127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0993 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0993  Eco57I restriction endonuclease  100 
 
 		 595 aa  1230    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.544878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0792  hypothetical protein  49.74 
 
 		 573 aa  533  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2488  putative RNA methylase  47.14 
 
 		 604 aa  430  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2889  N-6 DNA methylase  34.84 
 
 		 578 aa  259  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0217  N-6 DNA methylase  34.84 
 
 		 578 aa  259  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2534  hypothetical protein  34.83 
 
 		 563 aa  252  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4910  N-6 DNA methylase  30.71 
 
 		 584 aa  208  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.268375  normal  0.686666 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2227  hypothetical protein  27.31 
 
 		 495 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2778  N-6 DNA methylase  23.67 
 
 		 405 aa  123  8e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.63238e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3090  site-specific DNA-methyltransferase  25.31 
 
 		 527 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4247  hypothetical protein  27.49 
 
 		 509 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.102223  hitchhiker  0.00000000249407 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2532  hypothetical protein  24.2 
 
 		 497 aa  111  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.928699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2786  hypothetical protein  24.85 
 
 		 504 aa  103  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2496  hypothetical protein  26.63 
 
 		 488 aa  100  8e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0104  Eco57I restriction endonuclease  25.73 
 
 		 499 aa  92.4  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3519  N-6 DNA methylase  24.57 
 
 		 694 aa  87.4  7e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1174  N-6 DNA methylase  32.35 
 
 		 493 aa  87  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0879909  normal  0.322631 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1909  hypothetical protein  25 
 
 		 557 aa  75.5  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00461375  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2617  N-6 DNA methylase  25.49 
 
 		 673 aa  70.9  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  24.37 
 
 		 974 aa  69.3  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2149  restriction endonuclease  28.99 
 
 		 629 aa  67.8  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0554  modification methyltransferase  26.64 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1514  methyltransferase small  27.15 
 
 		 466 aa  65.1  0.000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.271049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3055  protein of unknown function DUF450  22.92 
 
 		 950 aa  63.9  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1897  hypothetical protein  25 
 
 		 410 aa  63.5  0.000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000502601  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3077  hypothetical protein  24.44 
 
 		 562 aa  63.2  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000627479 
 
 
-
 
NC_002950  PG1469  type I restriction-modification system, M subunit, putative  23.62 
 
 		 1002 aa  61.6  0.00000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1345  N-6 DNA methylase  25.1 
 
 		 554 aa  60.8  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.998293 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4361  N-6 DNA methylase  27.27 
 
 		 908 aa  60.8  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3412  Eco57I restriction endonuclease  27.84 
 
 		 1159 aa  60.8  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.904901 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1892  protein of unknown function DUF450  22.61 
 
 		 1058 aa  59.7  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1424  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  31.03 
 
 		 1194 aa  59.3  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3141  N-6 DNA methylase  27.16 
 
 		 746 aa  59.7  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1333  protein of unknown function DUF450  22.61 
 
 		 995 aa  59.7  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.126844  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4933  helicase domain protein  26.4 
 
 		 1956 aa  58.5  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0098  hypothetical protein  30.46 
 
 		 455 aa  58.5  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.340273  hitchhiker  0.000211537 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  27.78 
 
 		 1285 aa  57.8  0.0000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0068  type II restriction-modification enzyme  33.06 
 
 		 1244 aa  57.8  0.0000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.337945  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0748  N-6 DNA methylase  22.81 
 
 		 504 aa  57.8  0.0000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000203871 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  24.5 
 
 		 1041 aa  57.8  0.0000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3449  N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class  24.62 
 
 		 389 aa  57.4  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0262978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0491  hypothetical protein  27.82 
 
 		 1178 aa  57.4  0.0000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  28.04 
 
 		 488 aa  57.4  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0031  type II restriction-modification enzyme  33.05 
 
 		 1257 aa  56.6  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1280  SNF2 family protein  29.61 
 
 		 2274 aa  56.2  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.459246  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2731  putative type II DNA modification enzyme  36.7 
 
 		 1338 aa  56.6  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  25.42 
 
 		 493 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0459  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  25.37 
 
 		 579 aa  56.2  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.307013 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4295  helicase-like  29.1 
 
