85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2488 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2488  putative RNA methylase  100 
 
 		 604 aa  1175    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0792  hypothetical protein  51.83 
 
 		 573 aa  530  1e-149  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0993  Eco57I restriction endonuclease  43.23 
 
 		 595 aa  449  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.544878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0217  N-6 DNA methylase  34.75 
 
 		 578 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2889  N-6 DNA methylase  34.75 
 
 		 578 aa  234  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4910  N-6 DNA methylase  32.26 
 
 		 584 aa  210  6e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.268375  normal  0.686666 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2534  hypothetical protein  32.42 
 
 		 563 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2227  hypothetical protein  28.99 
 
 		 495 aa  121  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2496  hypothetical protein  26.36 
 
 		 488 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2532  hypothetical protein  28.04 
 
 		 497 aa  113  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.928699  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2778  N-6 DNA methylase  21.16 
 
 		 405 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.63238e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2786  hypothetical protein  25.82 
 
 		 504 aa  110  8.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3090  site-specific DNA-methyltransferase  27.33 
 
 		 527 aa  107  7e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4247  hypothetical protein  26.75 
 
 		 509 aa  98.6  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.102223  hitchhiker  0.00000000249407 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0104  Eco57I restriction endonuclease  27.58 
 
 		 499 aa  94  8e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1174  N-6 DNA methylase  31.31 
 
 		 493 aa  83.2  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0879909  normal  0.322631 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1909  hypothetical protein  30.85 
 
 		 557 aa  75.9  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00461375  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3077  hypothetical protein  30.69 
 
 		 562 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000627479 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1501  hypothetical protein  29.66 
 
 		 522 aa  68.2  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2149  restriction endonuclease  33.64 
 
 		 629 aa  67.8  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  26.24 
 
 		 974 aa  67.4  0.0000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2617  N-6 DNA methylase  25.23 
 
 		 673 aa  64.3  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3449  N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class  27.57 
 
 		 389 aa  63.9  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0262978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0544  hypothetical protein  29.29 
 
 		 1093 aa  62.8  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3141  N-6 DNA methylase  26.44 
 
 		 746 aa  62.4  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3519  N-6 DNA methylase  23.02 
 
 		 694 aa  61.2  0.00000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0554  modification methyltransferase  27.6 
 
 		 423 aa  60.1  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4598  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like  22.31 
 
 		 416 aa  60.1  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1723  hypothetical protein  35.23 
 
 		 1299 aa  56.6  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000525658  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2221  helicase, C-terminal  26.56 
 
 		 1669 aa  54.7  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.332048 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4361  N-6 DNA methylase  27.12 
 
 		 908 aa  54.7  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4293  hypothetical protein  28.45 
 
 		 539 aa  54.7  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.223829 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3055  protein of unknown function DUF450  26.12 
 
 		 950 aa  53.9  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  24 
 
 		 1041 aa  54.3  0.000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2546  helicase, C-terminal  27.52 
 
 		 1669 aa  53.9  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.26749 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1062  hypothetical protein  30.34 
 
 		 1231 aa  53.9  0.000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000818904  hitchhiker  0.00000512763 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2355  N-6 DNA methylase  28.11 
 
 		 1038 aa  53.9  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3999  N-6 DNA methylase  23.39 
 
 		 523 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00695181 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0299  hypothetical protein  34.26 
 
 		 1154 aa  52.8  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309485 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1892  protein of unknown function DUF450  18.02 
 
 		 1058 aa  51.6  0.00005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1423  hypothetical protein  29.91 
 
 		 1177 aa  50.8  0.00007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1534  hypothetical protein  24.48 
 
 		 1120 aa  50.8  0.00008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1469  type I restriction-modification system, M subunit, putative  22.05 
 
 		 1002 aa  50.1  0.0001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0031  type II restriction-modification enzyme  24.08 
 
 		 1257 aa  49.3  0.0002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0068  type II restriction-modification enzyme  25 
 
 		 1244 aa  48.9  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.337945  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1669  hypothetical protein  26.56 
 
 		 1209 aa  49.7  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1578  helicase domain-containing protein  28.33 
 
 		 1642 aa  49.7  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.149983 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1424  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  23.21 
 
 		 1194 aa  48.9  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  23.85 
 
 		 500 aa  49.7  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0267  putative modification methyltransferase  22.4 
 
 		 524 aa  49.7  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  27.63 
 
 		 489 aa  49.3  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  28 
 
 		 493 aa  48.9  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4725  hypothetical protein  36.08 
 
 		 1022 aa  48.5  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1243  hypothetical protein  24.07 
 
 		 534 aa  48.1  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0862  type IIS restriction endonuclease, putative  21.28 
 
 		 1132 aa  48.5  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00475816 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4295  helicase-like  26 
 
 		 1726 aa  47.8  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1393  restriction and modification enzyme CjeI  23.77 
 
 		 1285 aa  47.4  0.0007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1713  adenine-specific DNA methyltransferase  24.62 
 
 		 478 aa  47.4  0.0007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0736948  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  25.15 
 
 		 488 aa  47.4  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0098  hypothetical protein  29.53 
 
 		 455 aa  47.4  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.340273  hitchhiker  0.000211537 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0216  hypothetical protein  27.21 
 
 		 443 aa  47  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.563263  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  26.67 
 
 		 489 aa  46.2  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1514  methyltransferase small  32.32 
 
 		 466 aa  46.2  0.002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.271049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2540  hypothetical protein  26.32 
 
 		 1612 aa  46.2  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.316751  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0561  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1162 aa  46.2  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1239  putative type II DNA modification enzyme  30.95 
 
 		 1336 aa  45.1  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0932763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0228  hypothetical protein  26.39 
 
 		 652 aa  45.4  0.003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3412  Eco57I restriction endonuclease  23.71 
 
 		 1159 aa  45.1  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.904901 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  25.42 
 
 		 490 aa  45.1  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1102  putative DNA methyltransferase  25.36 
 
 		 1100 aa  45.1  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.822518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  26.21 
 
 		 492 aa  45.1  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2480  N-6 DNA methylase  31.4 
 
 		 587 aa  45.1  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255725  normal  0.125112 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  25.15 
 
 		 488 aa  45.1  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  26 
 
 		 501 aa  45.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4540  helicase domain protein  28.12 
 
 		 1606 aa  44.7  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0748  N-6 DNA methylase  23.71 
 
 		 504 aa  44.7  0.005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000203871 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4877  hypothetical protein  27.27 
 
 		 481 aa  44.3  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  35.34 
 
 		 1319 aa  44.3  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  28.1 
 
 		 495 aa  44.3  0.007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  24.34 
 
 		 477 aa  44.3  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  26.07 
 
 		 493 aa  43.9  0.008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2083  methyltransferase small  28.12 
 
 		 204 aa  43.9  0.008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1159  hypothetical protein  29.89 
 
 		 1036 aa  43.9  0.008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1765  hypothetical protein  25 
 
 		 1098 aa  43.9  0.008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2912  hypothetical protein  31.68 
 
 		 1338 aa  43.9  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.248972  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>