109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3520 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4377  hypothetical protein  53.98 
 
 		 834 aa  720    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0341  hypothetical protein  53.81 
 
 		 839 aa  733    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3685  hypothetical protein  53.57 
 
 		 839 aa  761    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0343  hypothetical protein  48.46 
 
 		 802 aa  663    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0332  hypothetical protein  53.04 
 
 		 839 aa  725    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3388  hypothetical protein  49.13 
 
 		 799 aa  638    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0333  hypothetical protein  53.49 
 
 		 840 aa  738    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3520  hypothetical protein  100 
 
 		 841 aa  1671    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0437  hypothetical protein  52.47 
 
 		 813 aa  740    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0331  hypothetical protein  53.61 
 
 		 835 aa  747    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0316  hypothetical protein  53.9 
 
 		 804 aa  814    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235423 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3897  hypothetical protein  53.64 
 
 		 804 aa  751    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0338  hypothetical protein  53.42 
 
 		 843 aa  739    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4605  Patched family protein  54.21 
 
 		 799 aa  809    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214828 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0341  hypothetical protein  52.96 
 
 		 847 aa  739    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.1938 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004073  membrane protein inferred for ABFAE pathway  31.53 
 
 		 780 aa  327  4.0000000000000003e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2094  membrane protein  30.66 
 
 		 778 aa  322  9.999999999999999e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0936  RND superfamily drug exporter  32.51 
 
 		 802 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0898  putative inner membrane protein  32.96 
 
 		 768 aa  284  5.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.188824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3055  putative drug efflux pump, RND superfamily  32.43 
 
 		 803 aa  283  8.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.322516 
 
 
-
 
NC_003296  RS00775  lipoprotein transmembrane  30.2 
 
 		 805 aa  283  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3894  hypothetical protein  31.55 
 
 		 748 aa  281  5e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0699  RND superfamily drug exporter  30.46 
 
 		 806 aa  276  8e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4082  putative lipoprotein transmembrane  30.5 
 
 		 802 aa  268  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4386  lipoprotein transmembrane  30.8 
 
 		 786 aa  262  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.127353  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4577  hypothetical protein  31.69 
 
 		 773 aa  261  4e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4770  putative lipoprotein transmembrane  29.98 
 
 		 802 aa  260  6e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3693  lipoprotein transmembrane  29.98 
 
 		 802 aa  260  6e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.432372  normal  0.281955 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4809  hypothetical protein  30.04 
 
 		 772 aa  248  3e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3607  putative lipoprotein transmembrane  30.3 
 
 		 803 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0430  hypothetical protein  30.43 
 
 		 777 aa  244  5e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152141  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2755  hypothetical protein  30.51 
 
 		 768 aa  243  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3882  hypothetical protein  27.78 
 
 		 772 aa  238  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.452334  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5102  hypothetical protein  33.68 
 
 		 791 aa  232  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3914  putative lipoprotein transmembrane  32.78 
 
 		 784 aa  227  7e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.856836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0429  hypothetical protein  30.24 
 
 		 791 aa  219  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0432  hypothetical protein  22.85 
 
 		 759 aa  174  5e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2065  membrane protein  26.72 
 
 		 788 aa  158  4e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1987  membrane protein  26.59 
 
 		 788 aa  157  6e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2674  hypothetical protein  25.09 
 
 		 802 aa  149  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22432  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4177  transmembrane protein  24.35 
 
 		 783 aa  148  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1496  putative lipoprotein transmembrane  27.17 
 
 		 740 aa  145  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0068  MMPL domain protein  25.78 
 
 		 804 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2150  exporter-like  24.46 
 
 		 828 aa  142  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2764  exporter-like protein  24.46 
 
 		 829 aa  142  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0195609  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2683  exporter-like protein  23.98 
 
 		 826 aa  142  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.815942  normal  0.551153 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2816  exporter-like protein  23.74 
 
 		 826 aa  140  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249956  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6094  MMPL family membrane protein  24.01 
 
 		 823 aa  139  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.125086  normal  0.449875 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0121  hypothetical protein  24.51 
 