 		 1726 aa  56.2  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4598  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like  26.89 
 
 		 416 aa  55.8  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0299  hypothetical protein  36.78 
 
 		 1154 aa  55.5  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309485 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3999  N-6 DNA methylase  23.57 
 
 		 523 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00695181 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1669  hypothetical protein  27.13 
 
 		 1209 aa  55.1  0.000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  23.26 
 
 		 1343 aa  54.7  0.000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2221  helicase, C-terminal  27.59 
 
 		 1669 aa  54.3  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.332048 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  29.77 
 
 		 488 aa  54.7  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  26.16 
 
 		 489 aa  54.3  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6722  Methyltransferase type 11  28.08 
 
 		 1674 aa  54.3  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5445  methyltransferase small  23.44 
 
 		 552 aa  53.9  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1243  hypothetical protein  22.82 
 
 		 534 aa  53.9  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  27.12 
 
 		 489 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7831  putative type II DNA modification enzyme  35.09 
 
 		 1358 aa  53.5  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1423  hypothetical protein  34.09 
 
 		 1177 aa  53.5  0.00001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1723  hypothetical protein  32.91 
 
 		 1299 aa  52.8  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000525658  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  26.29 
 
 		 489 aa  52.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  26.05 
 
 		 489 aa  52.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_008507  LACR_E6  superfamily II DNA/RNA helicase  22.59 
 
 		 1560 aa  51.6  0.00004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0441  hypothetical protein  34.69 
 
 		 1426 aa  51.6  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.141765 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1273  hypothetical protein  23.15 
 
 		 1125 aa  51.2  0.00005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  25.75 
 
 		 493 aa  50.8  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05210  hypothetical protein  24.91 
 
 		 1209 aa  50.8  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2540  hypothetical protein  27.27 
 
 		 1612 aa  50.8  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.316751  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4540  helicase domain protein  25.65 
 
 		 1606 aa  50.8  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  27.33 
 
 		 480 aa  50.4  0.00008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0129  N-6 DNA methylase  29.13 
 
 		 533 aa  50.1  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0268034  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0392  N-6 DNA methylase  21.34 
 
 		 967 aa  50.1  0.0001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1159  hypothetical protein  33.68 
 
 		 1036 aa  50.1  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0162  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1016 aa  50.4  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2397  hypothetical protein  27.88 
 
 		 792 aa  50.4  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  26.41 
 
 		 810 aa  50.1  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0267  putative modification methyltransferase  23.63 
 
 		 524 aa  50.1  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0410  hypothetical protein  27.52 
 
 		 1147 aa  48.9  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.301766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2385  hypothetical protein  32.63 
 
 		 518 aa  49.3  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4747  helicase domain-containing protein  26.7 
 
 		 1925 aa  49.3  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.099466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1713  adenine-specific DNA methyltransferase  34.15 
 
 		 478 aa  49.7  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0736948  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0544  hypothetical protein  30.19 
 
 		 1093 aa  49.3  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  22.75 
 
 		 489 aa  48.9  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2355  N-6 DNA methylase  28.8 
 
 		 1038 aa  48.9  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0601  hypothetical protein  27.13 
 
 		 1497 aa  48.9  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.548482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3732  helicase domain-containing protein  27.86 
 
 		 1693 aa  48.9  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253895  normal  0.261793 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4914  helicase  31.91 
 
 		 1706 aa  48.1  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1948  DNA modification methylase  22.55 
 
 		 1089 aa  48.5  0.0004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.89671  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2233  hypothetical protein  22.61 
 
 		 544 aa  48.1  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0279  hypothetical protein  26.23 
 
 		 285 aa  48.1  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.313315  normal  0.062823 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13292  DNA methylase  26.34 
 
 		 553 aa  48.1  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.909406  normal  0.973481 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0610  restriction modification system DNA specificity subunit  25.96 
 
 		 730 aa  48.5  0.0004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  26.13 
 
 		 477 aa  48.1  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4624  hypothetical protein  26.36 
 
 		 448 aa  47.8  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977454 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3080  hypothetical protein  30 
 
 		 1425 aa  47.8  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2912  hypothetical protein  32.08 
 
 		 1338 aa  47.8  0.0006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.248972  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>