  hypothetical protein  29.46 
 
 		 874 aa  61.2  0.00000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  21.26 
 
 		 882 aa  58.2  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3458  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  21.26 
 
 		 669 aa  57.4  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.677236  normal  0.520256 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0209  Patched family protein  21.67 
 
 		 881 aa  57.4  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  20.92 
 
 		 807 aa  54.7  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2104  exporter-like protein  25.34 
 
 		 704 aa  53.9  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  22.74 
 
 		 884 aa  53.5  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7156  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  21.86 
 
 		 882 aa  52.4  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2082  RND superfamily exporter  22.84 
 
 		 893 aa  52.8  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0913  exporter-like protein  22.6 
 
 		 792 aa  52.4  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.231192  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  20.93 
 
 		 388 aa  51.2  0.00008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0015  hypothetical protein  23.18 
 
 		 871 aa  50.4  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.676074 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2001  MCP methyltransferase, CheR-type  31.58 
 
 		 1287 aa  50.1  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2758  hypothetical protein  19.26 
 
 		 901 aa  50.1  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.829629  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4905  hypothetical protein  30.87 
 
 		 877 aa  50.1  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35717  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2265  hypothetical protein  33.33 
 
 		 887 aa  50.1  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.192256 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0222  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  26.4 
 
 		 746 aa  49.7  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7033  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  22.03 
 
 		 871 aa  49.7  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.642403  decreased coverage  0.0000000105164 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0970  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.55 
 
 		 895 aa  49.3  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6341  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.32 
 
 		 882 aa  48.9  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432737  decreased coverage  0.00194577 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  21.28 
 
 		 778 aa  48.5  0.0004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2973  putative protein export membrane protein  33.93 
 
 		 862 aa  48.9  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0113  MMPL domain-containing protein  26.39 
 
 		 865 aa  48.9  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3159  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  33.68 
 
 		 887 aa  48.9  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.457417  normal  0.706665 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  21.71 
 
 		 872 aa  48.5  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0823  exporter of the RND superfamily protein-like protein  21.85 
 
 		 798 aa  48.1  0.0006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.526995  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  23.81 
 
 		 752 aa  48.1  0.0007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  22.39 
 
 		 748 aa  47.4  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2739  hypothetical protein  22.79 
 
 		 845 aa  47.8  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>