98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4295 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009670  Oant_4742  N-6 DNA methylase  31.42 
 
 		 1702 aa  738    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0010  cpp14  32.61 
 
 		 1932 aa  750    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0437256  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4540  helicase domain protein  34.35 
 
 		 1606 aa  736    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3177  helicase domain protein  38.1 
 
 		 2077 aa  962    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1578  helicase domain-containing protein  44.07 
 
 		 1642 aa  1235    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.149983 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4301  helicase, C-terminal  36.78 
 
 		 1649 aa  870    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.182147 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4259  helicase domain-containing protein  32.52 
 
 		 2570 aa  738    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4747  helicase domain-containing protein  34.35 
 
 		 1925 aa  776    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.099466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9162  helicase SNF2 family  33.98 
 
 		 1697 aa  793    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9541  helicase SNF2 family  32.19 
 
 		 1701 aa  754    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398827  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a002  DNA methylase/helicase  32.24 
 
 		 1934 aa  752    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0978124  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4173  helicase domain-containing protein  34.79 
 
 		 1575 aa  734    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0264  hypothetical protein  32.58 
 
 		 1748 aa  773    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1824  helicase domain protein  36.81 
 
 		 2098 aa  944    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4316  methyltransferase type 11  33.05 
 
 		 1516 aa  727    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4656  N-6 DNA methylase  34 
 
 		 1700 aa  781    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4476  helicase-like  33.48 
 
 		 1703 aa  755    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4914  helicase  39.2 
 
 		 1706 aa  1117    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4295  helicase-like  100 
 
 		 1726 aa  3588    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3732  helicase domain-containing protein  33.27 
 
 		 1693 aa  773    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253895  normal  0.261793 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4893  DEAD-like helicase  34.03 
 
 		 1417 aa  687    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4973  helicase domain-containing protein  32.38 
 
 		 1697 aa  756    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.664795 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2221  helicase, C-terminal  41.39 
 
 		 1669 aa  1243    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.332048 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2546  helicase, C-terminal  41.74 
 
 		 1669 aa  1198    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.26749 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2730  helicase domain protein  32.17 
 
 		 1722 aa  625  1e-177  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.52816  normal  0.452434 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0160  Cpp14  28.03 
 
 		 2117 aa  607  9.999999999999999e-173  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.296407  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1280  SNF2 family protein  33.09 
 
 		 2274 aa  589  1e-166  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.459246  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5280  methyltransferase type 11  31.05 
 
 		 1594 aa  573  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00107926  unclonable  0.0024977 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6722  Methyltransferase type 11  29.81 
 
 		 1674 aa  570  1e-161  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8083  helicase  31.23 
 
 		 1211 aa  523  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0239915  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4933  helicase domain protein  33.17 
 
 		 1956 aa  477  1e-133  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0870  SNF2-related protein  36.59 
 
 		 2005 aa  459  1e-127  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5796  helicase domain-containing protein  34.5 
 
 		 976 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00607211  hitchhiker  2.23463e-19 
 
 
-
 
NC_002950  PG1500  hypothetical protein  32.14 
 
 		 763 aa  266  3e-69  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00538454 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4475  helicase domain-containing protein  31.5 
 
 		 761 aa  257  1.0000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0387  putative DNA methylase  32.79 
 
 		 766 aa  200  3e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8079  helicase SNF2 family  32.41 
 
 		 470 aa  182  4e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.48311  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0847  hypothetical protein  27.17 
 
 		 526 aa  147  1e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000203105 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5797  methyltransferase type 11  30.51 
 
 		 577 aa  124  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.295406  hitchhiker  4.23938e-17 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6184  helicase domain protein  31.88 
 
 		 284 aa  104  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0111751 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3018  helicase domain-containing protein  23.68 
 
 		 678 aa  96.7  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3075  DEAD-like helicase  27.07 
 
 		 1328 aa  95.1  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2349  hypothetical protein  33.33 
 
 		 341 aa  79  0.0000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0743518  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1570  hypothetical protein  33.33 
 
 		 341 aa  78.6  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.447914  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0796  hypothetical protein  25 
 
 		 339 aa  77  0.000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1466  SNF2 family helicase  20.79 
 
 		 1379 aa  75.5  0.000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.942792  normal  0.0166873 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1468  adenine-specific DNA methylase  27.85 
 
 		 254 aa  68.2  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00771536 
 
 
-
 
NC_011774  BCG9842_A0072  RecQ helicase, putative  28.35 
 
 		 468 aa  61.6  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0288  helicase domain protein  25.68 
 