 		 763 aa  137  9.999999999999999e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0476  xanthomonadin exporter  25.82 
 
 		 794 aa  132  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03730  membrane protein involved in xanthomonadin export  25.64 
 
 		 807 aa  130  9.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.780979  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3301  hypothetical protein  25.63 
 
 		 782 aa  130  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149323  normal  0.322997 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1374  hypothetical protein  26.1 
 
 		 778 aa  127  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292609 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0317  MMPL domain protein  24.53 
 
 		 806 aa  126  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0934252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0941  hypothetical protein  24.5 
 
 		 784 aa  124  6e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0798  hypothetical protein  24.5 
 
 		 784 aa  124  6e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0305  MMPL domain protein  24.68 
 
 		 810 aa  124  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0429  hypothetical protein  23.73 
 
 		 827 aa  116  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0976  KWG  23.34 
 
 		 749 aa  104  8e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0919  hypothetical protein  22.98 
 
 		 791 aa  102  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03830  hypothetical membrane protein  20.39 
 
 		 1225 aa  102  3e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2750  hypothetical protein  25.31 
 
 		 773 aa  101  5e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.536126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1322  hypothetical protein  25.84 
 
 		 802 aa  94.4  9e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3990  hypothetical protein  24.26 
 
 		 784 aa  89.7  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1078  phospholipid/glycerol acyltransferase  20.62 
 
 		 1226 aa  83.2  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  20.92 
 
 		 1291 aa  78.2  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2188  hypothetical protein  22.83 
 
 		 839 aa  75.1  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  23.6 
 
 		 849 aa  70.9  0.00000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0383  phospholipid/glycerol acyltransferase  21.93 
 
 		 1172 aa  70.1  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2657  exporter  25.16 
 
 		 782 aa  64.7  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2108  exporter  20 
 
 		 1274 aa  60.8  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153842  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3221  hypothetical protein  28.19 
 
 		 874 aa  59.3  0.0000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0913  exporter-like protein  21.49 
 
 		 792 aa  56.6  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.231192  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0282  hypothetical protein  25 
 
 		 742 aa  55.8  0.000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0418733  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2575  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  22.14 
 
 		 886 aa  51.6  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000305046  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0209  Patched family protein  24.78 
 
 		 881 aa  50.4  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3117  putative rRNA methylase  24.15 
 
 		 972 aa  50.1  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0109517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2104  exporter-like protein  30.83 
 
 		 704 aa  50.1  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3348  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.68 
 
 		 1045 aa  50.1  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  23.57 
 
 		 388 aa  48.1  0.0007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2001  MCP methyltransferase, CheR-type  21.81 
 
 		 1287 aa  47.8  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0810  hypothetical protein  24.5 
 
 		 884 aa  47.8  0.0009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.059286  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  24.46 
 
 		 864 aa  47  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1699  hypothetical protein  23.94 
 
 		 847 aa  47.4  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0923287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2678  hypothetical protein  23.75 
 
 		 872 aa  47.4  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1652  hypothetical protein  32.58 
 
 		 767 aa  46.2  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.485028  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3657  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  31.82 
 
 		 882 aa  46.6  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.605941  normal  0.0965293 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3246  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.02 
 
 		 882 aa  46.2  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689074 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  26.7 
 
 		 778 aa  45.8  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0221  RND efflux transporter  23.48 
 
 		 771 aa  45.8  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.822518  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5501  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.15 
 
 		 877 aa  46.2  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.921684  normal  0.0209878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  31.06 
 
 		 882 aa  46.2  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4341  Patched family protein  23.7 
 
 		 895 aa  45.8  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.354864  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  25 
 
 		 747 aa  45.4  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2275  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  28.17 
 
 		 812 aa  45.4  0.004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0590834  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4948  RND efflux transporter  23.88 
 
 		 877 aa  45.4  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0860  Patched family protein  25 
 
 		 1131 aa  45.4  0.004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6341  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  32.35 
 
 		 882 aa  45.4  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432737  decreased coverage  0.00194577 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4254  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  22 
 
 		 868 aa  45.4  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0797101  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1777  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  32.32 
 
 		 900 aa  45.4  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>