44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2534 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2534  hypothetical protein  100 
 
 		 563 aa  1148    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0993  Eco57I restriction endonuclease  34.83 
 
 		 595 aa  252  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.544878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0217  N-6 DNA methylase  32.88 
 
 		 578 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2889  N-6 DNA methylase  32.88 
 
 		 578 aa  246  8e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0792  hypothetical protein  34.72 
 
 		 573 aa  235  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4910  N-6 DNA methylase  31.67 
 
 		 584 aa  199  9e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.268375  normal  0.686666 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2488  putative RNA methylase  32.62 
 
 		 604 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2778  N-6 DNA methylase  24.77 
 
 		 405 aa  115  3e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.63238e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2496  hypothetical protein  22.53 
 
 		 488 aa  75.9  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2227  hypothetical protein  24.1 
 
 		 495 aa  70.1  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2532  hypothetical protein  22.74 
 
 		 497 aa  65.9  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.928699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2149  restriction endonuclease  27.34 
 
 		 629 aa  62.8  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3449  N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class  24.74 
 
 		 389 aa  60.8  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0262978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2786  hypothetical protein  22.04 
 
 		 504 aa  60.5  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1174  N-6 DNA methylase  24.51 
 
 		 493 aa  60.1  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0879909  normal  0.322631 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  22.46 
 
 		 1041 aa  59.7  0.0000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  24.38 
 
 		 1285 aa  58.2  0.0000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0104  Eco57I restriction endonuclease  24.67 
 
 		 499 aa  57.4  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3090  site-specific DNA-methyltransferase  23.89 
 
 		 527 aa  56.2  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1424  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  26.09 
 
 		 1194 aa  55.5  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2617  N-6 DNA methylase  23.9 
 
 		 673 aa  54.3  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4247  hypothetical protein  21.24 
 
 		 509 aa  53.9  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.102223  hitchhiker  0.00000000249407 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3055  protein of unknown function DUF450  23.16 
 
 		 950 aa  52.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  27.4 
 
 		 490 aa  52.4  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3999  N-6 DNA methylase  24.05 
 
 		 523 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00695181 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3192  N-6 DNA methylase  25.2 
 
 		 605 aa  52  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0459  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  27.78 
 
 		 579 aa  52  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.307013 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0129  N-6 DNA methylase  25.99 
 
 		 533 aa  51.6  0.00004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0268034  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2914  N-6 DNA methylase  22.97 
 
 		 494 aa  51.2  0.00005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.170964  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2592  hypothetical protein  22.97 
 
 		 494 aa  51.2  0.00005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4598  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like  21.63 
 
 		 416 aa  49.3  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3519  N-6 DNA methylase  23.51 
 
 		 694 aa  49.3  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1514  methyltransferase small  25.11 
 
 		 466 aa  49.3  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.271049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0554  modification methyltransferase  25.22 
 
 		 423 aa  47.4  0.0008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2995  N-6 DNA methylase  25.76 
 
 		 707 aa  47  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00439445  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1501  hypothetical protein  24.12 
 
 		 522 aa  46.6  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4295  helicase-like  25.81 
 
 		 1726 aa  45.8  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  21.05 
 
 		 974 aa  46.2  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2546  helicase, C-terminal  27.27 
 
 		 1669 aa  45.8  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.26749 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  24.34 
 
 		 477 aa  45.1  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1273  hypothetical protein  26.05 
 
 		 1125 aa  44.7  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0279  hypothetical protein  23.86 
 
 		 285 aa  44.7  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.313315  normal  0.062823 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1145  N-6 DNA methylase  35.62 
 
 		 628 aa  44.7  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4914  helicase  26.74 
 
 		 1706 aa  44.3  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>