 		 1037 aa  58.9  0.0000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1303  helicase domain-containing protein  29.75 
 
 		 669 aa  57  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0993  Eco57I restriction endonuclease  29.1 
 
 		 595 aa  56.2  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.544878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0233  Type III restriction enzyme, res subunit  34.83 
 
 		 900 aa  53.5  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179652  decreased coverage  0.00064314 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2591  helicase domain protein  29.29 
 
 		 957 aa  53.5  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000604323 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5353  helicase domain protein  34.44 
 
 		 894 aa  51.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.157102 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0637  helicase domain protein  32.54 
 
 		 1168 aa  50.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0202  helicase domain protein  28.57 
 
 		 1170 aa  50.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0567319 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2766  helicase domain-containing protein  29.92 
 
 		 906 aa  50.8  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.388883  hitchhiker  0.00506204 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3005  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  32.73 
 
 		 1212 aa  51.2  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3677  helicase, C-terminal:dead/deah box helicase, n-terminal  27.51 
 
 		 1043 aa  51.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3304  non-specific serine/threonine protein kinase  30.83 
 
 		 1002 aa  50.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0728777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2539  helicase domain-containing protein  31.25 
 
 		 969 aa  49.7  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000371025  decreased coverage  0.000313651 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0689  DNA methylase-type I restriction-modification system  30.36 
 
 		 687 aa  49.7  0.0005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1920  helicase domain protein  25.41 
 
 		 971 aa  49.7  0.0005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4237  helicase-like  30.95 
 
 		 1065 aa  49.3  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00803691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4128  helicase domain protein  29.6 
 
 		 1131 aa  49.3  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33452  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3118  helicase-like  30.95 
 
 		 1065 aa  49.3  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.482312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2172  helicase-like  35 
 
 		 922 aa  49.3  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.338314  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0138  SNF2-related protein  28.57 
 
 		 903 aa  49.3  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.021253  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2198  helicase domain-containing protein  23.79 
 
 		 1046 aa  48.9  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.33194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3846  helicase domain-containing protein  27 
 
 		 1058 aa  48.9  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.064852 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1123  helicase domain protein  30 
 
 		 1169 aa  48.5  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1957  helicase domain-containing protein  29.06 
 
 		 968 aa  48.5  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2144  helicase domain protein  34.48 
 
 		 1160 aa  48.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.270016  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0012  helicase-like protein  34.52 
 
 		 924 aa  48.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  25 
 
 		 484 aa  47.4  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0633  helicase domain-containing protein  31.39 
 
 		 1169 aa  47.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2498  helicase domain protein  24.69 
 
 		 774 aa  47.8  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0680  helicase domain-containing protein  27.27 
 
 		 1167 aa  47.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.272356 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0503  helicase domain-containing protein  30.77 
 
 		 1147 aa  47.4  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1544  helicase-like protein  29.55 
 
 		 933 aa  47.4  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2718  helicase domain-containing protein  25 
 
 		 1170 aa  47  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00349209 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0656  DEAD/DEAH family helicase  34.12 
 
 		 760 aa  47  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  24.3 
 
 		 480 aa  47  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  22.75 
 
 		 486 aa  47  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1177  helicase domain-containing protein  29.29 
 
 		 1031 aa  46.6  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.304258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1846  helicase domain-containing protein  25.44 
 
 		 1170 aa  46.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1325  SNF2-related helicase  26.92 
 
 		 1082 aa  46.6  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1096  helicase domain-containing protein  28.36 
 
 		 964 aa  46.2  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3680  SNF2-related:helicase, C-terminal  31.08 
 
 		 1045 aa  46.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0196  helicase domain-containing protein  31.9 
 
 		 1167 aa  45.8  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.037499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2534  hypothetical protein  25.81 
 
 		 563 aa  45.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0461  helicase domain-containing protein  25.66 
 
 		 986 aa  46.2  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.838477  unclonable  0.0000248811 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3187  helicase domain protein  24.44 
 
 		 969 aa  45.8  0.008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1706  helicase domain protein  26.13 
 
 		 952 aa  45.4  0.008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.703418  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3999  N-6 DNA methylase  25.37 
 
 		 523 aa  45.8  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00695181 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1801  SNF2-related protein  35.79 
 
 		 572 aa  45.4  0.009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0724538  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3539  SNF2-related protein  30.77 
 
 		 872 aa  45.4  0.009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0240  helicase domain-containing protein  31.33 
 
 		 1116 aa  45.4  0.01  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956133  hitchhiker  0.00192271 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>